与此同时，“史学二陈”也分别对“默证法”提出了批评。据周祖谟回顾，陈垣常对 学生宣讲，判断要审慎，如研究讨论一事，在证据不足时，决不可妄下断语，要把“未 见”与“未有”分别清楚，不能将“未见”误为“未有”。（注：周祖谟：《怀念一代 宗师援庵先生》，《纪念陈垣校长诞生110周年学术论文集》，北京师范大学出版社199 0年版，第298页。）而据罗香林回忆，陈寅恪也曾对他说：“凡前人对历史发展所流传 下来的记载或追述，我们如果要证明它为‘有’，则比较容易；因为只要能够发现一二 种别的记录以作旁证，就可以证明它为‘有’了。如果要证明它为‘无’，则委实不易 ，千万要小心从事。因为如你只查了一二种有关的文籍而不见其‘有’，那是还不能说 定的；因为资料是很难齐全的，现有的文籍虽全查过了，安知尚有地下未发现或将发现 的资料仍可证明其非‘无’呢？”（注：罗香林：《回忆陈寅恪师》，张洁、杨燕丽选编 ：《追忆陈寅恪》，社会科学文献出版社1999年版，第105页。）
    总之，“古史辨派”的辨伪，无论是在范围和内容，还是理论与方法上，都带有很大 的偏颇。同时也正因此，一度相当兴盛的疑古思潮开始逐渐消退。胡适在1933年便说： “怀疑的态度是值得提倡的，但在证据不充分时肯展缓判断（Suspension of judgement ）的气度是更值得提倡的。”（注：胡适：《评论近人考据<老子>年代的方法》，姜义华 主编：《胡适学术文集·中国哲学史》下册，中华书局1991年版，第767页。）次年，他 更是通过撰写《说儒》一文，对旧作《中国哲学史大纲》卷上中的一些具体观点，做了 较大修正。（注：梁启超就曾经批评胡适《中国哲学史大纲》说：“胡先生的偏处，在 疑古太过；疑古原不失为治学的一种方法，但太过也很生出毛病。”见梁启超：《评胡 适<中国哲学史大纲>》，张品兴主编：《梁启超全集》第7册，北京出版社1999年版， 第3986页。）对此，有论者即指出：《说儒》的出现是民国以来疑古风潮的一个大转变 ，“不但是胡适自己宣告脱离这股疑古的风潮，也是为整个疑古风潮的终止做了预先的 宣告”（注：赵润海：《胡适与<老子>的时代问题》，转引自章清：《胡适评传》，百 花洲文艺出版社1992年版，第179页。）。
    至于作为“古史辨派”灵魂人物的顾颉刚与钱玄同，他们二人在此期间的观点也有较 大的转变。钱穆就观察到：顾颉刚在抗战时期主持齐鲁大学时，“实有另辟蹊径，重起 炉灶之用心”；他还曾回忆：“闻钱玄同临亡，在病床亦有治学迷途之叹云”。（注： 钱穆：《八十忆双亲·师友杂忆》，三联书店1998年版，第242、229页。）柳存仁在194 0年10月所撰的《纪念钱玄同先生》一文中，更是针对“古史辨派”的这种转变，系统 总结说：“自从钱先生和其他的‘辨伪’的学者们的努力提倡研究古史以来，十余年间 ，古史的研究，因着参加者的进行方法和实际工作的不同，已经转变过好几次了，转变 的途径是很自然的，就是，我们最初都是疑古的，由疑古进而释古，又由释古进而考古 。”（注：柳存仁：《纪念钱玄同先生》（1940年10月），《古史辨》第7册上编，第3页 。）显然，这一反思在某种意义上恰恰意味着“走出疑古时代”的开端。
    综上所述，由于考据史学的局限以及疑古思潮的偏颇，“整理国故运动”在建立中国 现代学术新范式的同时，也不可避免地存在着某些严重的缺失。1922年8月28日，胡适 曾在日记中感慨说：“现今的中国学术界真凋敝零落极了。旧式学者只剩王国维、罗振 玉、叶德辉、章炳麟四人；其次则半新半旧的过渡学者，也只有梁启超和我们几个人。 ”（注：中国社科院近代史所民国史室编：《胡适的日记》下册，1922年8月28日条，中 华书局1985年版，第440页。）此处所谓“半新半旧”，说明胡适对“整理国故运动”的 缺陷及其在中国现代学术转型中承担的过渡角色，有着十分清醒的认识。而这其中所反 映出来的诸多问题，无疑更是值得我们今天加以深刻的思考和总结。