除了技术层面和心理战、政治战方面的建议外，特洛伊项目组的报告还直接促成了一个新的组织机构的诞生，这就是国家心理战略委员会。早在1947年，中央情报局建立后，美国政府内部有关对心理战领导权的争斗就一直不断。尽管通过NSC 10/2和NSC 59/1号文件对公开和隐蔽的心理战行动已作出了任务分工，但由于朝鲜战争的爆发，军方更有了建立自己独立心理战机构的理由。1951年1月15日，陆军成立心理战主任办公室（OCPW）[15] 89。而在远东的情报人员及其机构也由国务院转归麦克阿瑟将军领导。
    国务院由爱德华·巴雷特领导的心理战领导机构（Ad Hoc Sub-committee）曾在1950年7月10日提交了一份国家心理战的总体计划（即NSC 74号文件），并将其分发到国家安全委员会主要成员手里。这份文件建议由国务院领导一个机构来全权负责朝鲜战争爆发后美国在全球的心理战行动，或者应成立一个独立的心理战组织领导机构，其负责人则应由国务卿任命并且对国务卿负责[2] PD00200。当NSC 74号文件仍在NSC成员中审议时，1950年8月中旬，国务院首先开始了行动，巴雷特宣布将其领导下的特别委员会改组成为“全国心理战略委员会”。NSC 74号文件受到了来自军方的反对，特别是国防部长和参谋长联席会议。他们强调，朝鲜战争正在进行，欧洲形势也是处于非战非和状态，在这种情况下，军方希望心理战略委员会应是一个独立机构，只能对国家安全委员会负责或对总统负责。为此，1950年12月28日，国家安全委员会在NSC 74/1号文件中，对NSC 74号文件进行了修改，把国务院和军方的观点都并列其中[1] CK3100148769。
    在国务院与军方心理战领导权争执之外，还有另外一个心理战领导机构，这就是由NSC 4/1和NSC 10/2号文件确定的隐蔽心理战行动应由中央情报局负责。1951年1月4日，在国家安全委员会第77次会议，心理战领导权的问题仍起了各方持久而杂乱讨论，而最终也没有达成任何协议。
    正是在这种混乱的情况下，特洛伊项目组的专家评论道：美国的心理战略行动“各部分是存在的--分散的机构和部门，但是作为整体则不存在”，“我们的政治战在今天需要时则缺少整体的攻击力量”。为此，项目组建议要将军事、外交和信息情报这些与政治战、心理战有关部分合并到一齐，并置于统一的指挥下[1] CK3100310373。
    杜鲁门总统注意到了特洛伊项目组的研究成果⑦，最终决定于1951年4月4日下令成立“心理战略委员会”，负责公开和隐蔽的心理战行动。需要注意的是，这里使用了“心理战略”（Psychological Strategy），而没有使用“心理战”（Psychological Warfare）一词，则反应了国务院特别是巴雷特在心理战略委员会建立中的作用。为了区别军方在朝鲜战争爆发后建立的OCPW，也强调了这个委员会在冷战时期进行心理宣传战略行动的主要任务。
    最后，特洛伊计划最终导致了著名的麻省理工学院国际研究中心（CIS）的建立。特洛伊项目组后续计划之一--“对苏联社会的研究”，引起了美国中央情报局的关注。在1950-1951年间，中央情报局的苏联研究中心已有多达15份的苏联研究国家情报评估（NIE）⑧，但没有一份是研究苏联内部社会的。这种情况显然与美国正在对苏联展开的心理宣传战不相适应。为此，中央情报局找到了特洛伊项目组成员马克斯·米利肯，（时任中央情报局局长顾问）米利肯则找到了他的密友、麻省理工学院的经济史学家沃尔特·罗斯托，请他来组织人员完成这一研究。米利肯和罗斯托都相信，学术专家们不应该只研究工业化社会政治和经济发展，应该也精通美国政策[16]。罗斯托对心理战有过很经典的评论，“十分清楚，共产主义世界对美国呈现出两种威胁--一种军事威胁，另一种意识形态威胁……因此，我们要有两种努力--一种军事上的，一种是政治上的，紧密结合，共同形成一种总体的努力，来保护美国社会的利益”[10]。1951年8月，罗斯托在麻省理工学院阿尔巴尼街上的一个仓库里建立了研究中心，第一个研究项目“苏联的脆弱性”得到了来自中央情报局的资助。1952年1月，米利肯在中央情报局一年的服务期满后回到麻省理工学院，与罗斯托共同建立了国际研究中心（CIS）。其后麻省理工学院国际研究中心继续得到中央情报局和福特基金会的资助，成为美国研究苏联和中国问题的著名思想库之一。
    特洛伊项目组的模式还影响其他一些美国大学的社会心理学研究机构。例如哥伦比亚大学1944年建立应用社会科学研究所（Bureau of Applied Social Research）。到1949年，已经沉陷资金短缺的困境，但到了1950年朝鲜战争爆发后，研究所得到了几个重要的项目，例如美国空军的“国外城市动力学”研究、美国之音的项目，“中东的公共舆论调查”等。据统计，1950-1951财政年间，哥伦比亚大学应用社会科学研究所75％的项目资金来自于美国军事和宣传机构[17] 275-276,506。还有由特洛伊项目组专家克莱德·克拉克洪主持的哈佛大学俄国研究中心，更是首要的政府合同承签者。其活动经费主要来自于美国空军和中央情报局[18] 402。
    特洛伊项目是战后美国政府与学术机构专家学者在心理宣传领域进行的第一次合作尝试。它的报告建议、它的运行模式都为美国在冷战时期的心理宣传行动提供了重要的经验和借鉴，特别是心理战略委员会在其后设立的心理战计划项目：如PSB D-18，对苏联集团叛逃者的心理行动计划；PSB D-24，斯大林失掌权力后的心理战略计划；PSB D-32，冷战行动中的社会科学研究；PSB D-33，针对苏联的学说宣传战等[1] CK3100329314,CK3100311020，都带有特洛伊计划的明显印记。
    注释：
    ①SWNCC由于1947年空军部的成立也改名为SANACC（State，Army，Navy，Air Coordinating Committee），SWNCC 304号文件系列也改为SANACC文件系列。
    ②包括对意大利的经济援助，国际新闻和教育交流处的新闻传播和记录影片的放映，以及由中央情报局操纵的秘密行动，如利用无署名和暗中提供津贴的出版物，伪造的、分发报酬和其他形式操纵选举的活动。