一方面，阿卜杜·拉赫曼试图以伊斯兰构建中央政府权威，把政治合法性和政策合理性建立在全新的意识形态之上；但另一方面他又面临着经常与他作对的宗教阶层，特别是那些在某些地区有强大影响的苏菲派领袖人物。看来，如果不能使宗教阶层彻底屈服，如果不能把宗教阶层纳入到国家的政治结构中来，伊斯兰就不可能超越部落鸿沟，成为构建国家权力结构、加强中央权威的主导性意识形态。
    为了使宗教阶层为王权服务，阿卜杜·拉赫曼发动了一场持久的针对毛拉们的“战争”。传统上，除了在城市中担任卡迪等高级宗教职务的乌勒玛和那些圣门弟子后裔享受政府津贴之外，阿富汗宗教阶层的主体、特别是那些苏菲长老和广大乡村地区的中、下级毛拉都有自己相对独立的收入来源。因此，阿卜杜·拉赫曼针对毛拉们的“战争”便首先从剥夺其基本生活来源开始。瓦克夫（waqaf）一般被称为宗教基金，主要是由包括金钱、土地和其他各种实物组成的宗教捐赠，一般隶属于清真寺和宗教学校。在阿富汗，一些穆斯林先贤和皮尔的圣地也有相当多的瓦克夫。瓦克夫不仅被用来修建、维护各种宗教设施，而且是宗教阶层收入和维持生计的基本来源。萨达克（Sadaqa）则是穆斯林在斋月结束时以货币和谷物的形式赠送给毛拉们的礼品。萨达克与扎卡特（Zakat）一起，构成了宗教界重要的收入来源。自1883年始，阿卜杜·拉赫曼颁布了一系列敕令，宗教基金被收归国有，而萨达克和扎卡特则由穆斯林直接交给政府。更有甚者，阿卜杜·拉赫曼还废止了毛拉们在过去世代享受的税收豁免权，即使声名显赫的宗教世家，也必须为自己的土地、房屋等不动产向国家交纳赋税。阿卜杜·拉赫曼的这些措施无异于釜底抽薪。从此，宗教界逐渐失去了独立的经济来源，宗教设施的维持修葺固然要靠政府支持，就连最基本的生活也只得依赖埃米尔发放的工资和补贴。
    在经济上削弱宗教阶层的同时，阿卜杜·拉赫曼还通过设立专门考核与审查毛拉资格的委员会，剥夺了宗教人士的尊严。在1883年5月2日发出的敕令中，埃米尔阿卜杜·拉赫曼宣称，“通过某种考试的毛拉将获得王室颁发的证书，允许戴白色头巾，而那些无法达标的毛拉只能戴彩色围巾。无论何地的毛拉，国籍和出生不明的将一律驱逐出境，这样就不会有陌生的人来制造动乱”。⑧ 他还强调，宗教领袖有的自称是先知的后裔，有的因学识而获得名声，但是他们中的大部分人并无真才实学，因此，须经考试鉴别真伪，并决定其是否可继续享有国家津贴。在霍萨毛拉的领导下，负责考试事务的特别小组被派往各省，首都喀布尔也不时举行考试，以甄别和确认毛拉们的资格。对于宗教学者阶层来说，这种考试几近侮辱，主持考试的毛拉远不是最为德高望重的贤者，而一旦通不过考试，不仅补贴降低乃至取消，还不得戴白色围巾。在阿富汗人看来，戴彩色围巾十分滑稽，根本不像是穆斯林⑨。因此，考核受到了广泛抵制，特别是在地方与宗教势力强大的坎大哈和赫拉特，前来参加考试的毛拉寥寥无几。阿卜杜·拉赫曼以嗜血、强硬而著称阿富汗史册，因此，不参加考试的毛拉立即受到了惩罚，坎大哈毛拉们的补贴大大降低，而赫拉特的毛拉则很长时间被停发了津贴。
    也许是埃米尔的强硬政策起了作用，也许是针对哈扎拉什叶派的战争或卡菲尔斯坦皈依伊斯兰教感化了宗教阶层，也许是英、俄两大基督教帝国的迫近使乌勒玛暂时忽略了与埃米尔的分歧，无论如何，阿富汗的宗教阶层最终还是屈服了。一些最著名的毛拉陆续前往喀布尔接受一个专门委员会的考试，而阿卜杜·拉赫曼不仅很快恢复了这些宗教人士的津贴，并且还赐之以象征荣誉的希拉特（“Khilats”，法衣）。作为回报，毛拉们通过了一项法特瓦，他们确认，根据教法律令，以任何借口拒绝向伊斯兰国王效力者都是异教徒。⑩
    法律体系伊斯兰化
    与伊斯兰世界的其他地方一样，卡迪依据伊斯兰教法审理案件在阿富汗也有古老的传统。所不同的是，由于阿富汗在文化、宗教和社会等方面都有极为特殊的地域特征，卡迪在整个社会司法体系中的影响远不如其他伊斯兰国家那样巨大。在阿富汗，只有像喀布尔、坎大哈，以及赫拉特这样的极少数中心城市才有卡迪法庭，而在广大的乡村地区，任何精通伊斯兰教法的人都可以参与维持和实现司法正义。一般来说，乡村地区的民事争端会提交给当地的毛拉予以仲裁，毛拉由此而获得少量的调解费以维持生计，但在大多情况下，伊斯兰教法的影响非常有限，许多案例由部落长老会议支尔格受理，并依据习惯法予以审理和裁决，卡迪和其他司法机关无权干涉。
    在阿卜杜·拉赫曼统治时期，卡迪法庭开始向中心城市以外的地区发展，在征服哈扎拉和卡菲尔斯坦后，卡迪法庭甚至开始在这两个地区建立起来。一般来说，卡迪配备1～2名穆夫提（mufti）为助手，共同负责审理案件。由于卡迪需求量大，一时间，寻找合格的卡迪和穆夫提成为一件极其困难的事情。根据埃米尔的敕令，那些毕业于外国宗教学校的阿富汗人不可以担当卡迪或穆夫提之职，而那些来自其他穆斯林国家的宗教学者也受到广泛猜疑，于是，卡迪和穆夫提的职务主要由那些毕业于当地或王室宗教学校的毛拉担任，而这些人基本来自普什图人各部落。卡迪和穆夫提被赋予极高的荣誉和权利。他们享受着国家发给的高额工资，要求在公众场合举止适度、衣着高雅。他们在行使自己权力时有相当的自由，案件一旦提交卡迪法庭审理，任何地方行政长官和其他人等不得予以干涉。在审理案件时，卡迪和穆夫提必须严格遵守伊斯兰教法，必须公正、廉洁，不可收受馈赠和贿赂，甚至不可接受邀请，也不可随心所欲，按自己的理解做出判决，沙里亚法和公认的伊斯兰古典权威是审理案件、做出判决的唯一准绳。
    伴随卡迪法庭在全国各地的建立，伊斯兰教法逐步在司法领域取代普什图瓦利和其他习惯法，成为审理案件的主要依据。同时，由于卡迪和穆夫提必须通过国家举行的考试、经由政府任命才能履行职责，他们的工资也由政府提供，因此，卡迪和穆夫提实际上与一般的政府雇员没有什么区别。在理论上，卡迪和穆夫提享有较大独立性，他们甚至可以不顾埃米尔的命令和干预自主地审理案件。然而，在实际上，由于他们的审理必须符合伊斯兰教法和传统的司法渊源，那些有争议且缺少判例可循的案件必须提交埃米尔裁决，因此，卡迪和穆夫提审理案件的独立空间十分有限。最值得注意的是，在增加卡迪法庭的过程中，埃米尔阿卜杜·拉赫曼的权力也迅速扩张。埃米尔把自己说成是信士们的教长、伊斯兰教的国王，由于一些有争议的案件必须提交埃米尔裁决，他实际上又成为伊斯兰教法的诠释者。同时，他还有权任命法官，有权审核死刑案件，他还要求地方行政长官与卡迪和穆夫提合作，共同参与对财产罚没、监护权纠纷等重大民事案件的审理。由此看来，法律体系的伊斯兰化实际上是阿卜杜·拉赫曼打破部落界限、铲除地方势力、加强中央权威和建立王权专制的有效工具与途径，由此，埃米尔不仅获得世俗的统治权，还获得了诠释伊斯兰教法的权力，特别值得注意的是，正是利用“伊斯兰诠释者”的地位，阿卜杜·拉赫曼自撰和出版了大量的宗教论文，通过引用先知的言词和《古兰经》的有关经文，他缜密地论证了建立伊斯兰王国、拥立伊斯兰君主的必要性：安拉曾发布命令，为了捍卫宗教和伊斯兰民众的荣耀，必须组建伊斯兰王国，而伊斯兰王国的君主则是“先知的代表、真主在地上的影子和抵御卡菲尔与叛乱的盾牌”（11）。