与此同时，联邦调查局监控是否有共产主义分子参加、支持和“煽动”学生非暴力协调委员会的民权活动。1964年3月，亚特兰大办事处报告，前共产党员伊索贝尔·塞尔尼(Isobel Cerney)和哈里·斯坦梅茨(Harry Steinmetz)参加了学生非暴力协调委员会在亚特兰大举行的示威活动。(23)1964年9月，亚特兰大办事处反映，共产主义者雅各布·罗森(Jacob Rosen)在亚特兰大创办了《自由报》，“鼓吹”推翻资本主义制度和黑人武装斗争，还刊发了刘易斯的文章。(24)1966年2月，亚特兰大办事处报告，劳拉·方纳(Laura Foner)是该民权组织在阿肯色州支部的一名志愿者，其父菲利普·方纳(Phillip Foner)是一名左翼人士。(25)
    经过数年监控，联邦调查局亚特兰大办事处在1967年8月8日的一份备忘录中报告，尚未发现共产主义者在学生非暴力协调委员会担任领导职务。(26)其他办事处也没有发现什么问题。(27)事实上，早在1963年7月23日，司法部长罗伯特·肯尼迪(Robert Kennedy)就承认：“我们没有任何主要民权组织的高层领导是共产主义者或受其控制的证据。”(28)但胡佛确信共产主义“渗透”到了学生非暴力协调委员会等民权组织。1964年4月，他声称：“共产党吸收黑人的多少并不重要，重要的是共产主义一定是依靠非共产主义之手建立的。”(29)同年6月，联邦调查局成立“特别工作组”，强化对“共产主义在种族事务中影响的调查”。(30)
    联邦调查局和联邦政府以防止“共产主义渗透”为由监控民权运动。1963年6月，在金发起向华盛顿进军运动前，肯尼迪总统曾当面警告他：“我认为，你知道你处于密切的监控下。”(31)在政府的压力下，金被迫开除了自己的助手、曾是共产党员的斯坦利·莱文森(Stanley Levison)。为了避免灭顶之灾，多数黑人领袖和民权组织竞相宣布反对共产主义。全国有色人种协进会(National Association for the Advancement of Colored People)执行秘书沃尔特·怀特(Walter White)主动清理门户，开除任何可疑的共产主义者及“激进”人士。(32)在冷战时期，民权组织加入反共产主义的“自由主义阵营”被视作一种“明智的选择”，以“避免民权事业被诋毁为共产主义”。(33)
    但学生非暴力协调委员会没有像其他民权组织那样对成员进行安全审查。刘易斯说：“如果你愿意为争取黑人公民权利与我们一起工作，那么你会受到欢迎，我们并不关心你的政治倾向。”(34)1964年4月30日，刘易斯召开新闻发布会，公开谴责胡佛有关“共产主义渗透到民权运动”的指控，呼吁他“把时间用在寻找炸弹攻击者、午夜暗杀者和手段残酷的种族主义者上”。(35)联邦调查局对此宣称，共产主义视所有民权组织为渗透目标，学生非暴力协调委员会亦不例外。(36)
    除学生非暴力协调委员会在共产主义问题上不对成员进行安全审查外，联邦调查局为何在“反共”问题上对它穷追不舍？学者奥赖利认为，胡佛的种族观念和政治态度也是重要因素。胡佛不仅有“白人永远至上的美国梦”，而且把对民权运动的监控视为一种“肩负国家安全的责任”。(37)但更重要的是，反共主义是当时美国的“国策”和社会“共识”。除少数左翼外，从右翼到自由派都积极反共，认为美国有领导“自由世界”的使命，以防止“共产主义渗入”。(38)众议院非美活动调查委员会的一名成员说，他们对调查三K党没兴趣，但对调查民权运动中的共产主义有兴趣。(39)1966年8月8日，众议员约翰·布坎南(John Buchanan)声称，对该委员会而言，当务之急是调查“共产主义和极端主义对民权运动的渗透”，这“不只是为了民权运动，而是为了整个美国”。(40)联邦调查局更是把共产主义视作对国家安全的“致命威胁”。(41)
    冷战时期美国社会的反共产主义“共识”，也被种族隔离主义者利用。他们把民权运动中的激进主张与共产主义混为一谈，利用社会中的反共主义来破坏民权运动。(42)尽管学生非暴力协调委员会的活动家霍利斯·沃特金斯(Hollis Watkins)根本不知道共产主义为何物，但密西西比州一名有种族偏见的法官指控他是“外来的共产主义煽动者”。(43)可见，反共主义为种族主义者攻击民权运动提供了一种“合理的”方式，使他们摇身一变成为国家安全的“捍卫者”。(44)
    联邦调查局指控学生非暴力协调委员会受到“共产主义的渗透”，目的是为了削弱这一组织开展民权活动的合理性。一方面，转移了公众的注意力，把美国民众和公共舆论对种族隔离、歧视和黑人受压迫问题的关注以及对黑人抗议活动的关注，转向所谓的“共产主义渗透到民权运动”的问题上。曾在20世纪60年代中后期担任过学生非暴力协调委员会主席的斯托克利·卡迈克尔(Stokely Carmichael)一针见血地指出，“共产主义的指控”将会迫使民权运动“把活动的重点不是放在民权问题上，而是放在美国主义对反美国主义问题上”。(45)另一方面，在当时的社会环境中，美国民众普遍担心民权运动会被“共产主义者利用”。有鉴于此，联邦调查局通过对民权运动“扣赤色分子帽子”，削弱民众对它的支持。
    联邦调查局的“共产主义指控”让学生非暴力协调委员会的领导者深感不安。他们担心该组织的成员将会被众议院非美活动调查委员会不停地传唤，来回答共产主义影响的问题。因为在当时的冷战环境中，“普通的美国人可以通过指名道姓，通过在调查委员会作证……通过监视邻居和同事来参与这场‘世界斗争’”。(46)学生非暴力协调委员会的宝贵资源将被迫用在应对这种调查上，卡迈克尔认为，众议院非美活动调查委员会的实际目的不是要找出共产党人，而是要让该民权组织处于调查之下，从而失去工作效率，不堪一击。(47)联邦调查局明知该组织没有受到“共产主义渗透”，依然以此为由对它实施监控，这不仅说明“共产主义指控”是一种败坏声誉的策略，而且反映出冷战背景下美国政府对共产主义的恐惧。