第三，对清代学术三阶段特点的概括：
    《今论》：“六先生（按：黄梨洲、顾亭林、王船山、孙夏峰、李二曲、颜习斋）之学，何其大也”；“盖先生（按：惠栋）之学，精眇渊博，甄明古谊，不愧大师”；“其（按：戴震）学长于考辨，立义多所创获，及参互考之，确不可易。生平著述，以《孟子字义疏证》、《原善》二书，为最精深”。
    《寿序》：“国初之学大，乾嘉之学精，道咸以降之学新。”
    按：邓实实际上已经指出了清初之学大，乾嘉之学精的特点，但语言上显然不如王国维概括得精炼。邓实未明确指出道咸时期学术的特点，而王国维概括出道咸之学的特点是“新”。
    第四，对清代学术出现三个阶段原因的分析：
    《今论》：“顺康之世，天下草创，方以收拾人心为务，文网未密，而明季二三有学君子，得以抱其不事二姓之节，讲学授徒，风厉天下。流风所扇，人人知趋向实学，追汉采宋，不名一家，国家尝收人材之实”；“雍乾之世，天下既定，网罗日密，文字之狱屡起，严立会结社之禁，而晚明讲学之风顿息。于是学者怀抱才慧，稍欲舒炫，举足荆棘，无所于施，则遁于声音训诂无用之一途以自隐，而汉学之名以起”；“道咸之世，外侮踵至，朝廷方殷外务，无暇致密其文网，诸儒复得侈言经世。以西汉今文之学，颇切世用，易于附会，而公羊家言三世改制之说，尤与变法相吻合，故外托今文以自尊，而实则思假其术以干贵人、觊权位而已”。
    《寿序》：“顺康之世，天造草昧，学者多胜国遗老，离丧乱之后，志在经世，故多为致用之学，求之经、史，得其本原，一扫明代苟且破碎之习，而实学以兴。雍乾以后，纪纲既张，天下大定，士大夫得以肆意稽古，不复视为经世之具，而经、史、小学专门之业兴焉。道咸以降，途辙稍变，言经者及今文，考史者兼辽、金、元，治地理者逮四裔，务为前人所不为。虽承乾嘉专门之学，然亦逆睹世变，有国初诸老经世之志。”
    按：二者的观察视角基本相同，表述虽然差异不小，但意思基本相同，特别是在指出清初之世“实学”兴起及乾嘉之世经学、小学兴起这两点上基本相同。唯邓实对于道咸今文经学的兴起持贬义⑦，而王国维对于道咸之学则持褒义，并将其与“乾嘉专门之学”、“国初诸老经世之志”联系起来。这一分歧大约与二人治学差别有关，邓实虽然主张汉宋兼治，但其偏于古文经学。王国维并非研治经学出身，其治蒙元史实上接道咸。此外，《寿序》主人公沈曾植之学也曾“为道咸之学”，故其对道咸之学多有肯定。
    第五，对自身所处时代学术情势的判断：
    《今论》：“今日之变，则上古所未有也。”
    《寿序》：“今者时势又剧变矣，学术之必变，蓋不待言。世之言学者辄怅怅无所归，顾莫不推嘉兴沈先生，以为亭林、东原、竹汀者俦也。”
    按：二者都意识到学术正在发生巨大的变化。但是邓实希望真正的汉学、宋学复兴，甚至希望在“孔子六艺之外，而更立一学派”--“周秦学派”。王国维则认为将清初之学和乾嘉之学优点结合起来才是学术发展的正确道路。二者这种判断的误差，主要是由于二者所处时代及治学取向的不同。邓实处于新学勃发的观念解放时期，学界主流都希望能创出新学术，造就新社会，但他们在内心深处又希望用中国的学术来保持中国的特性。王国维等“遗老”学人，遭遇政权覆亡和社会变动，一方面希望的是用传统学术来传承道德伦理，以使中国之为中国；另一方面亦希望能继承发扬乾嘉学人求真实证的治学精神。
    通过对比可知，王国维的“清学三阶段论”在几个主要方面与邓实的“清学三阶段论”都相同或相似。邓实之文发表在前，王国维之文写作在后，故王国维的“清学三阶段论”极可能源自邓实的“清学三变论”，或至少是受到了邓实《国学今论》一文的影响。之所以有如此判断，不仅仅是因为邓实文章先发表，且王国维读到此文的可能性非常大⑧，而且还有一个可以作为有力旁证的现象：王国维还有其他两篇文章的观点也和邓实的两篇文章相近。
    1905年2月，王国维在《教育杂志》第93号发表《近年之学术界》，其中指出“近三四年，法国十八世纪之自然主义，由日本之介绍而入于中国，一时学海波涛沸渭矣”，“庚辛以还，各种杂志接踵而起，其执笔者，非喜事之学生，则亡命之逋臣也。此等杂志，本不知学问为何物，而但有政治上之目的。虽时有学术上之议论，不但剽窃灭裂而已”，“欲学术之发达，必视学术为目的，而不视为手段而后可”，留学生“以纯粹科学专其家者，独无所闻”，“近年之留学界”，又“或抱政治之野心，或怀实利之目的”，不肯钻研学术，学术之争“以国家、人种、宗教之见杂之。则以学术为一手段，而非为一目的也”。最后他指出“吾国今日之学术界，一面当破中外之见，而一面毋以为政论之手段，则庶可有发达之日欤”[2]（P122-125）。1903年1月，邓实在《政艺通报》发表《政论与科学之关系》一文指出：“今日日本之输入泰西学术，输入其政论者耳，吾国转贩泰西学术于日本，亦转贩其政论者耳”；由于政论易作且“其风潮入少年之脑筋也易”，而科学则恰恰相反，故“学人之好为政论者多”，“好为科学者鲜”，但科学不发达“而与论国群政教鲜不大缪”；政论起源于十八世纪的法国，经日本而传入中国，“今之操政论者”，其“质点之未分，原理之未明”，“贸贸然”地进行政论，将会产生祸害中国的效果，故他指出“今日言中国莫不曰师日本矣，然东瀛学风其影响于吾国学术界者唯政论唯（为）有力焉，而吾国学界青年之思潮，而唯喜政论而不喜科学，将来流弊恐为吾群之害，有非新学诸君子所及料者，吾甚愿诸君子之一审焉”[10]。从以上征引的文献来看，二者的主旨基本是相同的，即：批评有政治目的政论，提倡踏实的学术研究。而且二者的一些判断也是相似的，如认为政论源自十八世纪的法国，经日本而传入中国，中国的政论家学无根柢又热衷于发表容易打动青年人的政论。1911年2月，王国维为罗振玉创办的《国学丛刊》撰写了序言，其中提出了“学无新旧也，无中西也，无有用无用也”的观点，认为应当努力于追求真正的学术，而不必争执学术的新旧、中西、无用有用[3]（P129）。这一学不分新旧中西、有用无用的观点，邓实在1907年3月发表的《拟设国粹学堂启》一文已有所阐述：“维今之人，不尚有旧，自外域之学输入，举世风靡，既见彼学足以致富强，遂诮国学而无用。而不知国之不强，在于无学，而不在有学；学之有用无用，在乎通大义，知今古，而不在乎新与旧之分”[11]。不难看出，邓实此文的主要观点已基本具备了学无新旧、中西、有用无用的思想萌芽了，只是他不能如王国维那样用易让人理解接受的现代学术语言将其学术观点清晰、明确、简练地概括出来。