城下町化使领主对城市的封建统治进一步加强，城市行政机构处于领主的直接控制之下。在城下町内，町奉行是管理町人机构的最高官职，其名称原为奉上命而下行，负责驿传，掌管诉讼、检查违法、总理市政、代行领主的行政、司法、警察权。町奉行之下设町年寄，掌管上级政令的实施，下级名主的任免，发布通告以及税收、警察、消防等町政。町年寄之下，在各町设立名主，负责贯彻法令和公告，调查人口，防备火灾。行政管理的最基层是五人组或十人组，由组头传达政令并担当组内的共同责任。可见各级行政官员的职能主要是依次传达、执行领主的政令，将封建统治贯彻到基层。城下町行政官员都与封建土地所有制有密切联系。町奉行直接由大名派遣或任命拥有大量奉禄的旗本武士担任。町年寄由町奉行从有地位的町人中选任。往往由特权门阀町人垄断并世袭，他们也领有土地或俸米。名主由町年寄选任，职位也多世袭，名主都来自有财产、有土地、有势力的特定家族，多源于武士、地侍、庄官等。组头则规定由组内财力雄厚者担任，即可能从地主（住宅地所有者）以上的阶层中产生。从町奉行到组头，其等级高低与土地领有权大小一致，领主大名掌握着领国的全部土地而在城下町管理上具有至高无上的权力和地位。城下町的各级官员全由大名及其代表指定，官员即使出自町人，也半是领主的家臣，对领主有强烈的人身依附性，形成对大名而不对町人负责的专制体制。城下町管理机构的构成、职能以及政官员的任免表明，城市的管理体系是以领主权力为主导，以等级制度、依附关系为原则，以土地领有权为基础形成的。它作为封建统治权力的执行机构，是领主大名实现城下町政治、经济、军事职能的工具，它表现出城下町在城市管理上的封建专制性以及城市与封建土地所有制的紧密联系。
    在封建时代，代表新的生产方式的力量萌发于市民之中，如《共产党宣言》所说：“从中世纪的农奴中产生了初期城市的城关市民，从这个市民等级中发展出最初的资产阶级分子”。（22）城市是否有利于市民阶级的这一发展，应该是衡量城市社会作用的一项重要指标。
    市民的成长与工商业的发达，与自身经济力量的增强是紧密相关的。在城下町内部，工商业区域的面积、条件远不如武士町。长冈城下町的町屋为三十四町步（一町步为九十九公亩二分），侍屋达一百二十五町步；在江户，2／3的街区为大名和旗本的住宅所占；在金泽，武士町是町人町的三倍。（23）武士区域不仅是面积大，而且往往占据着在日照、用排水等方面有良好条件的地区。这种配置不能不束缚工商业的发展。城下町手工业者受到严格的控制，其经营由领主的御作事所统一管理。在冈山城下町，要成为木工，需得到御作事所的认可。广岛城下町手工业者受雇时，需向雇主交出御作事所发的证明，工作结束后取回。城下町手工业者的工钱是官定的，雇主和手工业者之间不得自由决定；甚至连工作时间也由御作事所规定。手工业者每年须以一定时间对领主服劳役，广岛、名古屋等城下町对服役时间作了详细规定。（24）如此繁杂的限制显然不利于手工业的发展。商业则因城下町对领地的依附而具有严重的寄生性。商业经营主要不是与商品生产相联系，而是与封建地租贡纳物的流通发生关系。在城下町商业中，最大量的商品是米，领主的年贡米和家臣的俸禄米有相当部分通过商人投入市场，还有不少商人直接参与年贡米的征收。其它大宗特产品，如盐、木材、鱼等，也有不少是来自基层的贡纳品。大量商品来源于封建地租，使商业与封建地租的征收体系紧密结合在一起，依存于封建经济体制，这种寄生性质断送了商业资本发展的前景。
    广泛存在于城下町工商业中的封建特权也给工商业，特别是中小工商业带来了极大损害，御用商人、豪商的问屋、特定的町都分别拥有免税、开办集市、商品垄断、专卖等各种特权。小田原的手工业者“栋梁”铸物师山田氏，由大名后北条氏保障其经济活动圈，免除其租税，并授予统制基层手工业者的权力。（25）中小商人的商业活动必须通过豪商掌握的问屋。（26）给予特定的町以特定的专卖权是城下町商业的原则。历来与领主关系密切的古町和谱代町，有商品贩卖的各种特权。仙台二十四个町人町，其中六町为谱代町，有权举办御日市，开市期间，其它町停止所有商业活动。（27）城下町商业奉行封建权力原则还表现在其它方面，仙台城下町的马市，江户幕府的马寮有优先购买权，其次是仙台领主的购买权，一般交易最后进行。（28）封建特权严重地阻碍了城下町工商业的发展。
    城市商人在城下町化过程中逐步走上了御用化的道路。商人御用化主要表现在两个方面一是从政，跻身于封建权力机构，依附于领主统制基层工商业者；二是逐渐减弱商人资本的职能，主要承担支撑封建体制的各种任务，作为一种封建的供给机构，寄生于领主阶级的消费。城下町化加深了豪商和大名的结合，为加强统制和管理大量集中于城下町的工商业者，大名采取了吸收商人从政的措施。各级行政机构容纳的上层商人，不仅是政治上，而且因获得领地或俸米在经济上也与封建体制紧密结合在一起。近世初叶不少武士转化为强有力商人，并逐渐成为日本近世初期豪商的主干，（29）更加速了商人御用化的进程。商人从政不仅是大大加深了城下町商人的封建依附性，而且使领主得以通过他们从行政管理和经济统制两方面支配中小工商业者，以严格限制商业的活动领域，阻止中小商人的发展。政商利用其拥有的行政权力和各种经济特权，掌握着城下町主要的商品流通，从而在总体上将中小商人的活动也纳入了御用经济体系，导致整个城下町商业御用化。御用商人负责领主阶级所需的日常消费品和军需品的供给；承担领主年贡的储藏、运输、贩卖；充任领主的税收官吏；负责货币的铸造、发行；并对领主提供财政支持。在这些活动中，御商所代表的大商业资本日益加深对封建体制的寄生和融合，有的依靠向领主提供借贷而获得年贡征收权，收买土地；有的投资于幕藩财政，向高利贷资本转化。日本学者指出：“初期豪商虽与商品交易有关，但对幕藩领主的借贷，占其营业的大部分”。（30）在三都（江户、大坂、京都），有许多豪商是通过向大名借贷而致富的。著名豪商鸿池在十七十八世纪之交，成为三十二个藩的债主。（31）高利贷资本发达是城下町商人御用化、商人资本腐朽的必然结果。京都的角仓氏成为领主代官后，就依靠封建收入而不再从事工商营业活动。（32）御用商人日益保守，新的企业欲望完全丧失，放弃冒险的商业，依存于大名财政，封建官僚的性质增强，商业活动的职能减弱。马克思说过：“流通在社会再生产中所起的作用越是不重要，高利贷就越是兴盛”。而这种资本的发展，只能“迫使再生产在每况愈下的条件下进行”，它“除了造成经济的衰落和政治的腐败以外，没有造成别的结果”。（33）城下町商人御用化使商业资本发展的方向被显著歪曲，城市商品经济不能不趋于停滞。
    大名对城下町町民的征敛十分苛重。设立城市课税的原则，不是离开土地的纽带，基于在货币、商品流通上征课的营业税，而是基于土地所有权所派生的地租贡纳。决定城市地租量的基准，是依据检地所定的石数，町民承担的封建义务，大体以地租为中心，所有町民都在土地关系上直接或间接地受控于领主大名。在高冈城下町，町民的住宅地分为免租的劳役地、有租的地租地和纳借地金的佃包地三种。地租按町家宽度及进深征收，松江、高冈每年征课五次。（34）免租的町负担传马或种种公役，实际上是地租体现为劳役的形式。夫役和传马负担沉重，（35）两者都以町屋的正面宽度为基准征收。市政费也是按町人的房屋宽度缴纳，有附加地租的含义。松代町的市政费包括消防、维修、司法、町政、对修行者和他藩过往武士负担食宿以及举办祭典费用等。如以六尺为一间，五间宽度的町家，负担就达一年二百零一文五厘。（36）此外还有极其烦苛的各种临时税。这些征课表明，城下町町人受领主封建捐税的剥削决非轻微，它使町人的经济能力受到极大削弱，制约着市民阶级的发展。