因此，考察归来的岩仓具视等人根据在国外所获得的知识和日本国内外的形势，提出应当优先搞好内政的意见，即所谓的“内治优先”论，与西乡隆盛等主张立即对朝鲜用兵的征韩派进行了针锋相对的斗争。岩仓具视在关于朝鲜遣使的奏折中说，此次出使欧美，“就其实地，察其形势，其议改约之难，更出于意料之外，非一朝一夕可以奏功。若不能著实效实力，则竟复国权亦难。”而“夫著实效实力，唯在于努力整备政治，使民力臻于雄厚。”（30）基于这一思想，他在奏折中提出，在日本目前的情况下，“维新以来才四五年，国基非坚固也，政治非完备也，虽治具似备而警虞难测，方今之时未可轻图外事也。”（31）征韩论首唱者之一木户孝允在归国后也一变而力主内治优先。他说：“今日之急务，以节俭为主，经理财务”，应当“首先励我治务，厚我国力”（32），暂缓外征，“以治内政为第一著”（33）。大久保利通更进而分析了国内外形势，提出反对征韩的七条理由：一、政府基础尚未确立，自前年以来各地骚扰不断发生；二、政府财政困难，债台高筑；三、新政府的改革事业尚未成功，恐因战争而半途中断；四、将使进出口不平衡加剧；五、将使觊觎日本已久的俄国乘虚南下；六、恐使日本的主要债权国英国进而操纵内政；七、方今急务是修改不平等条约，恢复国家的独立（34）。这些都是新政府在国内外所面临的重大问题。可以看出，岩仓等人的“内治优先”思想反映了他们通过这次国外之行，更深刻地了解了所置身的国际社会和国际形势，要从根本上学习西方的近代化经验，把日本建成独立富强的近代国家的愿望。因此，与其说内治优先派对征韩派的反击是权力之争，还不如说是这些掌握了建设近代国家的最新知识的人们，为了实现自己的政治理想--完成日本近代化而进行的斗争。这场争论和斗争，实质上是为了把日本的近代化推向一个新阶段，在政府内部必然要进行的思想论战和政治准备。
    当然，“内治优先”论者决非从此变成和平主义者。他们在反驳征韩论者的同时也丝毫不隐讳外征的企图，声称“先治内，以图民心之安堵与国力之发达，然后徐及之亦决未为迟也。”他们认为“内治整顿，本也；对韩问题，末也。本立则末理。其大而重者治，则小而轻者如破竹之迎刃自解耳。”（35）可见他们决不是要改弦更张，放弃对邻国的侵略政策，只是要把这一政策置于更为可靠的政治基础和经济基础之上罢了。但尽管如此，“内治优先”论较之立即征韩论无疑更符合刚刚经过国内战争，新政府初创，政体制度迭经改革的日本的国情。它要在日本建立相对稳定的秩序和发展资本主义的作法无疑还是应予肯定的。
    这场征韩论争最后导致明治六年十月的政变，使西乡隆盛、板垣退助、江藤新平等主张征韩的官员退出政府，“内治优先”论者（主要是岩仓使团成员）掌握了政权。政府内形成了以大久保利通为实际领袖、旨在以西方为模式发展资本主义的核心。
    “内治优先”论者取得政权后采取的第一个具体措施就是设置内务省，以参议大久保利通为内务卿。关于设置内务省的具体议案是一八七二年夏参照左院法国雇员布斯奎特的有关法国内务部的情况介绍写成的。它把户籍寮放在首位，警保、劝业二寮居次。大久保利通在着手设立内务省时，则把警保、劝业二寮作为一等寮，户籍寮为二等寮。警保寮的职责是“预防人民之凶害，保守其权利，看护其健康，使安于营业，保全生命。”劝业寮的职责是“劝奖全国农工商诸业，使确实盛大。”（36）由此不难看出，大久保在机构设置上的用心所在。主要以维护国内治安和保护民间产业发展为目的的内务省，担负起明治政府推行集权化措施和发展资本主义的重大任务。
    在设立内务省的同时，大久保还援引留守政府中最有资本主义经验的实务官僚，同是主张内治优先的大隈重信和在出使期间与己意见相同的伊藤博文为左右臂，分掌大藏和工部二省。这样，内务、大藏、工部三省联成一体，在政府中居主导地位，形成大久保政权的核心。大久保政权的形成在日本资本主义发展史上具有不容忽视的地位。明治政权成立后，虽然明确了以西方为师进行改革的方向，但在当时政府中较为熟悉资本主义、真正认识到在日本发展资本主义重要意义的人，还只是被称为大藏省系统的二、三流官员，如大隈重信、伊藤博文、井上馨等为数不多的人。他们积极主张发展经济，促进文明开化，主张模仿西方建立一个近代化的统一的国家。这尽管得到政府最高首脑层特别是木户孝允的理解和支持，但仍遭到政府内外封建士族分子及其代表人物的反对，阻力很大。经过岩仓使团对西方广泛深入的考察，使大久保政权下的政府首脑对近代化有了新的更明确的认识，特别是大久保利通的思想转为急进，使他能够在征韩论政变后的政府中与大隈和伊藤形成一个发展资本主义的领导核心，成为政府内的主流派。从而使有利于近代化的改革措施得到坚决有效的贯彻。据统计，大久保政权中内务、大藏、工部三省的官员数占政府官员总数的一半以上，三省的年开支额也与海、陆军二省大体相当，约占政府每年总开支的百分之四十以上（37）。可见三省的重要和大久保政权在殖产兴业政策上所倾注的巨大力量。
    除了改组政府机构和更换政府主要成员外，大久保还把通晓“洋学”和在地方上改革有成绩的官员拔擢到中央政府里来。例如曾任日田县知事，在推行振兴产业、兴办水利、发展文教方面治绩显著的松方正义，历任武藏、小菅、印藩、群马、人间、熊谷等县知事，计划改良蚕丝、制茶业，奖励畜牧，兴办新式器械纺纱工场的著名地方官河濑秀治，曾在幕末唯一的一所研究传授西方知识的机构“蕃书调所”（后改称开成所）担任总裁，并负责外交、财政的前幕臣大久保一翁，曾任“蕃书调所”教授的神田孝平、箕作麟祥，曾在开成所供职的西周、津田真道，曾任幕府军事总裁的胜海舟和海军奉行的榎本武扬等，大批具有近代资产阶级思想，长于实际业务的学者、技术官僚、军事官僚在政府中担任重要职务，使日本地主资产阶级政府中成员的阶级构成发生前所未有的变化，得以更能胜任这一历史转折时期的重任。