在农产品中，稻米以外的旱田作物的增产最引人注目。由于农民生产的稻米绝大部分被领主当作年贡征收，而且法律限制农民食用大米，所以农民设法增产杂谷，以保证自己的食粮。他们在稻田里间种麦子，在旱田种植稗、粟、豆等作物。由于开发水田受地域等条件限制，且投工较多，一般小农无力开发。因此开发的新田以旱田居多。同时由于这些新耕地可以作为隐田而避开领主的年贡赋课，所以随着新田的开发，小农独立经营的势头日益加强。稻米以外的谷物生产的增加，不仅保证了农民的口粮需要，剩余谷物还可以转化为商品。因为，一方面谷物生产具有地方特点，各地和个人之间需要一定的交换；另方面，随着商品经济的发展，领主对货币的需求日益强烈。为了增加货币年贡，领主自十七世纪中叶开始准许农民买卖谷物以交纳货币年贡，这样，农民就逐渐地卷入商品经济的漩涡。（15）旱田作物中，最重要的是以桑、茶、楮、漆和红花、蓝、麻（棉）等所谓“四木三草”为代表的商品作物的生产，由此促进了农村加工业的发展。这时，养蚕业已在丹后、丹波、美浓、信浓或关东西北部等地区普遍发展起来。茶的生产以山城、近江、伊势、伊祝、骏河为中心。槠为越前、长门、土佐等地的特产物，它们的种植促进了农村造纸业的发展。蓝以阿波，红花以出羽为中心。麻是武士礼服的原料，需要量很大。北陆、出羽生产的麻，以大和为中心制成麻织品。十七世纪末，奈良有织机七千六百余台。棉花的种植在畿内的河内、摄津、和泉等地特别发达。在摄津国平野乡近1万人口的乡村，棉花的种植地占耕地的6-7成之多。许多农家从事棉织品的加工业。棉的增产还促进棉籽油制造业的发展。“四木三草”以外，菜种、生蜡、烟草的生产也在许多地区发展起来。菜种的栽培以九州中心，普及整个西日本。生蜡以筑前、筑后为主要产地，每年集中在大阪的生蜡80％来自筑前。据十八世纪初幕府对全国的烟草生产额和耕地面积的调查，常陆国种植烟草的土地多达115余町步，产额173万斤。（16）
    社会生产力的提高和全国交通的发达（17），活跃了商品流通，促进了市场和都市的发展。作为西回航路起点的酒田港，在航路开发前住户1,277家，开航后27年发展到2,215户，增加76％。1683年，从春到秋入港船数达3,000艘之多。越后新泻港，1679年入港船数3,500艘，货物除稻米以外，还有大豆、小麦、粟、稗、木棉、绢紬布类以及红花、纸、蜡、漆、盐、钢铁类、烟草、酒、油、木材、鱼哲等等。（18）随着农产品的商品化，农村加工业日益发展。据幕府对全国110个村的调查，到十九世纪初，有20-25％的农户兼营工商业。（19）先进地区农村加工业的发展，吸引着周围农村的劳动者，遂使人口增加，村镇繁荣。另方面，投放到领主城下町乃至幕府三大都的农民商品也日益增多。十八世纪初，仅在大阪的各国专门商店就达一千八百余家，十八世纪后半期达到居于压倒的优势。
    农民商品经济力量的发展，日益危及着领主经济。农民的商品增加，排挤领主的商品米的经营，致使领主的收入日减。如前所述，幕末时期领主收入只占全国总收入的37％，而农民（含地主在内）却占63％。另方面，由于商品发达，领主的支出增加，货币流通量日益不足，因而造成领主的财政危机。领主为增加年贡收入，早自十七世纪中叶就不得不准许农民买卖除米以外的杂谷和土特产物，以货币形式交纳年贡。到十七世纪末，甚至不得不以抵押或有期出卖等形式变相地承认土地买卖。于是，幕府关于土地买卖的禁令等于有名无实。土地买卖必然引起农民的分化。一些农民通过土地买卖或开发新地而变成新地主，多数农民则变成无地或少地的穷苦佃农。与此同时，城市大商人乘机插手农村，兼并土地，经营农业商品，控制农村手工业，成为新兴的商人地主。这样，就在领主和农民之间出现了一个中间剥削阶层--新兴地主，这个阶层与领主争夺农民的劳动果实，致使领主的权益日益受到削弱。自十七世纪末叶起，封建幕藩制度走上了瓦解的道路。
    我们知道，幕藩制领主经济的特点是：（1）幕藩制的土地所有制体系，（2）封建的小农经营--本百姓体制，（3）以领主商品经济为中心的幕藩制市场结构。农民商品生产的发展，农民的独立的经济地位日益加强，从根本上动摇了幕藩体制的经济基础。这是因为，第一，农业商业化和农民的小商品生产者化，在一定意义上改变了小农经营的特点。从事商品生产，必然接受市场规律的支配，而这种市场规律是和自给自足的自然经济规律相矛盾的。所以，农民一旦卷入商品经济的漩涡，就必然对幕藩制经济基础起着瓦解的作用。第二，农民商品经济的发展，逐渐使幕藩体制下的全国商品流通变质。甚至幕藩领主的商品流通中心大阪、江户、京都也在它的影响下，开始从幕藩领主的中心市场向国民性的国内市场转换。（12）这样，就打破了领主对商品流通和国内市场的独占，由领主经济逐渐转变为国民经济。农民商品经济发展，引起农民的分化，一部分上升为地主的有力农民与领主争夺权益，而多数下降为无地或少地的贫苦农民，无力完纳年贡。另方面，大商人也深入农村，兼并土地，成为商人地主。这就从根本上破坏了幕藩制封建土地所有制体系。最后，城市和农村商人，向贫困农民或农村手工业者提供生产资料，让他们在自己家内从事生产，然后包收全部产品，支付给他们部分工资。这种经营形式称为“问屋制家内工业”。问屋制家内工业，显然已不再是封建的手工业作坊。而是具有资本主义因素的分散的手工工场了。这样，就在封建社会内部萌发了资本主义生产关系。它的进一步发展，就为封建社会向资本主义社会过渡奠定了基础。