从军事上看，海上东西航路打通之后，葡萄牙、西班牙、荷兰、英国等早期殖民国家，继在中南美洲、非洲和亚洲南部的殖民扩张屡屡得手之后，又把军事侵略活动推进到中国沿海。但是，除了澳门被葡萄牙以贿赂和欺骗的手段窃据而与中国政府共管外，一度被这些国家占领的中国领土台湾和其他沿海据点，都被中国一一收复。这说明，当时的中国有足够的军事实力保卫领土完整。
    在这种经济和军事实力的对比之下，欧洲国家的殖民扩张不可能对中国构成严重的威胁，它们所能做到的仅仅是与中国通商而已。何况，从政治上来看，当时的中国政府领有全部主权，任何外来势力都没有力量干涉中国的对内对外政策；任何一个来华的传教士都不可能凭借他们派遣国的经济、政治和军事力量对中国进行殖民侵略。恰恰相反，他们只有低三下四地求得中国政府的准许、默认或宽容，才有可能在中国进行传教活动，中国政府一旦禁教，他们便只能乖乖地溜回澳门。
    最早向海外殖民扩张的国家是葡萄牙和西班牙，最早向海外派遣传教士的也是这两个国家，这说明，这两件事情之间确有紧密的联系。但是，就本文论及的时期而言，这两件事情之间却不能简单地划上等号。如上文所述，葡萄牙和西班牙对中国的侵略扩张因实力不足而不能得逞，而比这两个国家更强的另一个殖民主义国家--英国，却在这段时间中未曾派遣任何传教士来华。实际上，传教士来华不仅与派遣国有关，更是罗马天主教会的需要。因为，在宗教改革浪潮的冲击下，天主教在欧洲的势力范围大大缩小，亟需通过向欧洲以外地区的传教活动，扩大其势力范围，以弥补在欧洲失去的地盘。第一期和第二期耶稣会士来华总的历史背景虽然大体相同，但具体的历史条件却有所不同。
    葡萄牙和西班牙在海外扩张中的冲突，导致“教皇子午线”的划定，不久后冲突再起，1529年缔结新约，将西班牙属地的西界定在摩鹿加群岛以东17度。从此，包括印度、中国和日本在内的远东地区，属于葡萄牙的势力范围，葡萄牙对该地区拥有独揽传教事务的“保教权”。1540年，耶稣会士沙勿略·方济各奉教皇之命东来，在日本进行了多年活动后，试图进入中国，未获成功，死在珠江口的上川岛。1557年，葡萄牙人获准在澳门交纳地租建屋居住后，澳门教区即告成立。此后，传教士接踵而来，开始向澳门的中国人传教。起初，他们把在南美洲推行的那套办法搬来对付中国人，规定“凡欲进教保守者，须葡萄牙化，学习葡国语言，取葡国名姓，度葡国生活。”④这种赤裸裸的殖民主义行径，在南美洲可行，在中国却行不通。另一名传教士范礼安以巡视员身份到达澳门后，发现了这个问题，汲取耶稣会士在日本被逐的教训，力主改变传教方法。随着罗明坚、利玛窦的到来，开始了耶稣会士来华的第一期。
    葡萄牙长期独领“保教权”，澳门教区的主教必须由葡萄牙政府推荐的葡萄牙神父担任；东来的传教士，不论其国籍，均需从里斯本搭乘葡萄牙船只，经由澳门赴任。这种做法不但引起其他欧洲国家的不满，也削弱了罗马教廷对传教事务的控制。何况葡萄牙无力派遣足够数量的本国传教士，却又对别国派遣的传教士横加阻挠。针对这种情况，罗马教廷于1622年设立传信部，直接组织和管理海外传教事务。为了使来华非葡籍传教士不受制于澳门主教，教廷又在中国推行宗座代牧制；宗座代教由罗马教廷委派和任命，分别署理中国不同地区的教务，不受澳门教区管辖。首批被任命的三位宗座代牧全是法国人。此时葡萄牙的国力日衰，而法国则尚处在路易十四的强盛时期，极欲扩大它在远东的影响，夺取葡萄牙在远东的地位。耶稣会士来华的第二期便是在这种历史条件下开始的。
    生活在具体的狭小环境中的人，不一定对自己所处的历史背景有自觉而清晰的认识。来华耶稣会士虽然都肩负着为他们的国家和罗马教廷扩大势力范围的使命，他们踏上艰险的旅途时，为的却是传布福音，拯救生灵。
    在第一期中，葡萄牙的“保教权”虽然尚未受到严重挑战，但来华传教士中葡萄牙人并不占多数。以1616年为例，当年在华的15位耶稣会神父中，葡萄牙人仅5位。⑤第一期中，影响较大的利玛窦、汤若望、艾儒略、南怀仁等都非葡籍。这些非葡籍耶稣会士虽然都是经葡萄牙当局批准来华，并且受葡萄牙人的管辖，但他们却从未将为葡萄牙的利益服务视为来华传教的目的。他们来华的经过和在华的活动表明，他们来华的动机只有一个，那就是为上帝和教皇服务，在中国传教，使中国人皈依天主教。他们的祖国当时都是欧洲的小国或弱国，有的尚未统一，他们不可能在中国为自己的祖国争得任何具体的利益。葡籍耶稣会士虽然兼具上帝的使臣和葡萄牙国王的臣民双重身分，在华维护本国的利益，但主要也只是保护保教权，巩固其在华教务中的霸主地位。由此可见，葡籍耶稣会士来华的主要动机，也是传教。
    第二期来华耶稣会士中不少是法国人，他们发挥了重要的作用。卫青心神甫在谈到法国耶稣会士时写道：“这些伟大的传教士既是上帝的使臣，又是法国国王的非正式代表，同时也是欧洲自然科学的盗火者。”⑥卫神甫这段话道出了法国耶稣会士来华的三个动机。第一，他们之所以冒九死一生的危险，远涉重洋来到中国，首先是为了弘扬基督教。第二，白晋等首批来华耶稣会士不是由罗马教廷，而是由法国国王派遣的，政府负担他们的旅费和年金。为他们的祖国服务，当然也是他们来华的动机之一；具体地说，他们要尽力削弱葡萄牙的在华势力和影响。正因为如此，他们来华时，既不经由里斯本，也不搭乘葡萄牙船，而且避开澳门，选在宁波登陆。关于第三个动机，即开展科学研究，需要略为多说几句。