《现代化第一基石》在方法论上的主要特色是运用了比较研究的方法。
    人类历史具有普遍和共同的规律，但同时各民族、社会历史之间又存在着差异。不同社会历史背景便会导致不同的社会演进路线。在封建社会解体和资本主义起源问题上进行中西或西方各国历史间的比较，既能清楚地看到资本主义在中世纪西欧赖以萌发、成长的特殊环境，看到西方各国资本主义发展的各自特点，又能深化对东西方封建社会差异性和不同发展道路的认识。有助于我们提出问题，找到理解历史现象的钥匙。历史比较的类型是多种多样的，有寻找相异点的比较，有寻找相同点的比较，还有既找相同点又寻相异点的比较。《现代化第一基石》在比较方法上采用了求异法，即通过考察中国封建社会晚期农民的物质生产实践活动、社会生活和社会结构等方面与英国相关历史的差别，从而回答造成中英封建社会延续时间长短不同的原因，以及从封建主义向资本主义过渡的动力来自何处等一些具有重要理论和现实意义的问题。
    中国封建社会何以长期延续？中国几代学者为之倾注了经久不衰的研究热情。30年代前期，抗日战争爆发迄新中国成立前，50年代及60年代，1978年以来至今，中国曾掀起四次大规模的关于中国封建社会长期停滞和延续问题的论战和讨论，比西方关于“过渡”问题的争论有过之而无不及。论者从地理环境、政治体制、经济结构、所有制形式和意识形态等多方面探讨了造成中国封建社会长期停滞或延续的原因，具有一定的启发和积极意义。但由于论者都没有同其他国家历史进行广泛深入的比较，因此讨论没有达到预期的效果。
    在《现代化第一基石》的前一部分中，作者运用农民个人力量发展和社会环境变迁的双重分析框架，探讨了英国封建社会解体、农村现代化起源的条件和原因。同理，中国封建社会晚期的农村中由于不具备或缺乏如英国那样的条件和环境，因此农村中也就没有形成足够的变异力量来冲破凝积了两千多年的封建自然经济结构和封建政治结构。基于此，本书得出的导致中国封建社会长期延续的许多结论，都是通过与英国相关历史的比较取得的。
    中国封建社会解体时期的农业劳动生产率非但没有大幅度提高，增长势头却逐渐放慢甚至出现衰滞局面。尽管明清两代的农产品单位产量和总产量较前都有提高，但就农业劳动生产率而言，清中叶较明中叶不是上升了，而是下降和倒退了。这同英国封建晚期农业劳动生产率成倍增长的局面形成鲜明对照。到19世纪中叶，中国人口已突破4亿大关。由于清代全国荒地已基本开拓殆尽， 增加粮食产量只能走技术进步的道路。然而自然经济下的小农生产方式阻碍了农业技术进步的速度。由此，一方面是人口迅速增长，另一方面资源和生产能力已达到甚至突破承受的极限，造成生产力的萎缩、生活资源滞后于人口增长的恶性局面，人口同资源和生产能力的矛盾成为阻滞现代化在中国近代农村发生的最深层、最本质的社会问题。英国19世纪的人口较16世纪增加3-4倍，但由于农业改革和接踵而来的工业革命，生活资源超前于人口增长，这是一种良性发展的道路。农业劳动生产率的衰滞，直接制约着中国农村产业结构的调整以及农产商品率和储蓄率的发展。中国封建社会晚期农业经济区向多样化发展，但经济作物的推广并非如英国那样建立在农业生产力提高和市场需求基础上，而是封建政权干预和仅靠农产品收入难以为生的不得已而为之的结果。所以经济作物的产品基本上用于农户自身消费或交纳赋税，进入市场的比例极小。乡村棉纺业虽有较大发展，但除个别情况外，大多数农村纺织业一直囿于最传统的生产模式，没有像英国乡村工业那样从单纯的农耕业中分化并发展崛起为独立的家庭工副业。由于它们基本用来满足个人消费，故这类产品价格长期低于粮食产品价格，经营前途不大。这样，中国传统的农业结构一直没有出现英国那样有利于农产商品化和农村工业化的重大改观。
    封建社会晚期中国农民极低的物质生产和物质交换能力影响了劳动者物质力量的积累，也制约着以此为基础的社会生活的更新与开拓。中国农村个体的不发展，成为他们无力冲破专制体制，甚至在某些方面成为强化专制体制的原因。与英国相比，中国农村的社会结构表现出异乎寻常的稳定性和持续性。就广大农村而言，中国封建晚期并没有发生如英国那样的种植业劳动力向乡村工业转移的现象，也没有出现像英国那样一大批积累了相当可观财富的农民向城市和新垦区流动的趋势。中国的广大农民也没有像英国公簿持有农那样获得人身自由和对其劳动力的自由支配权，更不可能如英国一部分幸运的自由世袭持有者和公簿持有者那样，上升到富裕的约曼和乡绅行列。在中国封建社会晚期的农村中，封建统治阶级里找不出英国的乡绅、骑士以及新贵族；在农村社会里找不出约曼。一句话，封建解体时期的中国农村没出现英国那样的资产阶级化了的“中间阶级”这样一支新的社会力量。封建社会晚期，大地产经济也成为中国农村一个十分突出的现象。但中国没有英国那样的资产阶级化的大农阶层，唐中叶后“国家编户”制下的自耕农小块土地所有权日益萎缩，因此，以官绅地主和宗法地主为代表的封建地主土地所有制在明清时代取得支配地位。马克思曾深刻地指出“土地的所有权是个人独立发展的基础。它也是农业本身发展的一个必要的过渡阶段”（29）。包括英国在内的许多西方国家都先后经历了小块土地所有权那样必要的过渡阶段，虽然这种“所有权还隐藏在封建的招牌后面”（30），但它对自然经济的最终解体发挥了至关重要的作用。正是“自耕农的这种自由小块土地所有制形式，作为占统治地位的正常形式”，成为“封建土地所有制解体所产生的各种形式之一”（31）。封建社会晚期的中国农村中，雇工制和租佃制虽不乏存在，但其生产关系从本质上讲仍然是封建宗法性的，根本不能同英国封建解体时期的农村里具有企业化、专业化和商品化生产特点的资本主义租地农场等量齐观。在英国封建社会晚期，对金钱的支配比对人的支配更重要，“货币是一切权力的权力”（32）。而中国政治权力仍然支配一切，“贵”可以“富”，“富”不能“贵”，经济衔接政治的道路没有打通，因此仍处于具备前资本主义的一切特点的“单轨”社会。