制度变革进一步深入的措施是1961年政府颁布的“农业基本法”，其主要内容是扩大农业生产单位的规模，把小规模家庭农场转变为能够提供与非农户收入相匹敌的农业收入的适存农场。扩大农业生产单位的规模采取了两种手段：一是减少效率低的农场数目，二是在保留下来的农场中发展合作经营。
    日本政府最初制定的目标是1970年建成一百万个适存农场（Viable Units），要实现这个目标，就得将日本600万个农场中的1／4在10年以内关闭， 把它们的土地转给适存农场。日本政府为了鼓励扩大农户经营规模采取了一些重大措施，如1962年废除对农户占有土地不得超过3公顷的限制；1961 年颁布“农业现代化基金补贴法”，对农民购买土地、牲畜、 机器的费用从农业合作社贷款利息中给予补贴；1962年实行农业结构改良计划，政府对村上投入土地基本建设、生产设施和运销设备的资金给以资助。但是，预定的1970年建成100万个适存农场的目标远没有实现。据估计，1960年时适存农场有52.1万个，到1970年不但没有增加，反而下降为35.3万个，而且适存农场在农业总产量、耕地面积占用、农业劳动力和农业固定资本的比例方面也没有显著增长；1970和1960年相比，农户总数由605.7万户减少为534.2万户，⑩减少了约1／10，而不是预期的1／4。这说明， 日本农业基本法中旨在扩大农场规模的措施未能获得完全成功。
    （四）保护政策的继续和加强
    50年代以来，日本政府对农业的保护政策不断加强。首先是完善了对农产品的价格支持制度，从而形成了一个完整的农产品价格支持政策体系，主要内容有：
    （1）成本与收入补偿制度这种方式主要用于对大米价格的支持。 所谓成本与收入补偿，是指大米的生产者价格由“生产成本与收入补偿公式”确定。按照这一公式，大米价格由单产低于全国平均水平一个标准差的农场的生产成本计算，农民投入水稻生产的劳动价格按工人的工资水平计算。这样确定的大米价格，既保证了绝大多数农民的水稻生产收入能补偿成本消耗，又保证了稻农的收入水平能与工人相当。由于工人工资的急速增加，按这个公式计算的大米生产者价格也迅速上升，日本政府于1960年采用了这种定价公式，至1968年，大米的生产者价格即上涨了1倍，生产者价格超过进口价格的幅度则由1960年的不及50％提高到1968年的120％。农民生产的大米则由政府按规定的价格全额采购。
    （2）最低保护价格制度这种方式主要用于对小麦、大麦以及加工用的土豆、甘薯、甜菜、甘蔗等的价格支持。为了保证这些产品的价格不至于跌至很低的水平，政府规定了最低价格标准，若市场价格低于规定的最低限度时，产品全部由政府的有关机构按规定的最低价格购入。
    （3）价格稳定带制度这种方式主要用于对肉类和奶类产品的价格支持。 这种价格支持制度是政府在自由贸易的前提下，通过买进和卖出的方式，使产品的市场价格稳定在一定的范围内，从而形成了所谓的“价格稳定带”。“价格稳定带”一般要高于市场均衡价格。
    （4）价格差额补贴制度这种方式主要用于对大豆、油菜籽和加工用牛奶等产品的价格支持。根据这个制度，政府规定目标价格，当市场价格低于目标价格时，政府把实际市场的价格与目标价格之间的差额直接补贴给农民。这种制度的作用与最低保护价格制度类似，不同的是，在这种制度下，农民可以在市场上按体现供求关系的自由价格全部出售其产品。
    （5）价格平准基金制度这种方式主要用于对蔬菜、小肉牛、仔猪、蛋类及加工用水果等产品的价格支持。这种制度实质上也是一种差价补贴制度，所不同的只是，当这些产品的市场价格低于政府规定的目标价格时，价格差额不是全部由政府支付，而是由政府、农协和生产者三者共同出资建立的资金支付。这种由政府、农协和生产者共同出资建立的基金被称作“价格平准基金”。
    其次是建立了一套完整的农业投入补贴制度，基本内容为：
    （1）水利建设补贴制度水利建设补贴是日本农业投入补贴的重点对象， 对于大型的骨干工程，则由中央政府直接投资兴建；对于小型的工程，则由政府提供补贴，补贴额占全部费用的比率大约在80％左右，有些工程甚至可达90％，政府还为由农民负担的部分提供低息贷款。
    （2）农地整治补贴制度农地整治包括土地改良，农田扩并与整形、 农用地开发、水田改作等。以水田改作补贴为例，1970年以来，由于大米过剩，政府为了限制大米生产，鼓励水田改种旱地作物，并为此提供补贴，补贴数额根据改作前水稻产量和改种的作物品种来确定，如每0.1公顷的水稻田改种大豆、小麦、饲料作物最高，可补贴7.6万日元，最低为2.6万日元，平均为5.5万日元，（11）原水稻产量越高，得到的补贴就越多。
    （3）机械设备补贴制度农民联合购买拖拉机、插秧机、联合收割机、 育苗设施、大型米麦加工、烘干、贮藏设备以及某些灌溉、施肥设施等，都可以得到政府的补贴，补贴的数量一般可占到全部费用的50％左右。
    （4）基础设施补贴制度农民联合建筑温室和塑料大棚、 建筑现代化养猪、养鸡、养牛场等，也可以得到政府的补贴，补贴的数量一般占到全部费用的40％左右。另外，农民联合栽培多年生植物、果园、茶园、桑园等，也能得到政府的一定补贴。
    （5）农贷利息补贴制度亦即“制度贷款”制度。 政府补贴以外的农业投入费用由农民承担。为了鼓励农民向农业增加投入，日本政府通过低息贷款的形式给农民以支持，早在50年代就实行了“制度贷款”制度。所谓“制度贷款”是指按照法律、政令、条例以及纲要，国家、地方公共团体或相当于地方公共团体的机构成为贷款的当事者，通过利息补贴、损失补贴、债务担保以及其他类似的优惠措施进行干预的那部分贷款。 “制度贷款”属于长期低息贷款，其利率比市场利率低1／2～2／3。“制度贷款”按政府干预的方式不同分为三种：Ⅰ、通过债务担保的形式，吸收日本各银行的资金投入农业，以减少银行投资农业所承受的风险；Ⅱ、利用农协系统的资金，政府给予利息补贴、损失补贴和债务担保，由于“制度贷款”的利息比普通贷款低，为了使农协不受损失，利息差额由政府给予补偿，另外还规定，若贷款由于各种原因收不回来时，损失由政府承担，日本政府在1961年还专门成立了“农业信用资金协会”，专门对农民贷款实行担保，以使农协的资金顺利向农民贷出；Ⅲ、政府通过国家的金融机构直接发放的财政资金贷款。“制度贷款”的主要项目有：Ⅰ、农林渔业贷款，主要用于农田水利建设、垦荒、农用设备的购置以及扶植自耕农等；Ⅱ、农业改良贷款，主要用于建立和发展农业的新部门、新技术的推广普及等；Ⅲ、农业现代化贷款，主要用于支持农民购买农业现代化机械、设备、优良种畜、多年生植物和建设生产建筑物等，目前日本农民为购买各种现代化技术设备和其他生产资料需要的借款，几乎都是通过这种贷款形式。
    与价格支持所产生的“价格效应”不同，对农业的投入补贴保护所产生的主要“成本效应”，即政府的投入补贴使农产品的生产成本减少，农民由此而得到好处。精确地估计日本政府的投入补贴政策，对降低农民农业生产成本做出了多大贡献进而对农业保护作出了多大贡献是困难的，但是，如表1所示，1984 年日本农业资本形成的40％来源于政府补贴，20％来源于制度贷款，如果把制度贷款中的信贷补贴加入农业投资的直接补贴，则其总量要占到农业资本形成的一半左右，补贴占资本形式的比率在土地基础设施投资中尤其为大。表1还表明，政府补贴作为农业投资资金来源的比重是不断增加的趋势。