1898年4月东亚会成立。此会与东邦协会有密切的组织、思想联系。中心人物之一为福本诚。在福本诚的“渡欧送别会”上，陆羯南、三宅雪岭、池边吉太郎及帝大、早大学生数十名集合，由井上雅二、香川悦次（怪庵）为干事，筹备此会。1898年春，江藤新作一派加入其中，合同立会，（注：日本东京东亚同文会编：《对支回顾录》下卷，东京：原书房1968年复刻版，第875頁。）而将井上与江藤组合一体的中介是平冈浩太郎。这样进步党系政治家与《日本》杂志社，再加上学生团体，组织起东亚会。
    这个组织的中心活动家井上雅二著《兴亚一路》云：1898年春，日本桥偕乐园，陆羯南、三宅雪岭、犬养毅、平冈浩太郎、江藤新作、香川悦次、井上雅二共商下列数点：1.发行机关杂志，2.研究时事，发表所见，3.吸收横滨、神户地区的中国人入会，4.许康有为、梁启超入会。
    同在1898年，又出现同文会。此会得到贵族院议长近卫笃麿及长冈护美、谷干城的支持，岸田吟香、宗方小太郎、井手三郎做了很多组织工作。这是荒尾精门下的“大陆浪人”与近卫笃麿以及他所经营的“精神社”合作的产物。（注：酒田正敏：《近代日本にぉける对外硬运动の研究》，东京：东京大学出版会，1978年，第114頁。）机关刊物为《东亚时报》。（注：值得注意的是，《东亚时报》从第6期开始由中国唐才常任主编。）
    近卫笃麿命中西正树、井手三郎、白岩龙平、大内畅三（近卫的秘书）等人起草“规约书”云：时局变迁，日中问题日益突出，憾无必要之机关，由此创立同文会以作“实地研究”。立于政党之外，专为疏通彼我人士之情意且助成工商之发达。近卫笃麿说“东洋是东洋人的东洋，处理东洋问题是东洋人自己的责任”，东洋之未来终将遭遇人种之较量，东洋之前途取决于“黄白”较量的结果。为此“人种较量”的胜利，日本与中国共以西洋为敌。
    近卫的同文会与福本诚等人的东亚会不属同一个系统。然而，这个组织吸收极具侵略性的荒尾精等“大陆浪人”为成员，其意义与东亚会吸收头山满与内田良平相当，说明日本亚洲主义开始与侵略主义走上合流道路。
    1898年11月东亚会与同文会合并为东亚同文会，会长为近卫笃麿公爵。此会认为：西欧列强东渐，中国被西方蚕食，景遇悲惨，国家危急如累卵，值此紧迫状况，当推动中国改革，以期中国的“保全”与觉醒。
    东亚同文会主张将重点置于教育、文化领域，开展中国调查，推进研究与出版事业。东亚同文会出版有《清国通商综览》3卷，明治25年（1892）刊行。《支那经济全书》全12卷，明治40年（1907）刊行。《支那省别全志》全18卷，大正6年（1917）一大正9年（1920）刊行。并于1941-1946年，刊行基于东亚同文书院学生中国“大旅行”调查报告书编集的《新修支那省别全志》全9卷。
    1891年东邦协会成立，标志日本亚洲主义进入它的“异变期”。此期的亚洲主义即为“异变亚洲主义”。这时期的亚洲主义，理论上炮制“日本膨胀论”，提出觊觎中国领土的“保全支那”论；实践上继承日本浪人集团的侵略“传统”，开展对中国“实地”调查，为日后侵略中国积累情报资源；组织上与玄洋社、黑龙会采取合作态度，吸收日本浪人集团入会。从1891年开始，日本亚洲主义跨过一个坎，向着侵略亚洲主义方向亦步亦趋。
    日本亚洲主义在1891-1898年间发生急遽变化，一个原因是日本在1889年“帝国宪法”颁布，次年“帝国议会”的开幕，因“天皇制国家制度的确立”，而致“大亚细亚主义（侵略亚洲主义）抬头”；一个原因是甲午战争爆发（1894年）给日本思想界以巨大冲击，使极端“国家主义”与极端“民族主义”获得空前的话语霸权。
    我们把1918年定为日本“侵略亚洲主义”的成立之年。这年10月以大川周明为首，建立“老壮会”。1919年8月，大川周明一手组织，北一辉出任领导人，建立“犹存社”。1928年11月，“满洲青年联盟”建立。1933年，“东亚联盟论”正式出台。1939年产生“东亚联盟协会”。日本亚洲主义自从经由“异变亚洲主义”阶段之后，便如祸水决堤，一路狂泻，成为“侵略亚洲主义”。
    1902年“日英同盟”建立，进入大正时期（1912-1925年）以后，日本在经济上出现高速增长，政治上出现政党政治，在外交上出现与欧美协调的“币原外交”。（注：王屏：《近代日本的亚细亚主义》，第166页。）在此同时，日本社会矛盾突出。1901年足尾矿毒事件激化，1907年出现足尾、别子铜山大暴动，1918年爆发“米骚动”。同时，社会运动趋于组织化。1898年社会主义研究会成立，1901年社会民主党诞生，1906年出现日本社会党。为转移国内矛盾，政府与民间“浪人”的右翼集团配合起来，加紧侵略亚洲的步伐。侵略主义的中心力量--日本军阀，在与“政党政治”的较量中，逐步走向政治前台与进入权力核心。
    日本亚洲主义一旦走上侵略的道路，即刻失去曾有的“民间”性、“古典”性与“初始”性，成为日本军国主义侵略亚洲的文化“盾牌”、理论“借口”与思想“指导”。