罗马在越海对伊利里亚王国大举用兵的同时，也积极地向富庶的伦巴第平原之东北推进。为了监视东阿尔卑斯山通道，镇压伊利里亚族系的伊斯特利亚人、达尔马提亚人的劫掠和骚扰，公元前181年， 罗马人于亚得里亚海北端沿岸建立阿奎莱亚殖民地，以作行动基地。（注：参阅[法]保罗·佩迪什：《古代希腊人的地理学》，中译本，商务印书馆1983年版，第102页。）面对罗马国家愈渐强化的压力， 伊利里亚人其他诸部仍继续进行了顽强的抵抗，战事遂移至伊利里亚北方和内陆。前177年，罗马欲图解除对阿奎莱亚的威胁， 曾派执政官克劳狄乌斯·普尔彻兴兵进攻伊斯特利亚人。前156年， 罗马又以达尔马提亚人袭其属民为由，派兵征伐，先被达尔马提亚人击败。罗马执政官腓加拉斯旋以重兵、弩炮连续猛攻， 始攻克达尔马提亚人固守的得尔密尼昂城。 前119年， 罗马执政官西西利阿斯·梅特拉斯初步降服了达尔马提亚人。在此前后，罗马人还相继出兵进征爱阿彼得人（前129 年）和塞吉斯泰人（Segestani，前119年），一度迫其臣服，但不久，他们重又反叛。前78年，达尔马提亚人再次起义，使罗马人罹受巨创，不得不耗费两年时间穷于征讨。因此，罗马对伊利里亚诸部的征服战争，往往此起彼伏，几经反复，旷日持久。在恺撒时期，伊利里亚人利用罗马人陷入内争、无暇他顾的混乱状态，伺机举事，接连消灭恺撒派遣的镇压部队（前50年、前48年），（注：参阅[古罗马]阿庇安：《罗马史》，中译本，商务印书馆1979年版，第335～336页。）他们还直接介入了恺撒一庞培之间的内战（注：参阅[英]N.G.L.哈蒙德、H.H.斯卡拉德主编：《牛津古典辞典》（Edited by N.G.L.Hammond & H.H.Scullard,The Oxford Classical Dictionary），牛津1979年版，第541页“伊利里库姆”条。）。这些行动实际上都起到了抑制和推延罗马征服步骤的作用，使他们一度赢得了短暂的自由。
    后来屋大维为征服伊利里亚人，也曾费尽心机。公元前35年，屋大维首次发兵侵入伊利里亚，先后征服俄克西伊人（Oxyaei）、柏托尼提人（Parthoneatae）、巴西阿提人（Bathiatae）、康培伊人（Cambaei）、美洛门尼人（Meromenni）、彼利西伊人（Pyrissaei）、内累西人（ Naresii ）、因特夫罗尼人（ Inerfruini）、格林提狄翁人（Glintidiones）、希巴西尼人（Hippasini）、培西人（Bessi）以及道兰底人、爱阿彼得人、潘诺尼亚人。其中，居住在外阿尔卑斯山地区的爱阿彼得人，桀骜不驯，蛮悍勇武。阿庇安说他们在“大约二十年内两次赶走罗马人”，还袭掠了阿奎莱亚和特吉斯特的罗马殖民地（注：参阅[古罗马]阿庇安：《罗马史》，中译本，商务印书馆1979 年版， 第340 页。）。屋大维不得不亲率大军前往征讨，并持盾挥剑，身先士卒，在美都隆与之展开激战，竭尽全力始得战胜爱阿彼得人。随后，他又移师力挫塞吉斯泰人的暴动。次年，屋大维第二次入侵伊利里亚，攻取达尔马提亚人占领的普罗摩那、西诺丁等城镇，最终降服了伊利里亚人中这一极富反抗精神的支系。
    罗马帝国建立以后，随着罗马人继续向多瑙河地区的扩张，公元6～9年，当地的潘诺尼亚人在布留西（Breuci ）领导下发动了二十万人的大起义，强烈震撼了帝国统治当局。屋大维派他的义子提比留统军讨伐，苦战三年之久，才将起义镇压下去。这是伊利里亚人抵抗罗马征服的最后一次大规模行动。
    显然，罗马完成对整个伊利里亚地区的征服，曾历经波折，有一个渐进、反复的过程，所以，罗马得以在当地建立统治机构，绝非一蹴而就，而是几经变迁。公元前167年伊利里亚王国败亡后， 其疆土被分为三部分，但似乎并未很快形成一个罗马人的统一的常设行政管理机构。（注：参阅[英]N.G.L.哈蒙德、H.H.斯卡拉德主编：《牛津古典辞典》（Edited by N.G.L.Hammond & H. H. Scullard,The Oxford Classical Dictionary），牛津1979年版，第541页“伊利里库姆”条。）开初，伊利里亚的一部分由罗马山南高卢总督辖治，其南部地区则被同马其顿联为一体。总之，当时罗马对伊利里亚的征服范围虽则逐渐有所扩展，但实际控制力可能还十分薄弱，仅仅停留在短期性地派兵弹压本地的一些部落的零星反抗活动之上。如同在其他被征服地区一样，罗马后来在伊利里亚设置了伊利里库姆（Illyricum）行省。 至于伊利里库姆行省的正式设立究竟始于何时，史载则多语焉不详。但一般肯定，直到奥古斯都（屋大维）时代完成对达尔马提亚人的征服以后，才称得上在整个伊利里亚地区最终组建起一个罗马行省（注：[英]G.E.马林丁：《希腊罗马名人传记、神话学与地理学古典辞典》（G.E.Marindin,A C' assical Dictionary of Greek and Roman Biography,Mythology and Geography），伦敦1925年版，第440页“伊利里库姆”条。 ）。大概直至公元前27年后，当罗马人着力于沿萨瓦河流域朝多瑙河一带不断扩张的时候，伊利里库姆仍是一个元老院行省（ senatorial province），约至前11年时，变为皇帝直辖行省（imperial province）（注：参阅[英]N.G.L.哈蒙德、H.H.斯卡拉德主编：《牛津古典辞典》（ Edited by N.G.L.Hammond & H. H. Scullard,The Oxford Classical Dictionary），牛津1979年版，第541页“伊利里库姆”条。）。公元9年潘诺尼亚人大起义失败后， 伊利里库姆始被罗马分成了两个行省，起初称上、下伊利里库姆，后改称达尔马提亚、潘诺尼亚行省。随着时光的流逝，行省的范围及名称虽时有变更，可是此后罗马对于伊利里亚人实施了长逾五百年的统治，却是不争的历史事实。
    由于原先文明程度存有的落差，伊利里亚人同罗马人的交往、文明成果的授受影响，并非完全平等，不过毕竟互有吸纳，多少尚属一种双向的交流。伊利里亚族系利布尼人时常用于海上劫掠的船只“利布纳”（liburna），以性能优越蜚声亚得里亚海一带， 曾深得罗马人的青睐而大加效法，嗣后屋大难就是采用这种战船在亚克兴海角一举大破安东尼舰队的。长期的交互影响，也在双方的语言中有所反映。罗马人使用的拉丁语里，据悉，就有某些词汇是来自伊利里亚语的（注：参阅《科利尔百科全书》（Collier's Encyclopedia），伦敦、纽约1980年版，第12卷，第517页“伊利里亚语”条。）。