1985年5月，萨尔内总统宣布制宪会议即将成立。围绕着制宪会议的组成，存在着两种立场。议会中的少数派，如巴西民主运动党左派、劳工党、民主工党的绝大多数成员，要求与过去的威权主义体制彻底决裂，主张在议会以外另行成立一个制宪会议。社会民主党、自由阵线党和巴西民主运动党的右派则主张1986年11月的选举后产生的议会作为制宪会议。萨尔内总统选择了后一种立场，将制宪会议和议会合二为一也符合军方在交出政权前提出的要求。为了在新宪法制定过程中捍卫自身的利益，军方组成了游说团，对议员施加影响。陆军的游说者向所有559名制宪会议成员散发了长达29页的小册子，题为《宪法主题》(Temes Constitucionais)，表达了军方对于影响到武装力量的主要宪法问题的观点。
    绝大多数制宪会议成员(也是国会议员)最初都宣称，新宪法中应减少赋予军方的权力。然而，制宪会议最终仍然决定，在新宪法中保留武装力量的许多特权，但同时也对这些特权在某些方面做出了一定的限制：
    第一，根据新宪法，保留陆军部、海军部和空军部三个独立的部门，而非建立统一的国防部。这就使得军方保留了更多的内阁职位，从而更有利于捍卫军方的利益。
    第二，新宪法第142款规定，军队的任务仅限于防御外来的威胁，“维持国内公共秩序”的任务不属于军队，而是“属于警察的职责”(12)。只有在文人政府发出命令时，军队才可履行维护国内安全的任务。因此，根据新宪法，军人的监护权(tutelage)虽然没有被彻底废除，但是，武装力量的行动自由受到了文人政治家的重要限制(13)。虽然这一限制并不能完全阻止军人对政治的干预，尤其是在军方重大的利益受到侵害的时候，但的确增加了军人干政的代价，因为宪法减少了军方干政的合法性。
    第三，军队和警察的分离是所有发达的民主制度的重要标志。军政府统治期间，各州武装警察(polícia militar)隶属于军队的控制。在新宪法制定过程中，军方强烈要求保留对各州武装警察的监督管理权。最后，新宪法规定，各州武装警察是“军队的辅助和储备力量”，但是在平常期间应置于州长控制之下，新宪法没有给予军方领导人干预武装警察的权力。
    第四，军方领导人要求新宪法保留国家安全委员会(CSN)，通过这个机构，军方高级领导人在广泛的经济、技术、社会和政治政策上发挥影响(14)。绝大多数政治家认为，国家安全委员会的存在使军方的权力过分膨胀，应该取消这一部门，将其权力转交给其它政府机构。1988年8月28日，制宪会议决定取消国家安全委员会，成立共和国委员会和国防委员会。共和国委员会完全由文官组成，负责就联邦干预、防御状态(state of defense)和戒严以及与民主制的稳定相关的问题向总统提供咨询。国防委员会由六名高级文官和武装力量的部长组成，负责就宣战与媾和、宣布防御状态和戒严以及对国家领土的安全绝对必要的地区加以征用等问题向总统提供咨询。但是，9月28日，萨尔内总统签署了法令(第96.814号)，成立国防咨询秘书处(SADEN)，其管理机构、人员和预算皆沿用自国家安全委员会。在萨尔内政府期间，国防咨询秘书处在秘书长拜马·德尼斯(Bayma Denys)将军的领导下，全面干预政府的政治、社会和经济事务。
    第五，虽然在一些职业化的军人看来，国家情报局的存在损害了军队的形象，影响了军队内部的凝聚力。但是他们同时也认为，国家情报局的存在有助于军方在非军事事务中发挥影响。公民社会和议会中的反对派代表早在20世纪70年代以来就对国家情报局持批评立场。尤其是那些本身曾受到威权政府迫害的制宪会议代表更是强烈地要求废除国家情报局。但是，制宪会议投票中，121票主张废除国家情报局，197票主张保留或者认为国家情报局不应作为宪法问题考虑，另有10票弃权。因此，新宪法没有提到国家情报局以及其他情报部门。国家情报局因此也得以保留下来。但是，新宪法在扩大公民权利的条款中规定，允许公民查阅由军政府时期的特务机关保管的个人档案。然而，非政府组织--“酷刑，不再重演”(Torture，Never More)--抱怨，查阅这些档案依然受到限制。总之，新宪法基本上对情报系统毫无触动(15)。
    可以看出，在新宪法的制定过程中，军方捍卫自身利益和特权的努力在某些方面取得了成功，另一些方面则遭到失败，但总体上成功的方面居多。这是因为，制宪会议中主要的派别都有自己优先考虑的问题。虽然绝大多数左翼议员都反对在新宪法中保留军方特权，但是左派作为一个整体而言并未将其主要精力投入一场反对军方特权的运动，他们优先考虑的是劳工权利、社会保障、卫生保健等更为迫切的问题。就中右派议员而言，虽然他们也有比保护军方的特权更加紧迫的问题需要关注(例如右派议员更加关注国家的经济问题)，但是由于他们的人数相对较多，因而在如何对待军方的辩论中，他们的影响相对更大一些。即使那些并不特别支持保留军人特权的中间派和右派议员也不愿意花费过多的精力去改变现存的文武关系模式。正因为如此，军方在保护自身的特权方面取得了较明显的成功。另外，在此前的政治转型过程中，军方与主要政党领导人达成的非正式协议，无疑也有助于这一结果的产生。一些在制宪会议中担任重要角色的政党领导人感到有义务尊重此前与军方上层达成的谅解。
    那么，为何军方的某些特权得以保留，而另一些特权却丧失了呢？更具体地说，为什么制宪会议在国家安全委员会和武装警察的问题上更愿意向军方的控制权提出挑战，而在保留军人“监护权”、保留陆海空三军各部和国家情报局方面情愿让步呢？原因在于，前两个问题对于政治家的独立性和民众支持的影响比后三个问题更加直接而现实。如果将本属于国家安全委员会讨论范围内的一些事务--土地使用、城乡地区的工业发展、社会保障等--移交议会，将无疑扩大议员的责任领域，提高他们的庇护人地位(patronage)，扩大他们的选民基础。选举产生的州长反对军方控制各州的武装警察，认为这种安排是对他们的决策范围的侵犯。由于州长在各州对议员的庇护人地位，促使议员与州长站在一起反对军方对武装警察的控制。相比之下，保留“监护权”、保留陆海空三军各部对于选举产生的政治家的独立性和决策权影响不大。虽然国家情报局的确对这些政治家的决策自主权构成了威胁，但是，有几种因素阻止了立法者决心将其废除。这些因素包括：第一，尽管国家情报局在萨尔内政府中对国内政治进行干预，但是该机构在实际决策中的地位是有限的，该机构所影响到的范围也是较小的。与国家安全委员会相比，国家情报局并未更多地涉足议会的权力。这部分说明了为何制宪会议成员更多的容忍国家情报局，而非国家安全委员会。第二，制宪会议成员担心，如果国家情报局被废除，其领导层可能与陆军联手对宪法辩论的过程产生威胁。国家情报局还可能会通过公布其以前所搜集的有关情报，对某些反对派成员个人造成不利的影响。第三，废除国家情报局的主要倡导者是若泽·杰诺伊诺(José Genoino)，他是一名劳工党成员，以前曾是“巴西的共产党”(PC do B)的武装成员(16)，这促使一些原来赞成废除国家情报局的保守派成员改变了立场(17)。
    根据新宪法，1989年巴西举行了29年来的第一次总统直接选举。来自东北部贫穷的阿拉戈斯州名不见经传的费尔南多·科洛尔·德·梅洛以典型的民众主义风格，与传统的政治家拉开距离，在几乎没有政党支持的情况下，充分利用新闻媒体，直接诉诸民众，展开竞选(18)。12月15日，选举结果揭晓，科洛尔当选为总统。