1990年就职后，科洛尔采取了一种波拿巴式的领导风格。3月15日，新政府就职后的第一个小时就宣布了彻底的经济改革措施，表明科洛尔决心不受任何政治力量的制约和干预，确立自己的自主性和领导地位。在对军方的政策上，科洛尔一方面强调自己作为武装力量最高首脑的地位，另一方面采取激进的措施削弱军方的政治影响。就职当天，科洛尔就颁布法令，废除国家情报局和国防咨询秘书处，并于4月12日获得议会的批准。接着，科洛尔建立了战略事务秘书处(SAE)，取代这两个被废止的机构，负责战略规划与分析、情报工作。与国家情报局不同，战略情报秘书处主任由文官担任(19)。国家情报局的废除和战略事务秘书处内部情报部门的建立，使情报部门的人数，尤其是军人的人数大大减少。战略事务秘书处内部情报部门的人数仅为原国家情报局人数的1/2到3/4，大约有1100名原来在国家情报局担任职务的军人被迫离职，现役军官一般重返军营，一些退休军官失去了工作。科洛尔还关闭了前国家情报局的12个地方办公机构中的4个。为了减少战略事务秘书处成为干预政治平台的机会，科洛尔废除了该机构内阁地位。除了战略事务秘书处外，科洛尔同时废除了武装力量总参谋部(EMFA)和军人内阁的内阁地位，这样军人的内阁席位从6人减为3人。
    为什么科洛尔如此坚决地废除国家情报局和国防咨询秘书处呢？最重要的原因是，废除这两个部门是科洛尔在政治领域内消除可能的障碍者和竞争者的宏大计划的一部分。由于科洛尔政府缺乏一个持久的政治支持基础，如一个制度化的政党，像国家情报局和国防咨询秘书处这样一些根深蒂固的组织对总统的权威构成了特别的威胁。此外，作为一名民众主义风格的政治领导人，要获得民众的拥护，科洛尔的政治诉求之一是决心清除巴西精英主义和威权主义的残余，开创一个公民权和人民主权得到伸张的新时代。因此，向国家情报局和国防咨询秘书处挑战，也是科洛尔政治风格的一部分。
    保守派军人对科洛尔废除国家情报局的做法做出了激烈的反应。两位退休将军批评政府，援引历史上军人参与政府决策的事实为他们的说辞寻求合法性。科洛尔利用武装力量最高首脑的身份，设法使陆军部长对这两位退休将军进行了惩戒。随后，科洛尔采用了“胡萝卜加大棒”的策略，身穿军服对陆、海、空重要军事单位进行了视察。
    军事部长的任命也是科洛尔使政府非军事化计划的重要组成部分。部长是所在兵种的最高首脑，需要依靠他们来控制军队内部的不稳定状态。科洛尔任命与过去的情报部门没有牵连、军人执政期间没有参与镇压、并无条件地遵守宪法原则的军官担任陆、海、空军部长。因此，尽管武装力量内部对于政府政策的不满日益增强且极为普遍，但在科洛尔政府期间，三军部长有效地阻止了军队内部的分裂，避免了军事政变的发生。
    作为新自由主义改革的组成部分，科洛尔政府急剧削减了军事预算。在这一方面，军事人员和文职人员、军事部门和文职部门是受到平等对待的。也就是说，在削减预算过程中，军事部门和军人没有得到特别的照顾。由于军事预算的削减，一些重要的军事发展计划--例如陆军装备现代化的FT-2000计划、海军的核潜艇建造计划、空军的太空计划--不得不被放弃。在科洛尔政府和伊塔马尔·佛朗哥政府期间，由于军事预算的减少，巴西陆军缺少子弹训练新兵，空军的飞机因缺少燃料而无法起飞，海军唯一的航空母舰自第二次世界大战期间就开始使用，也没有飞机可载。由于政府实行的经济紧缩政策，如同文职人员一样，军人的实际工资下降，引起了军人的极大不满。根据巴西军队的纪律，与现役军官不同，退休军官有权自由地表达“哲学和意识形态思想”以及政治观点。但是，他们不得批评上级长官，尤其是作为武装力量最高首脑的总统。因此，退休军官，有时在现役军官妻子的支持下，要求提高工资。他们代表了整个军队的要求，向政府施加压力。军事部长的主要任务是控制军队内部的不稳定状态。他们一方面向政府提出提高军人工资的要求，另一方面对违反军队纪律的军官进行惩戒。军事部长们要求，军人的工资要等同于立法和司法部门工作人员的工资，这些部门的工资水平高于行政部门。但是，他们未能达到目的。
    除了废除国家情报局和国防咨询秘书处外，科洛尔曾打算在定于1993年下半年的宪法修正时废除关于军人监护权的条款，也曾打算建立统一的国防部，以取代陆军部、海军部和空军部。但是，1992年5月，科洛尔总统的胞弟佩德罗指控科洛尔总统卷入他的前竞选班子经理、大富豪保罗·塞萨尔·法里亚斯(Paulo Cesar Farias)的腐败行为。在反对派的压力下，议会成立了调查委员会。由于经济稳定政策的失败使科洛尔丧失了企业界、公共舆论和新闻界的支持，12月29日，科洛尔在参议院就撤销其总统职务进行投票的前夕宣布辞职(20)。
    科洛尔辞职后，副总统伊塔马尔·佛朗哥被推上总统职位。在许多方面，佛朗哥政府更像一个看守政府，没有自己长远的战略目标。由于缺乏独立的选民基础，这位原副总统无力进一步削弱军方的特权。防止经济和政治局势的进一步恶化，将政权维持到下届总统选举，是佛朗哥所关注的主要问题。在对武装力量的态度上，佛朗哥政府采取了更为谨慎、缓和的立场。实际上，在佛朗哥政府期间，在反对腐败的名义下，任命了大量退休军官担任高级官僚职位。同样是以反腐败为借口，佛朗哥政府恢复了军政权时期直接隶属于国家情报局的安全和情报处(Divisao de Seguranca e Informacao，DSI)，即政府各部内部的情报部门。佛朗哥还任命了一名军人、科洛尔政府时期曾担任海军部长的马里奥·塞萨尔·弗洛雷斯(Mário César Flores)上将担任战略事务秘书处主任。佛朗哥还建立了战略事务秘书处的分支部门情报分秘书处(DST)，这表明，佛朗哥不打算将情报活动和军事人员从战略事务秘书处中清理出去，而这恰是科洛尔的目标之一。在佛朗哥任内，战略事务秘书处没有根据规定将自身的活动限制在国内安全领域，而是在广泛的国内和国际领域开展调查活动。情报的收集、分析和运用依然分散于毫无协调的各种机构--战略事务秘书处、三军各部、联邦警察局、各州武装警察、外交部。立法部门没有制度化的手段监督情报部门的活动(21)。更重要的是，佛朗哥颁布法令，恢复了武装力量总参谋部、军人内阁和战略事务秘书处的内阁地位，从而使得内阁中现役将军恢复到6人。
    在佛朗哥政府期间，军方还直接参与了维护国内安全的行动。1994年8月，里约热内卢山坡贫民窟(favelas)的毒品贸易、有组织的犯罪、群体暴力达到了令人吃惊的程度。政府认为，要打击犯罪，军方比警察更加可靠和有效。1994年11月1日到12月30日，军队、联邦警察、州武装警察联手采取“里约行动”(Operation Rio)，打击毒品交易和群体暴力，并收缴了大量走私武器。这一行动虽然不是军方单独所为，但加强了军队维护社会秩序的作用。