在1993年10月宪法修正期间，有的议员主张，取消宪法中军人维持国内秩序和法律的权力、取消义务兵役制、限制军事法庭的权限、加强议会对情报部门的控制、成立文人领导的国防部取代三军各部。一名议员甚至主张将军队改造成日本那样的自卫武装。但是，议会内部并未形成团结统一的力量将这些提议写入宪法。
    虽然佛朗哥时期巴西的文武关系并未退回到80年代后半期的状态，军方并没有像萨尔内政府时期那样广泛干预政府的决策，但是，佛朗哥政府并未采取有效的措施加强对军队的控制，甚至在一些方面比科洛尔时期后退了。即使如此，军方的不满和骚动并未得到平息，反而加剧了。高级军官和一些退休军官的非正式组织发表了越来越多的宣言，要求提高军人的工资和加强军事装备的现代化。此时，巴西的经济危机达到了极点。由于军人工资的下降，军队很难从中产阶级中间征募到兵源。议会内部连续发生的腐败丑闻，加上恶化的经济形势致使一些军人认为，巴西文人已无力统治和管理国家。有些独立的军人集团甚至主张对巴西实行“藤森化”，即像当时秘鲁的藤森总统所做的那样，关闭议会，加强威权统治。根据报道，一些企业家组织开始与军方接触，要求军方采取干预行动。然而，在陆军部长的领导下，三军部长基本控制了军队内部普遍的不稳定局面。退休军官及其组织未能掀起一场统一的军事行动，公开批评政府的现役军官受到了制裁。
    1994年的大选中，著名学者费尔南多·恩里克·卡多佐当选为巴西总统，连任两届(1995-1998年、1999-2002年)。与前任各界总统相比，卡多佐获得了较高的支持率。在中右派政党联盟的支持下，1994和1998年的大选中，他分别获得了首轮选举的54%和53%的选票。两次选举中获胜，在很大程度上要归功于他在担任佛朗哥政府的财政部长时开始实施、并在自己的第一届政府中继续推行的经济稳定计划--雷亚尔计划--所取得的成功。虽然在他的第一届任期期间，国际金融危机严重冲击了巴西经济，在他的第二届政府之初，即1999年1月，巴西发生金融动荡，货币大幅度贬值，但是工资严重下跌的趋势被制止了。在对军方的政策上，卡多佐表明了改善文武关系的意向。他没有遵循科洛尔的“胡萝卜加大棒”政策，相反，他将军队看作一个战略性的部门，主张照顾军方的利益要求。为表明对军方的诚意，卡多佐上台之初，就巡视了武装力量的重要单位。然而，与此同时，卡多佐又采取切实可行的措施，削减军人的特权和政治影响。
    在第一任期内，卡多佐任命了一名文官担任战略事务秘书处主任。战略事务秘书处不仅在人员方面、而且在管理方式上实现了高度的文职化，基本上作为一个战略性事务的顾问性部门参与国防政策的制定。第二任期开始后，卡多佐采取了进一步的措施，废除了战略事务秘书处，其所有情报功能由军人内阁(此时被重新命名为制度国防内阁，GSI)所接管，1999年，再由新成立的情报部门巴西情报处(ABIN)接管。作为一个直接隶属于总统的顾问性机构，巴西情报处负责收集和分析战略性的情报，为政府决策服务。情报活动要受到法律的严格限制，要尊重人权。巴西情报处对议会负责，议会成立了情报活动控制委员会(CCAI)，由多数派和少数派政党领导人、上下两院的对外事务和国家安全委员会主席组成，负责对巴西情报处进行监督。
    1996年，即第一任期的第二年，卡多佐政府开始制定巴西的国防政策。参与制定的人员除了军人和文人部长外，还有来自军方和文人的特邀代表。在巴西历史上，这是首次不是由军方单独负责制定国防政策。巴西新国防政策的指导思想是，“国内敌人”已不复存在，对国家安全的威胁仅来自国外，在解决国家间争端时，外交和军事手段应同时并用。
    根据宪法，武装力量的责任是保卫国家的主权和领土完整，为达到此目标，巴西国防政策指出，必须“坚持不断地加强武装力量的统一整体性，无论在训练和使用方面，还是在相关活动的合理化方面。”根据国防政策的“战略性指导方针”，必须成立国防部(22)。成立国防部也是卡多佐的明确目标。1995年1月，在他就职的第一个星期，卡多佐就要求军事部长们在武装力量总参谋长贝内迪托·莱昂内尔(Benedito Leonel)将军的协调下，就成立国防部提出一份建议。莱昂内尔将军的任务还包括制止军方对成立国防部的抵制。1997年9月，莱昂内尔将军向卡多佐总统提交了成立国防部的建议草案。后经在更大范围内的进一步讨论，1998年10月，政府确立了成立国防部的方案。1999年5月，国防部正式成立。
    卡多佐政府期间，在国际金融危机的形势下，政府大幅度地削减了财政支出。如同前几届政府一样，军事预算依然十分紧张，难以维持军事人员和军事行动的支出需要。然而，军人的工资得到了适度的提高。1996年3月，卡多佐总统提出了一项宪法修正案草案，允许政府在提高工资和福利待遇方面将军人与文职人员区别对待。此后有关军人工资的法律将不再由议会提出，而由总统负责。1998年2月5日，该草案作为宪法第18条修正案获得通过。当天，卡多佐向150名军官宣布，政府将在1998年为军人提高特别工作奖金，相当于工资的36%(23)。这表明，军方以自身职业特殊性为理由施加的政治压力在政府和议会中都发挥了作用。卡多佐总统在第一任期结束之际，以加强军人与社会的团结为名，强调尊重1979年的大赦法案。但与此同时，成立了失踪人员委员会(Comissao dos Desaparecidos)，尽管军方对此感到不快，政府仍然表示为军政府镇压期间失踪或者被杀的人员承担责任。最终，在1979年大赦法案颁布之后19年，失踪人员的家属开始得到物质赔偿。
    总之，在卡多佐政府时期，在削弱军方特权、减少军人对政治的干预，加强政府对武装力量的控制方面，基本上沿着正确的路线向前迈出了一大步。卡多佐政府承认军队是一个战略性的机构，具有无可否认的重要性，军人职业具有特殊性，但同时通过制定国防政策，建立国防部，建立制度性的情报系统架构，在改进文武关系方面取得了很大的进展。
    2003年，劳工党领导人卢拉就任巴西总统。卢拉政府在对军方的政策上，基本上继续了卡多佐政府开辟的路线。上台伊始，卢拉总统和政府的部长们明确表示，政府财政支出优先考虑解决贫困问题，以实现政府的“零饥饿计划”。空军购买12架FX喷气式飞机的计划被迫放弃。2003年1月5日，新任国防部长若泽·维埃加斯(José Viegas)宣布，武装力量除了要履行传统的保卫国家安全的任务外，还应参与新政府的社会计划。1月7日，交通部和国防部达成一项协议，11个工程兵营将要参与修建和改造联邦公路。此后，卢拉又发表讲话，希望军队的征募成为提高穷人社会地位的途径，军人应该发扬其在国家社会经济发展中发挥作用的历史传统。但是，军方对此并不认同。在军人看来，军人的主要任务应该还是在于军事领域，参与经济和社会方面的任务，只能是辅助性的。