美国军方力主通过军事手段解决问题。16日，参联会对美国应做出何种反应进行了讨论，强烈反对只对导弹基地进行有限的空袭，认为这样会失去打击的突然性，招致苏联和古巴对美国以及关塔那摩海军基地的报复性攻击。在军方领导人看来，与其进行有限的空袭还不如不采取军事行动，因为那将产生“难以接受的危险”，并使美国遭受不必要的伤亡，要求对凡是影响到美国及其军队的所有重大军事目标进行强有力的大规模空中打击，一天出动700-1000架次的飞机，连续轰炸5天，打击目标包括所有的导弹基地、飞机、防空系统、可疑的核武器储藏地、坦克、登陆艇等，同时全面封锁古巴，加强关塔那摩海军基地的力量，并准备实施入侵。在他们看来，实现古巴政权更迭的时间和机会已经到来，军事行动的目标“应是消除对美国的威胁，同时解放古巴”。(63)代表军方参加执委会会议的泰勒强调，苏联在古巴的导弹基地极大地改变了美苏之间的战略平衡，提高了苏联打击美国本土的能力，必须消除这些基地，只有采取突然袭击的办法才能做到这一点；为了阻止苏联将更多的导弹运入古巴，空袭的同时还必须对古巴实施海上封锁。他向肯尼迪表示，空袭并不能保证摧毁所有的导弹基地，第一次打击至多能摧毁90%，对随后发现的目标应立即进行持续性空袭。(64)自始至终，美国军方领导人的立场一直非常明确：动用压倒性的军事力量击败在古巴的苏联军队和古巴军队，推翻卡斯特罗政府，这是一劳永逸解决古巴问题的唯一办法。海军作战部长安德森日后表示：参联会认为，导弹的存在为美国入侵古巴、推翻卡斯特罗政权提供了很好的借口，美国政府应该立即采取直接的行动，彻底消除距离美国只有90英里的“威胁”，这的确是一个理想的机会；几个月以来，“我们的研究小组一直在考虑各种使美国干预古巴正当化的可能手段，甚至考虑蓄意挑起事端使古巴对美国率先采取某种行动，这样美国就可以入侵古巴，导弹危机正是我们一直所期望的事件”，“毕竟，我们一直在寻找这样的机会”。(65)军方领导人认为，苏联不会因为古巴而发动全面战争，可能会对柏林、中国沿海岛屿，或者伊朗、土耳其、韩国等施加新的压力。根据联合战略考察委员会的报告，如果美国进攻古巴，苏联很可能在柏林采取报复行动，但不会出兵占领，更不会挑起一场大战。为了预防全面战争的爆发，军方领导人建议将携带核武器的轰炸机进行疏散；全球美军做好战斗准备；战略空军司令部1/8的轰炸机处于警戒状态；进一步加强东南沿海的防空能力。他们认为，发动大规模空袭的时间最早应在21日，但他们倾向于23日进行；可能最早的入侵日期是28日，但30日为最佳。(66)10月19日，肯尼迪就美国所应采取的行动与参联会进行商议。他表示非常担心如果进攻古巴，苏联很可能会夺取柏林，届时美国的行动将失去盟国的支持，因为英国、法国等更为关注欧洲的局势。泰勒和空军参谋长莱梅对此明确表示不以为然，称如果美国对苏联在古巴的所作所为保持克制，将对美国与盟国的关系造成严重影响，柏林局势会进一步恶化，苏联将感到美国“软弱可欺”而“猛击柏林”。相反地，如果对古巴采取强有力的措施，就会威慑苏联不敢在欧洲轻举妄动。莱梅坚持认为，直接进行军事打击是解决问题的唯一办法，封锁以及政治谈判将被视为一种相当软弱的反应，不仅使苏联人有时间将导弹藏匿在树林或掩体中，而且只能导致战争，“采取这种办法几乎如同慕尼黑绥靖政策一样糟糕”。他宣称，“除了现在就进行直接军事干预外，我看不出还有什么别的解决办法”，有限封锁“纯粹是一场灾难”。(67)其他几位军方领导人都对此表示赞成。安德森认为，从军事上说，对古巴实施封锁会导致与苏联在海上立即发生对抗，更有可能引发一场全面战争，而且对于已在古巴的那些导弹不起任何作用，反而给苏联和古巴更多的时间装配导弹和伊尔轰炸机，并使其做好战斗准备；倘若美国随后再采取军事行动，在军事上将处于非常不利的地位，遭受更大的伤亡。如果美国发动入侵，“毫无疑问我们会取得成功”，美军的伤亡程度相对来说会比较低，而且只要发起进攻，就会立即得到古巴民众的支持，美国就可以在古巴建立一个对美友好的政府。他确信，如通过适当途径向苏联发出警告，美军就不会在古巴与苏军发生直接的军事对抗。陆军参谋长惠勒强调，“从军事上来讲，保护美国人民免受可能攻击的风险最低的办法就是采取突然空袭、封锁和入侵行动”。海军陆战队司令肖普赞成直接出兵入侵，夺取古巴，这样不仅可以消除对美国的威胁，还可以在古巴建立一个新的、非共产党的政权。他确信，如果肯尼迪做出了决定，美国将很快就取得决定性的胜利，否则，美国甚至会比柏林、南越和韩国还容易遭受苏联的打击。(68)为了保持行动的突然性，同时又能获得盟国的支持，参联会建议在发动任何军事行动之前两小时左右告知西欧各盟国领导人。(69)肯尼迪对军方领导人的建议表示怀疑，指出苏联不会对美国的行动无动于衷，听任美国轰炸他们的导弹；尽管其洲际导弹的性能并不完全可靠，但仍然可以瞄准美国的城市，并给美国造成难以预料的伤亡；封锁的好处就是可以避免冲突升级为核战争，使美国能够控制住局面。(70)参谋长们没有说服肯尼迪，但他们并不气馁，20日再次向泰勒提出，要求在23日发起全面空袭，因为一旦导弹基地投入使用，美军所要付出的代价就会大大增加。(71)莱梅、惠勒等军方领导人一直对肯尼迪在古巴导弹危机中的“胆怯”表现耿耿于怀，指责他未能抓住这一难得机会，彻底消除古巴对美国所构成的“威胁”。(72)随着讨论的逐步深入，不论是有限空袭还是全面空袭都不再是一种诱人的方案，其弊端越来越明显，而封锁方案逐渐赢得了大多数人的支持。其一，空袭并不能保证所有导弹都被摧毁，也不能保证剩余的导弹不会打向美国。泰勒、斯威尼都表示，即使在最好的情况下，空袭也只能摧毁已发现导弹的90%。(73)麦克纳马拉也多次强调，所谓“外科手术式”的空中袭击在军事上是不现实的。其二，空袭无法解决预先警告的问题。不发出警告，就违反了一种道义原则，用罗伯特·肯尼迪的话来说，就成了“珍珠港事件”的重演；而事先发出警告，又会使美国失去主动权。(74)其三，空袭并不能保证只杀死古巴人而不伤害到苏联人，更有可能激起苏联做出强烈反应，使其对柏林、土耳其甚至直接对美国采取报复行动，其结果将是美苏之间的直接军事对抗，乃至一场全面战争。(75)封锁方案虽然不能立即消除苏联在古巴的导弹基地，但这是一条介乎无所作为和战争之间的中间道路，是“最不可能触发一场全面战争的措施”。而且，封锁的灵活性较大，使美国可以有效地控制事态的发展，保持日后行动的自由，处于既可战又可和的有利地位，同时也使双方都有时间考虑一下各自的利害关系，找出一条不动用武力解决危机的办法。如果封锁难以奏效，必要时美国仍有选择空袭或入侵等军事行动的自由，而且那时将不会再有“珍珠港事件”重演之嫌。同时，这一方案还可以减少美国与盟友之间的紧张关系，最大限度地获得盟国和世界舆论的支持，避免因突然袭击而引起的震惊。(76)四、美国的大规模军事部署尽管肯尼迪最终决定对古巴实施海上封锁，但他并不能确定此举是否奏效，迫使苏联从古巴撤走导弹。因而，美国进攻古巴的各项准备工作仍在加紧进行，并在东南沿海集结了“二战以来规模最大的入侵部队”。国防部、参联会以及包括战略空军在内的所有美国军事力量都进入了二级战备状态，国务院则为在入侵和占领古巴后建立一个临时政府并救济古巴难民加紧筹划。为实施应急作战计划，五角大楼建立了由丹尼森、斯威尼等共同领导的联合特遣部队指挥部，组建了由100多名军官组成的作战参谋部，计划首批登陆1.7万名美军，其中伞兵1.45万人，出动750架作战飞机和140艘各类舰艇。参与登陆作战的主要有第82、101空降师，第1步兵师和第2步兵师的一个旅，第1装甲师，海军陆战队第2师及第5特遣旅，第4、5步兵师和第2装甲师则作为预备队。打击目标清单和数千份古巴道路图已分发完毕。陆军还计划在古巴投入特种部队，并建立了一支非常规联合作战部队和两个行动基地。10月17日，参联会将“316行动计划”的反应时间从5天增至7天，以便使更多的军队能够参与作战，并大大降低行动失败的风险；首先出动500架次的飞机摧毁古巴的飞机和已发现的导弹基地，然后派遣2.5万人的海军陆战队和陆军实施入侵，两周之内使登陆部队增至9万人，并为此准备了15天的后勤补给。随着大量人员、飞机和各类作战物资涌入佛罗里达，美军在该地建立了一个后勤司令部，拥有各类人员1万人。(77)根据空袭计划，攻击导弹基地和核武器的藏匿地需出动52架次飞机；如再加上打击米格-21和伊尔-28轰炸机，需出动104架次；若要再摧毁地对空导弹、巡航导弹和其他飞机，则需要194架次；打击除了坦克之外的所有军事目标，要出动474架次；作为入侵的前奏，摧毁已发现的所有军事目标共计1397个，则要进行2002架次的轰炸。(78)为此，美军大西洋司令部准备了579架战术轰炸机、49架护航战斗机、64架侦察机和40架加油机，此外还有相当数量防空司令部的载有空对空导弹的截击机，在佛罗里达基地的1.5万名空军官兵同样准备了15天的后勤供给。10月20日，大西洋司令部根据作战任务将“312行动计划”分为三个行动阶段：首先是有选择地摧毁地对空导弹发射台；其次是对机场、地对空导弹发射基地等一个或多个目标进行有限打击；第三阶段是对古巴发动全面空袭。计划规定，为了协助入侵部队，第一天将对古巴发起三轮轰炸，第一轮出动576架次，第二、三轮分别出动307架次，总共是1190架次的攻击行动，连续轰炸一周。轰炸目标首先是地对地导弹基地、主要机场和防空部队，其次是备用机场、分散的炮兵、油库、弹药库、军队指挥部和交通枢纽。24日，大西洋司令部建议应立即实施“312行动计划”。(79)美国军方对作战计划不断进行更新、完善。10月25日美国发现在古巴有战术核导弹后，参联会决定为入侵部队与支援部队配备短程核武器，但同时规定没有华盛顿的明确指示不得使用核弹头。(80)由于担心军队大规模的长时间集结，很容易成为苏联先发制人核打击的目标，参联会决定放弃“314行动计划”，以便集中力量实施“316行动计划”，并为大西洋司令部增加兵力，力争做到速战速决。泰勒向麦克纳马拉表示，2小时之内即可对古巴的地对空导弹基地发起空袭，对所有军事目标实施全面轰炸需要12小时的准备时间，实施入侵则需要7天的准备时间，以便最大限度地摧毁古巴的空军和地面力量，减少美军伤亡。(81)为了应对古巴和苏军可能的报复行动，美国国防部制定了紧急民防计划，包括有选择地疏散东南沿海地区的居民；建立应急供水系统、简易医院和药店等；储备压缩食品等。同时还决定进行广泛的宣传动员，对佛罗里达等地的1.4万名建筑工程师和建筑承包商进行快速培训，以建造更多的防护所，并在公共防护所内为每人储存3天的食物。(82)美国军方领导人一直认为封锁方案过于软弱，不足以迫使苏联撤走导弹，只有军事行动才是解决问题的唯一出路，继续敦促肯尼迪尽早实施应急作战计划，10月28日或最迟在29日开始进行全面空袭，一周后实施入侵，并强调这是消除威胁的最后机会，而且从长远来说也是“最好的选择”。他们强调，美国不仅在战略上而且在战术上都享有优势，并控制着局势的发展，根本用不着担心什么。情报部门估计，如果空袭导弹基地和机场，除了通过在联合国谴责美国的行动，并向苏联周边地区的美军基地施加政治压力外，苏联领导人不会采取军事行动。倘若拒不行动，就会给世人留下这样的印象，即美国虽然是一个强国，但在关键时刻却并不愿意使用自己的力量。(83)10月27日，美国U-2侦察机在古巴上空被导弹击落后，莱梅甚至擅自下令对古巴进行大规模空袭，幸好飞机在起飞前被白宫及时制止，一场冲突得以避免。(84)此时，美国在古巴附近海域部署了2艘航空母舰、9艘护卫舰、12艘驱逐舰和巡洋舰，并处于15分钟警戒状态。3个海军陆战队营进驻关塔那摩海军基地，使驻守美军由8000人增至1.6万人，家属和非战斗人员也已从该基地分批撤出。美军联合防空司令部在东南沿海部署了携带空对空导弹的183架截击机，其中22架预警时间为5分钟，72架为15分钟，5架飞机则一直在佛罗里达上空巡视。战术空军司令部在佛罗里达的5个基地部署了850架轰炸机，准备实施空袭计划。陆军、海军和海军陆战队部署了近9个师的兵力，一支由步兵、装甲兵和炮兵组成的特种作战部队也从美国西海岸赶赴佛罗里达。24个空军预备役运输中队立即转入现役，负责空投物资和部队。为了威慑苏联，美国战略空军所属的1436架轰炸机和916架加油机都已作好战斗准备。自10月22日起，52架B-52轰炸机携带196枚核导弹一直在空中待命。在地面，271架B-52轰炸机和340架B-47轰炸机处于15分钟预警状态，并载有1634枚核武器；136枚“大力神”和“宇宙神”以及9枚“民兵”洲际弹道导弹待命发射。到了28日，战略空军司令部的1576架轰炸机和382枚导弹全部处于待命状态。在海上，7艘“北极星”潜艇处于15分钟戒备状态。500万张用西班牙语印制的传单已装箱，准备空投至古巴。(85)军方的意见得到了麦科恩、邦迪等人的支持，他们同样认为军事手段不仅可以消除苏联导弹的威胁，而且还可以借此推翻卡斯特罗政府。在他们看来，即使苏联撤走了导弹，如果卡斯特罗依然掌握着政权，拉美局势仍令人担忧。麦科恩称，中情局经过对空袭效果的重新评估，确信可以摧毁全部导弹的几率非常高。虽然如此，肯尼迪还是努力通过外交谈判和秘密磋商来摆脱危机，把军事行动作为向苏联和古巴施加压力、促其妥协的重要手段。经过反复交涉，美苏双方于10月28日达成协议，苏联同意拆除在古巴的导弹基地，而肯尼迪则保证不入侵古巴，并秘密承诺一旦危机结束，还将从土耳其撤走对准苏联目标的中程导弹。在军方看来，赫鲁晓夫的让步是其玩弄的一个把戏，不过是缓兵之计，旨在延缓美国采取军事行动，为导弹基地的建设赢得更多的时间，推迟采取军事行动只会有利于苏联，使得占领古巴变得更为困难，美军也将付出更为高昂的代价，并极大地增加美国本土遭受直接攻击的危险。莱梅甚至称，危机的解决是“我们历史上最大的一次失败”。(86)美国军方并未因古巴导弹危机的和平解决而放弃实施应急作战计划的努力，集结在东南沿海地区的部队仍处于待命状态，随时准备发起攻击。(87)11月初，军方领导人借苏联留在古巴的42架伊尔轰炸机问题继续敦促肯尼迪对古巴采取军事行动。他们认为，这种轰炸机有能力从古巴飞到美国，应被列入进攻性武器范畴，为美国公开使用军事手段彻底解决古巴问题提供了一个机会。在莱梅看来，一旦空军完成了对古巴的全面空袭，入侵将是件轻而易举的事情，等于是“走进古巴”。陆军参谋长惠勒视察了预定发起第一次进攻的部队，称在其30年的服役期间，“我们从来没有准备得如此充分”。(88)16日，参联会向肯尼迪报告说，美军不仅已经做好了空袭和入侵古巴的一切准备，而且还可以在全球范围内有效地遏制苏联的军事反应，现在是实施应急作战计划的最佳时机，空军可以根据所需力量在2-12小时内实施有选择的攻击行动，两栖登陆部队可在空袭7天之后采取行动；由“企业号”和“独立号”两艘航空母舰率领的特遣部队正在古巴南部海域游弋，随时可发起攻击，每艘航母还备有大约40枚核弹。当时美军在东南沿海地区集结了8.5万名海军和海军陆战队士兵，近10万人的陆军，其中包括1.45万名伞兵。参联会还计划征召两个师的国民警卫队，协助占领古巴。不仅如此，美国战略空军司令部的1479架轰炸机装载着2962件核武器、182枚洲际导弹、144枚“北极星”潜艇导弹和1003架加油机都处于待命状态，随时准备打击预定目标。(89)直至11月下旬，计划参加对古巴作战的部队才开始陆续返回原驻地。