另一方面，日本政府以“全权不足”为由，拒绝与清政府派遣的两位议和代表张荫桓、邵友濂进行议和谈判。直到日军占领北洋舰队基地刘公岛并俘获北洋舰队全部舰船的2月17日，日本政府通过美国驻日公使--美国驻华公使渠道，向清政府表示“中国另派大臣，除允偿兵费、朝鲜自主外，若无商议土地及与日本日后定立办理交涉能以画押之全权，即无庸派其前来”。(67)不难看出，“朝鲜自主”一项早在议和之初，就已经成为日本政府同意开展议和谈判的一个主要前提条件。正因为如此，随后被清廷委派为全权代表的李鸿章在2月24日于北京第二次访问英国公使欧格讷之际，就明确表示“承认朝鲜独立和战争赔款不会有太大困难，惟要求割地则成为缔结和约之严重障碍”。(68)直到3月2日向清廷奏陈“预筹赴东议约情形”之际，李鸿章同样明确指出：“详阅日本致田贝两电，于兵费及朝鲜自主两节，均认为已得之利，而断断争执尤在让地一层。”(69)
    正是由于上述的背景，在马关谈判的过程中，中日双方都不约而同地将朝鲜自主独立内容列为和约草案的第一条内容，而且在其具体内容上也没有出现实质性的重大争议。4月1日，伊藤博文与陆奥宗光向李鸿章提出的《和约底稿》亦即日方和约草案中，有关朝鲜独立自主的内容赫然列为第一款：“中国确认朝鲜国为完全无缺之独立自主之国，故损害右独立自主之由朝鲜国对清国贡献典礼等，将来应全然废止。”(70)较之此前相对笼统的“朝鲜自主”主张，上述的内容不仅要求中国“确认”朝鲜为“完全无缺之独立自主之国”，同时进一步明确提出要“全然废止”朝鲜与中国的传统朝贡关系，实际上是要将此前在中日朝三国关系层面早已出现的外交与军事状况变化事实，进一步落实为具有国际法意义的条约内容。
    当天晚上，李鸿章将日方提出的《和约底稿》内容分两次电告总理衙门，并对其内容提出了如下的评论及对策建议：“现日本已将和局条款出示，其最要者：一、朝鲜自主；二、奉天南边各地、台湾澎湖各岛，尽让与日本；三、赔兵费库平银三百兆两。查日本所索兵费过奢，无论中国万不能从，纵使一时勉行应允，必至公私交困，所有拟办善后适宜，势必无力筹办。且奉天为满洲腹地，中国亦万不能让。日本如不将拟索兵费大加删减，并将拟索奉天南边各地一律删去，和局必不能成，两国惟有苦战到底。”(71)换言之，对于李鸿章与清政府而言，同意“朝鲜自主”亦即放弃与朝鲜的传统朝贡关系，已经不是一个需要进一步交涉甚至争执的对象。因为当时要与日方交涉的重点，只有如下两点：一是“拟索兵费大加删减”，二是“拟索奉天南边各地一律删去”。
    两天后的4月3日，军机大臣便将上述内容奏报光绪皇帝，随后又根据李鸿章的建议而向英、俄、法、德驻华公使透露了日方《和约底稿》的部分内容，希冀获得列强同情乃至干涉，却仍是未得要领。四天后的4月5日，李鸿章在日方一再紧逼之下提出了针对日方上述草案的修正意见，其中有关“朝鲜自主”的内容也是被列为第一条，内称：“中国已于数月前声明，欲认保朝鲜为完全无缺之独立自主局外之国，此次立约自应载入，惟日本亦须照认。日本所拟约文自应酌改。”(72)4月9日，李鸿章进一步提出对日方草案的修正案，其中有关朝鲜部分的第一款内容为：“中日两国公同认明朝鲜为特立自主，并公同保其作为局外之国，约明或干预朝鲜内务于其自主有碍，或令修贡献典礼于其特立有碍者，嗣后概行停止。”(73)相比之下，李鸿章的上述修正案尽管承认朝鲜的“特立自主”并放弃对朝鲜内政的干涉，却同时要求日方保证朝鲜为“局外之国”，显然是试图通过朝鲜的中立化(neutralization)亦即永久中立(permanent neutrality)来阻止日本对朝鲜的独占，并继续确保朝鲜半岛为中国的一个周边安全屏障。值得注意的是，要求中日两国“公同保其作为局外之国”的内容并未见于此前李鸿章与清政府讨论对日议和问题的任何文件，甚至不见于马关议和期间李鸿章与清廷之间往复电报，而且在该内容经日方反对之后李鸿章也再未提起。笔者认为，有关朝鲜中立化的上述内容，李鸿章似乎并未向清政府正式报告，因此极有可能是李鸿章的议和团队为与日方讨价还价而临时起意并提出的一个协商筹码。
    对此，日本方面通过第二天即4月10日的答复，对李鸿章的上述修正案提出了“再修正案”。其中有关朝鲜问题的第一款部分，明确提出“关于第一条，此前由大日本帝国全权大臣向大清帝国钦差头等全权大臣提出之语句不可更改”(74)，实际上完全拒绝了李鸿章有关朝鲜中立化的提议。当天下午在与李鸿章的第五次会谈中，伊藤博文甚至咄咄逼人地表示“阁下对此觉书(当天日方提出的再修正案)，决答唯有诺或否一字而已”。(75)第二天的4月11日伊藤博文有关该修正案致李鸿章的书面声明，更是进一步公然威胁道：“今日我所承诺之媾和条件，并非至后日亦必须承诺者。”(76)
    4月12日，李鸿章再次致函伊藤博文，试图进一步协商割地、赔款、通商权益等内容(77)，却遭到了4月13日伊藤博文复函“本大臣拒绝再度审议日本国之要求条件”的明确拒绝。(78)此后李鸿章与清廷之间的往复电报也再也没有提及有关朝鲜问题，只是在签订条约之前的4月14日复天津海关道盛宣怀电中，提到“朝鲜准自主，商令两国勿干涉内治，伊不允，非据而何？”(79)不过是在坦承自己有关朝鲜中立化的上述建议遭到伊藤博文拒绝而已。至此，《马关条约》第一款有关朝鲜问题的内容，可以说已经结束了双方代表之间的“议定”(adoption)程序而即将进入最后的“签署”(signature)阶段。(80)结果，1895年4月17日由李鸿章与伊藤博文签订的中日《马关条约》第一款有关“朝鲜独立”的内容(81)，其日文本文句与4月1日日本方面提出的《和约底稿》内容完全一致，中文本内容除将两处“清国”改为“中国”，以及“凡与”句之前增添一个“故”字外，也是几乎完全一致。换言之，在整个马关议和期间，日本单方面地主导和贯彻了和约中有关“朝鲜独立”的条款及其内容，至于李鸿章在这一问题上所提出的有关朝鲜中立化的建议，则遭到了日本的彻底否定。
    至此，1894年7月朝鲜政府单方面宣布废除对华三章程导致中朝官方关系断绝，以及同年8月朝鲜被迫成为日本对华战争的“攻守同盟”的中日朝三国关系变化的国际关系现实，还有1894年9月以后清军被迫退出朝鲜半岛，并放弃在朝鲜击退日军及恢复中朝传统关系之战争目标的军事进展结果，通过一年以后的1895年中日两国媾和条约第一款的方式得到了具有国际法意义的确认，从而成为在近代东亚历史上影响深远的一个法律事实(legal fact)。