朝鲜虽被迫与清朝签订了城下之盟，但它无论是从感情还是礼制统治的需要出发，它仍暗中奉明朝为自己的“上国”、明朝皇帝为唯一“天子”。朝鲜仍与明朝保持秘密往来，朝鲜渔民充当了信差的角色，为双方传送书信。

清崇德三年(1638)，清廷令朝鲜发兵五千人助攻，朝鲜王廷以侥幸心理缕陈困难，刻意拖延，最后没有按期到军。清帝震怒之余，“责世子从军，且令直自移书于平安兵使，调兵入送。”又派敕使赴朝严责朝鲜国王：“不意二年之间，顿忘活尔之恩，反以朕为食言。自王以外，再无妄言者也。朝鲜国王发现“此事实系存亡”，赶紧派大臣赴沈阳请罪。清帝认为罪在其臣：“今观王之诸臣，如胶柱鼓瑟，偏泥章句，不知顺时达变，只为王累耳。”清廷对朝鲜王廷的基本认识是“主弱臣强”，因此通常会把责任推委到其大臣们的头上。

清崇德五年(1640)初，朝鲜“备陈国王病日益痼，乞以大君交替，欲见世子于生前。”多次呈请之后，清太宗先派满月介赴朝审视国王病情属实，然后准许世子东还省亲。而似乎作为回报，清太宗同时命令：朝鲜水师五千名、船一百十五艘、装载军粮米一万包到锦州前线报到。但朝方声称：大部分“遭风”沉没或“为石所坏”，又有部分船只被明军发觉所俘，才前进到盖州一线，“仅存船二十五艘”。清廷怀疑朝鲜方面与明朝暗中交接，假装交战，将原拟运送清军的军粮大部转送给了明军。清廷还暗中了解到，在此期间朝鲜朝野上下掀起反清浪潮，甚至听说朝人“槌碎三田渡碑石云矣”。而朝鲜暗中修筑南汉和平壤等城碟、以及马夫达在出使朝鲜后暴毙等事件，更加深了清方的疑忌。在此情形下，两国关系骤然紧张。于是清廷派出了庞大的“查勘敕使”使团，以侦探朝鲜的虚实。

这是清廷对朝鲜第一次派出“查勘敕使”使团。清廷做了周密的步署，首先派范文程、英俄尔岱等赴沈馆(朝鲜质子馆)，与朝鲜世子先行商讨，具体情形史书不载，但从沈馆朝鲜官员给朝鲜国王状启中有“至有不忍闻之语”来看，清廷当有以朝鲜世子取代其王的企图，以致于沈阳传出清帝“悔不于出城时易立其子”的流言。其后，清使英俄尔岱等率一部清军驻留义州、而另派内院官查布海等赍敕书入王京宣敕，并审视三田渡碑、南汉山城实状。又命令朝鲜领议政、都承旨等大臣到义州受审。

清崇德五年(1640)冬，英俄尔岱坐镇义州，审讯朝鲜大臣，宣布朝鲜的“十二罪状”，主要是助军助粮多次违期、不积极刷还逃人等。朝鲜王廷从一开始就发觉，此次敕行“大异于前日”，而“龙将面承帝命，事极严秘”，稍有不慎，则“国必亡矣”，除俯首听命、“曲尽其欲”外别无良策。查勘结果是：三田渡碑完好无损，朝鲜王廷上下恭敬顺从、有增无减，并无要背叛造反的迹象，而清议派物议朝政，才至于“误事”。朝鲜王廷的顺从态度缓和了清廷的猜忌，清帝遂敕谕朝鲜：“今番十二件事，尔国皆已自服，又即押送此辈，不违皇命，既往之失，皆置之。”清帝又颁敕免去朝鲜岁贡米九千包(原数一万包)。恩威并施是皇太极一贯的政治谋略，朝鲜王廷则初次尝到了“事大以诚”的甜头。

清崇德六年(1641年)春夏，清帝令朝鲜世子、大君从军征明，朝鲜派柳琳统率朝鲜兵一千五百名，参加了攻打锦州的战役。正当锦州战役进行之时，明朝“汉船”频频到达朝鲜，上年托称飘风、密送明国的张超等人也随船返回。而此时朝鲜王廷已无与明朝暗通的心情，因此将明朝船只到来的消息报告清廷，清廷令之“尔国宜先防备，使不得到泊”，但明廷却又派出“汉船”二十余艘赴朝鲜，而僧人独步者“还奉敕书而来”，其书有“不录前过，期于夹攻”之语。朝鲜王廷闻讯，忧惧交加，唯恐清人发现，但还是密通于汉船，并接济明船粮馔。此时朝鲜义州人“崔孝一载其妻子投入中原，其族属在义州者以私书潜通，为清人所得”，其书信中宣称：“本国亦欲潜通中原，三公六卿皆有此意。”又告诉他：你的家属已被释放，是“黄府尹之德也”。黄府尹就是义州府尹黄一皓，清使马夫大在义州染病不治而亡，当时清廷就有所怀疑，可能朝鲜人给他吃了什么慢性毒药。

清崇德六年(1641年)秋，“清差杨恕之、卢施两博氏及郑命寿等十二人来义州”，以“义州人崔孝一及潜商两件事”行查于朝鲜王廷，朝鲜上下“震惧”。清使入汉城后，先住三田渡视察碑阁，再会同朝鲜大臣审案，当场诛杀黄一皓、崔孝一族属及潜商人等于使馆东门外，并令朝鲜“百官聚观其尸”，及其还到义州，又将朝鲜越境采参人枭示于境上。清人虽对朝鲜王廷暗中通明有所怀疑，但仍苦于没有证据，只好杀一些小民小官以图震慑朝鲜人。

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