《郘亭知见传本书目》的作者莫友芝系道光举人，曾为曾国藩幕僚。太平天国失败后，莫友芝奉命搜访在战乱中散佚的文宗、文汇、文渊三阁藏书，往来于江浙间，把平生所见传世古籍的不同版本和名抄精校本笺注在《四库简明目录》上，又把《天禄琳琅》著录的清内府所藏善本和黄丕烈、汪士钟、张金吾等清代中后期著名藏书家目录中所载善本抄附其下，对邵氏《四库全书简明目录标注》也一并附存。同治十年，莫氏去世，其子莫绳孙将父稿加以整理拓编，为十六卷，定名《郘亭知见传本书目》。《郘亭知见传本书目》虽然与邵位西的《四库简明目录标注》同为标注《四库全书》版本的著作，但邵氏多居北方，所记以北方版本为主；莫氏则长期在南方，所记以南方版本为主，这样，两书可互为补充，“并辔而驰”（注：参见阮阳：《新图书出版业的世纪工程--〈四库全书〉的出版和研究》，《中国新图书出版业的文化贡献》，武汉大学出版社1998年7月出版。）。
        《禁书目合刻》、《四库全书简明目录标注》、《郘亭知见传本书目》以其精深的专门性研究引起学术界注目。张之洞曾评价《四库简明目录标注》：“淹雅宏通，如数家珍”。版本目录学家缪荃孙则称：“此书通行后，何啻得千百导师于家塾，而保全旧学，不致湮没于尘埃，流失于外域。旧学绝续之交，岂非绝无关系之事？”（注：缪荃孙：《四库简明目录标注序》，《增订四库全书简明目录标注》，上海古籍出版社1979年版。）《郘亭知见传本书目》亦被当时的“考论版片之学者”奉为“金科玉津”（注：潘承弼：《郘亭知见传本书目跋》。）。正是这三本著作，分别开启了《四库全书》禁书研究和版本研究的领域，从而为“四库学”的发端奠定了基础。
        第二阶段：民国年间（1911-1949）
        民国年间，“四库学”规模大备。其标志有三：其一，一大批著名学者参入《四库全书》以及相关书籍的研究，从而推动“四库学”形成一种规模；其二、产生了本门学科的“典范”著作：《四库全书考异》、《四库提要辨证》、《四库全书总目提要补正》。其三、“四库学”的研究领域不断开拓，形成不同方向。此处略加分论。
        1.民国时期参入《四库全书》以及相关典籍研究的学者，据林庆彰主编《乾嘉学术研究论著目录》（1900-1993）（注：台北中央研究院文哲研究所出版，1995年。），约在百余人以上。在他们中间，有著名学者陈垣、郑鹤声、杨家骆、黄云眉、陈登原、谭其骧、王重民、郭伯恭、叶德辉、顾颉刚、谢国桢、孟森、胡玉缙、柳诒徵、王云武、钱穆、余嘉锡、李慈铭、夏承熹、岑仲勉、郭绍虞、王鍾翰、孙诒让等。由于这些学者所专不一，因此，他们的介入，极大地扩张了“四库学”的视野和研究范围；又由于这些学者具有一流学术地位和学术水平，由此大大提高了“四库学”的研究水准以及“四库学”在学术上的地位。此处特别要提到的是陈垣。陈垣是文渊阁本《四库全书》贮于北京图书馆后入馆借读《四库全书》的第一人，也是较为系统、较为全面研究《四库全书》的第一人。他苦读《四库全书》十余年，不仅自撰《四库人名录》和《四库书名录》作为自己阅读的工具书，而且撰写了《四库全书考异》、《编纂四库全书始末》以及四库本《六十种元人文集子目》。他还摹制《文渊阁四库全书排架图》，以此指导北京图书馆中《四库全书》的排架；考证于敏中致陆锡熊的56通书札的年序，按次第排出先后；在离藻堂发现《四库全书荟要》，做了成书近二百年来的首次清点（注：参见刘乃和：《陈垣对研究〈四库全书〉的贡献》，海南大学《中国首届〈四库全书〉学术研讨会论文集》，1994年10月。）。刘乃河先生称陈垣为“研究《四库全书》的奠基人”。而事实上，陈垣可以称为整个“四库学”的领军人物。
        2.民国时期“四库学”的另一成绩，在于“典范”著作的出现。所谓“典范”，有广狭二义：广义的“典范”指一门科学研究中的全套信仰、价值和技术；狭义的“典范”则指一门科学在常态情形下所共同尊奉的楷模。库恩的《科学革命的结构》认为：一切“常态科学”都是在一定的“典范”的指引下发展的。建立“典范”的学者一般具有两个特征：一是在具体研究上以卓越成就为后来的研究者提供一种方向上与方法论上的指导和示范；二是在该领域内留下了“各种有待解决的问题”（注：参见库恩：《科学革命的结构》，李宝恒、纪树立译，上海科学出版社1980年10月版，第13页。）。晚清“四库学”由于缺乏“典范”性的著作，因此，未能形成一种研究的常态或传统。进入民国，此种情形发生变化，影响“四库学”整体面貌和走向的“典范”性著作出现。
        第一部著作是陈垣先生的《四库全书考异》。在这部著作中，陈垣对《四库全书简明目录》的赵怀玉本、殿本、粤刻本殿本、湖州沈氏本、扬州本、广州小字本等各种版本的《四库全书总目》加以考证，揭示它们前后刻印的关系、异同以及同异的原因。“又用他重金购得的四库馆精缮《提要》底本，作为论证，揭示了《四库》先后撤书、《提要》多次修改情况和填补空函办法，以及查对出文渊阁本的漏改等等的来龙去脉”（注：参见刘乃和：《陈垣对研究〈四库全书〉的贡献》，海南大学《中国首届〈四库全书〉学术研讨会论文集》，1994年10月。）。刘乃和先生评述说：陈垣“首次利用故宫档案材料，将纷繁杂乱的久未为外人所知的底细，总结出精炼的结论，为后来的研究者铺平道路”（注：参见刘乃和：《陈垣对研究〈四库全书〉的贡献》，海南大学《中国首届〈四库全书〉学术研讨会论文集》，1994年10月。）。这正是“典范”的意义。
        第二部著作是余嘉锡的《四库提要辨证》。余氏十七岁便开始读《四库全书总目》，“穷日夜读之不厌，时有无涯”。他以精审的学术眼光，指出《四库全书总目》的学术价值：
        今《四库提要》叙作者之爵里，详典籍之源流，别白是非，旁通曲证，使瑕瑜不掩，淄渑以别，持比向歆，殆无多让。至于剖析条流，斟酌古今，辨章学术，高挹群言，尤非王尧臣、晁公武等所能望其项背。故曰自《别录》以来，未有此书，非过论也。故衣被天下，沾溉无穷。嘉道以后，通儒辈出，莫不资其津逮，奉作指南，功既巨矣，用亦宏矣……汉唐目录书尽亡，《提要》之作，前所未有，亦可为读书之门径，学者舍此，莫由问津。
        与此同时，余嘉锡也深入剖析了《四库全书总目》的缺陷：
        观其援据纷纶，似极赅博，及按出处，则经部多取之《经义考》，史、子、集三部多取之《通考·典籍考》。及晁、陈书目，亦未尝复检原书，无论其他也。及其自行考索，征引群籍，又往往失之眉睫之前。隋唐两志，尝忽不加察；《通志》、《玉海》，仅偶一引用。至宋、明志，及《千顷堂书目》已惮于检阅矣……纰漏之处，难可胜言。（注：嘉锡：《四库提要辨证·叙录》；中华书局1986年版。）