刘师培不仅对当时已经出名的扬州学者师承关系、治学方法了然于心，而且他还挖掘了一批鲜为人知的扬州籍学人，这无疑有助于人们更加全面认识扬州学派的整体面貌。刘师培一一为他们立传，如《刘永澄传》、《梁于涘》、《孙兰传》、《徐石麒传》、《蔡廷治传》、《王玉藻传》、《广陵三奇士传》、《朱泽沄传》、《田宝臣传》、《扬州前哲画像记》等，对他们的生平事迹，学术成就等方面作了介绍。刘师培对立传人物的选择，也反映了他个人的学术取向、价值判断。这些传记大多写于1903年至1908年间。他表彰“明于君子小人之辨”的刘永澄；大加歌颂“从容就义，不欲与亡臣降子共偷一日之生”的梁于涘；赞扬“不欲以所学媚异姓”的徐石麒；更钦佩有“夷齐耻食周粟之心”的王玉藻。刘师培不是仅仅从民族气节方面肯定扬州学人的，他还从学术角度，总结这些人的学术成就，刘永澄精于理学，其孙刘抬拱及朱泽沄、王懋竑传其学；孙兰精于数学；徐石麒专于词律之学；蔡廷治精治《易》学；田宝臣明于声音训诂之学。（注：参见《左庵外集》卷十八，文中所述到的传记均在此卷。）
    刘师培在整理研究被淹没的扬州学人方面，付出了心血，目的在于“以彰吾郡学术之盛”。他曾经“三游海陵，咨询田氏学”；为了解王玉藻的生平事迹及寻找佚失的诗文，遍阅浙西诸志，最后“今特网罗故乡文献，别为传文一通，以补谢山之缺”；为考证蔡廷治学术源流，“厥后征考乡邦文献得廷治事，兼读其遗著数篇，知廷治之学出于云庄”。（注：参见《左庵外集》卷十八所立的相关传记。）这些工作对保存学术资料具有重要价值，为后人研究扬州学派提供了不可多得的学术资源。由于刘师培的努力，扬州学派作为一个学术群，逐渐引起学者的注意，“扬州学派盛于乾隆中叶，任、顾、贾、汪、王、刘开之，焦、阮、钟、李、汪、黄继之，凌曙、刘文淇后起，而刘出于凌，师培晚出，席三世传经之业，门风之胜，与吴中三惠九钱相望，而渊综广博，实有吴、皖两派之长，著述之盛，并世所罕有也”。（注：尹炎武：《刘师培外传》，见《遗书》。）张舜徽在20世纪50年代末撰写的《清代扬州学记》，实为第一部系统研究扬州学派的专著，但是刘师培却开研究扬州学派之先导。
    四、清学的“得”与“失”
    关于总结清学的是非得失，是刘师培讨论清学的重要组成部分。清学的历史事实比较容易疏理清楚，但是涉及清学评价问题，要保持客观的态度就显得很困难。大多数学者对清学力矫宋学空疏之陋，而使学风归于平实，以“实事求是”为指归，持肯定态度。章太炎把清学与汉代相比较，认为除今文学之外，清儒与汉儒绝异，“不以经术明治乱，故短于风议，不以阴阳断人事，故长于求是”。（注：《訄书·清儒》。）而刘师培将清儒与明儒相比较，指出“清儒之学，以求是为宗”，而“明儒之学，以致用为宗”。（注：《清儒得失论》，《左庵外集》卷九。）他们都认识到了“求是”是清学最大的特点。虽然清学是反动宋学之空虚而入实，但是为“求是而求是”往往会走向另个极端，而陷入“琐碎”的纯考证一途，这种所谓的“实”也只徒有虚名罢了。清代汉学的弊端早已引起学者的批评，方东树、龚自珍、魏源等均有批语。《四库全书总目提要》把二千年的经学升降，以六字概括：两汉之学，其弊也“拘”；魏晋至唐宋及宋初，其弊也“杂”；宋庆历至南宋，其弊也“悍”；宋末至元，其弊也“党”；明末之弊也“肆”；而清朝之弊也“琐”。不管这种归纳是否正确，但是清代汉学之“琐”，属乃事实。
    刘师培对清代汉学之弊提出了尖刻的批判。他指出，在吴、皖两派中，以吴派最为泥古墨守。惠栋“执注说经，随文演释，富于引申，寡于裁断”；其弟子余萧客“笃于信古，语鲜折衷”；王鸣盛“裁减损益，征引博烦；惟胶执古义训，守一家之言”；孙星衍、洪亮吉“咸以文士治经，学鲜根柢，惟记诵渊雅”。（注：参见《南北学派不同论·南北考证学不同论》。）即便皖派除少数外，也难免汉学通病，刘师培不无感慨地说道，“自汉学风靡天下，大江以北治经者，以十百计，或守一先生之言，累世不殚其业，或缘词生训，歧惑学者。……吾阅江氏《汉学师承记》，吾郡穷经之士，远过他郡，然求其所谓不尚墨守者，十不得一焉。”（注：《扬州前哲画像记》，《左庵外集》卷二十。）把清代汉学的末流归为“丛掇派”，“据守”者“不求于心，守古人之言，而失古人之心”；“校雠”者“鸠集众本，互相纠核，或不求其端，任情删易，以失本真”；“涉猎”者“择其新奇，……甚至考订一字，辩证一言，不顾全文，信此屈彼”。（注：参见《近代汉学变迁论》，《遗书·左庵外集》卷九，《刘申叔遗书》，影印本，江苏古籍出版社，1997年版，简称《遗书》，本文所引刘师培著作均来自《遗书》。）刘师培对这种“详于考古，略于知今”（注：《中国地理教科书第一册序》。）的学风深恶痛绝，认为“考古不能知今，则为无用之学”。（注：《尔雅虫名今释》。）对那些为“知今而考古”的清初大儒经世学风，刘师培倍加推崇。事实上刘师培对如何处理“求是”与“致用”二者的关系，也没有寻找到最佳结合点，“夫求是与致用，其道固异。人生有涯，斯二者固不两立。俗儒不察，辄以内圣外王之学，求备于一人，斯不察古今之变矣”，（注：《清儒得失论》，《左庵外集》卷九。）而他本人的学术实践就证明了这一点。
    由于清学以“求是”为宗，逐渐形成了一种“实事求是”的严慎治学方法，应该值得肯定。章太炎对清代汉学的治学方法提得很高，把这种方法归纳为六点：审名实，一也；重佐证，二也；戒妄牵，三也；守凡例，四也；断情感，五也；汰华辞，六也。六者不具，而能成经师者，天下无有。学者往往崇敬其师，而江戴之徒，义有未安，弹射纠发，虽师亦无所避；（注：《太炎文录初编》文录卷一《说林下》。）到了梁启超、胡适，便把清代汉学的治学方法说成是“近代的科学方法”，这显然有主观拔高汉学方法的倾向。相比较而言，刘师培的观点显得比较符合客观事实，他说：“古无‘汉学’之名，汉学之名始于近代。或于笃信好古，该汉学之范围。然治汉学者，未必尽用汉儒之说；即用汉儒之说，亦未必用以治汉儒所治之书。是则所谓汉学者，不过用汉儒之训诂以说经，及用汉儒注书之条例，以治群书耳。”（注：参见《近代汉学变迁论》，《遗书·左庵外集》卷九，《刘申叔遗书》，影印本，江苏古籍出版社，1997年版，简称《遗书》，本文所引刘师培著作均来自《遗书》。）侯外庐先生认为刘说只及于汉儒的训诂方法与注书条例，还没有明言这种方法是什么。（注：侯外庐：《中国早期启蒙思想史》，见《中国思想通史》第五卷，人民出版社，1980年版，第416页。）其实不然，刘师培对清代汉学治学方法有具体的归纳，把这种方法概括为“标例”和“证实”二端。他认为汉代以后，为学之弊有二：逞博与笃信。逞博则不循规律，笃信则不求真知，此学术所由不进也。所谓“标例”，就是“取舍极严，而语无庞杂”；“证实”即“实事求是，而力矫虚诬”。（注：参见《崔述传》，《左庵外集》卷十八。）这是清代考证学超越前代的主要原因，也是值得肯定的地方。