刘师培评价清学，有失公允。顾炎武、黄宗羲、王夫之等人，起兵抗清，兵败后犹“抱艰贞之大节”、“不事二姓”；孙奇逢、张履祥、梅文鼎，李颙等人，“以学自隐”、“耻事二姓”；戴震，孔广森、王念孙等人虽入仕，但“无仕宦情”、“淡于荣利”；江声、余萧客“终身未尝应童子试，亦不通姓名于显宦之门”。（注：《清儒得失论》，《左庵外集》卷九。）对于这些学者给予了高度的评价，同时对那些不顾民族气节的学者则给予了严厉批判，如清初汤斌、陆陇其“以伪行宋学”，而“配享仲尼”，从此“伪学之风昌”，把理学称为“伪学”，还准备专门立有“学案”；（注：参见《近儒学案序目》中的“目录”。）魏象枢、李光地等人，“鬻道于虏，炫宠弋荣”；阎若璩、胡渭、毛奇龄，“以博学鸣”，投靠清廷，“行尤卑”；段玉裁、洪亮吉、孙星衍入仕“以贪黩名”、“嗜利若渴”。（注：《清儒得失论》，《左庵外集》卷九。）与此同时刘师培对清儒中具有朴素反封建民主思想的学者作了全面整理，把它作为清学的一部分，加以表彰，这无疑有利于人们更加全面认识清学的方方面面，而不至于以偏概全。刘师培曾著有《中国民约精义》，凸现了中国源远流长的民权思想。在该书第三篇：《近世》部分，所开列的清儒：顾炎武、黄宗羲、王夫之、唐甄、李塨、吕留良、胡石庄、全祖望、戴震、王昶、魏源、龚自珍、章学诚、戴望等十三位，（注：参见《中国民约精义》。）均为后世所公认的具有民主思想的学者，都被刘师培囊括在此书中。他以卢梭《民约论》为基础，对他们的民主思想作了深入分析，虽然不免牵强，但是它的政治意义不可抹杀，同时其学术价值也不可忽视。
    五、关于清代诸学者及学派的评价
    清学历史上存在两次大的学派争论：汉学与宋学、古文学与今文学。清初诸大儒一般不分汉学与宋学，汉宋兼采，不立家派门户壁垒。迄乾嘉之际，惠、戴崛起，汉学如日中天；而当时以方苞、姚鼐、刘大魁为首的桐城派也异军突起，不仅尊宋学，还以孔孟道统自居。桐城派早与汉学家结怨，尤其姚鼐欲拜戴震为“夫子”而遭戴的委婉拒绝，在学林大失面子，终身切齿。及江藩作《汉学师承记》、《宋学渊源记》，站在汉学立场上，把桐城派排斥在宋学之外。这引起了桐城派弟子的极大不满，方东树针锋相对作《汉学商兑》，对汉学批判不遗余力，从此汉宋之争愈演愈烈。刘师培讨论清学时，不可能不涉及对学派的评价。刘师培基本上肯定桐城派在清学史上的学术地位，而且还准备在他的《近儒学案》中专门立有“桐城学案”，（注：参见《近儒学案序目》中的“目录”。）显然他也是不满于江藩的做法的。他指出，“桐城方氏，精熟三礼，著述斐然，与伪儒之学稍异”，同时又说，“然皆无足重也”；（注：《近儒学案序目》，《左庵外集》卷十七。）“故桐城之学，自成网气，疏于考古，工于呼应顿挫之文，笃信程朱有如帝天，至于今不衰”；（注：参见《近儒学术统系论》，《左庵外集》卷九。）“桐城方苞，善为归氏古文，明于呼应顿挫之法，又杂治宋学，以为名高，然行伪而尖，色厉内荏。姚鼐传之，兼饰经训以自辅。下逮二方，犹奉为圭臬。东树硁硁，代类弋名。宗诚卑卑，行不副言。然昌言讲学，亦举世所难能”。（注：《清儒得失论》，《左庵外集》卷九。）从总体上分析，刘师培对桐城派的评价不高，虽然有肯定桐城派之外，但仍难脱他的门户之见，缺乏应有的历史分析，过于武断，具有明显的“扬汉抑宋”倾向，对桐城派在中国文学史上的地位也没有给予应有的肯定，“望溪方氏，摹仿欧、曾，明于呼应顿挫之法，以空议相演，又叙事贵简，或本末不具，舍事实而就空文”。（注：《论近世文学之变迁》，见《左庵外集》卷十三。）
    常州今文学发端于庄存与，后有刘逢禄、宋祥凤，均治今文学，而至龚自珍、魏源发扬光大之，到康有为则集大成。常州今文学的兴起，有它学术本身自在的原因，梁启超的“以复古为解放”，来解释近三百年学术变迁，有相当的道理；同时也是道、咸以来社会政治变动使然的结果。应该说，刘师培认识到今文学出现有它的学术必然性，是对汉学末流琐碎无用的反动，“江南学者，仍守摭拾校勘之学，……然辗转稗贩，语无归宿，甚至轻易古书，因溈袭谬，而颠倒减省，离析合并，一凭臆断；且累言数百，易蹈辞费之讥，碎细卑狭，文才黯然。承学之士，渐事鄙夷。由是有常州今文之学”。（注：参见《南北学派不同论·南北考证学不同论》。）但是刘师培却把常州今文学归入“虚诬派”，而且对今文学批评近似苛刻，“及考其所学，大抵以空言相演，继以博辩。其说颇返于怀疑，然运之于虚，而不能证之以实；或言之成理，而不能持之有故。于学术合于今文者，莫不穿凿其词，曲说附会。于学术异于今文者，莫不巧加底毁，以诬前儒。甚至颠倒群经，以伸己见，其择术则至高，而成书则至易。外记致用之名，中蹈揣摩之习，经术支离，以兹为甚”。（注：参见《近代汉学变迁论》，《遗书·左庵外集》卷九，《刘申叔遗书》，影印本，江苏古籍出版社，1997年版，简称《遗书》，本文所引刘师培著作均来自《遗书》。）出身古文经学世家的刘师培对古文情有独钟，在所难免，当然对今文学就有一偏见了，所以他对今文学与近代疑古思潮的兴起以及晚清的政治变革具有密不可分的联系，都没有清楚的认识。
    刘师培写过不少关于清代学者的传记，而颜元是较早被他所关注的学者，写有《习斋学案序》、《幽蓟颜门学案序》、《并青雍豫颜门学案序》、《颜李二先生传》。他说：“自宋儒区分体用，政学以岐，讲学之儒，渐舍实功。惟习斋先生以用为体，力追三代教学成法，冠昏丧祭，必遵古制。从游之士，肄力六艺，旁及水火、兵农诸学。昌教漳南，于文事经史外，兼习武备艺能各科，较之安定横渠，固有进焉。”而且他对颜元学术评价很高，“盖先生以用为体，即以用为学，身体力行，一矫讲学空虚之习。至先生论学，惟存性一编，辟宋儒气质之说，实开东原学派之先”。对于诋毁颜元之学的桐城方氏、武进汤氏，刘师培认为这种行为无异于蜉蝣撼大树，“亦何损于先生之万一哉”。（注：参见《习斋学案序》，《左庵外集》卷十七。）同时他又认为颜元之学受到西学的影响，“习斋先生生长博野，地迩燕京，吾意先生壮年必亲炙西士之门，备闻绪论”。（注：《并青雍豫颜门学案序》，见《左庵外集》卷十七。）颜元之所以较早进入刘师培的学术视野，在于颜元之学重“实学”、倡经世之用，与刘师培早期学术旨趣暗合的缘故。