查此款业据该夷照复，以上各事宜均应听中国斟酌，修整如旧系属正办，英国断无拦阻之理。盖此次和好，惟愿中国诚信践约，而英国亦当专心以信守为务。
    一、广东、福建及浙江等省，距江宁较远之处，不知和好信息，见有英国兵船驶入或相攻击，均须原情罢战，不得援为口实，致乖和好。
    查此款业据该夷照复，两国和好信息，业经由火轮船速行晓示，所有英国水陆军师自必与中国兵民互相友爱，偶有攻击之误，未足为仇，惟求臣等速将议和情由飞行各省，一体知照，免其纷争，更属欣幸。
    一、和好之后，俟给本年所交银两，各兵船自应退出江宁、京口。即福建、广东、浙江等省停泊兵船，亦须约定，同时退出，散遣归国，方坚和好。其定海之舟山、厦门之鼓浪屿，据议仍归英兵暂为驻守，但不便多驻兵船，致中国百姓暗生疑惧，与该二处通商之事，转多窒碍。前曾有每处泊船二艘之议，自应预为申明，以示限制。
    查此款业据该夷照复，俟本年银两交清后，所有兵船自应退出江宁、京口等处，其他省停泊船只，除舟山、鼓浪屿二处酌留兵船数只管理货船及香港仍须留兵驻守外，其余均可遣散归国。盖留兵于他国未免重赏，英国意在省费，必不留兵船于中国，不必为虑，致伤和好。
    一、舟山、鼓浪屿泊有兵船，须令带兵官约束兵丁，不得侵夺民人，致乖和好。并闻鼓浪屿所泊兵船，曾有拦阻中国商船、扣收货税之事。此时即经通商，应令各兵船不得于中国商船再行拦阻抽税。
    查此款业据该夷照复，各处兵船本应（由）带兵官严为约束，此时和议已定，尤当彼此亲爱，所有拦阻商船即应释放，不得再行抽税，各情早径行文各处晓谕在案。嗣后倘有不遵，致有侵夺拦阻情弊，即当严行讯究，不致有乖和好。
    一、英国商民既在各口通商，难保无与内地居民人（等）交涉狱讼之事，应即明定章程，英商归英国自理，华民由中国讯究，俾免衅端。他国夷商，仍不得援以为例。
    查此款据该夷照复，甚至妥协，可免争端，即应遵照办理。
    一、内地奸民犯法，应行究办，若投入英国货船兵船，必须送出交官，不可庇匿，有违信誓，致伤和好。
    查此款业据该夷照复，内地犯法奸民，若投入香港及英国货船兵船，即行送出交官，断不庇匿。其英国及属国逃民逃兵若潜进内地中国，也须一律送交英国近地理事官领回，以敦和好⑧。
    三、章程的形成过程
    英国政府在《南京条约》签订前曾制定过两套条约草案。第一套草案包括有五口通商、永久割让一个或数个岛屿、赔款、中英官方往来平等、取消公行垄断等要点。此案是英方的第一选择，其中的关键是割让岛屿。如果中方拒绝，则实行第二方案，以同意中国不割让领土来换取英国在华的另几项特权，包括：重新制定税则，英人在五口有长期居住贸易权，片面最惠国待遇，领事裁判权等⑨。江宁谈判的结果是，英国如愿以偿地实现了第一方案，霸占了香港，所以后一方案并未列入《南京条约》。只是在谈判时，英方曾声明：关税、英人在口岸居住、驻华领事权限等项属于“暂时不谈”，留待“将来讨论”的问题⑩。正是因为在《南京条约》中攫获的权益甚至超过了英国的原定设想，所以约成后，英方并不准备立即再进行什么善后谈判。
    善后谈判的动议是由中方首先提出的。
    1842年8月12日，中英江宁谈判代表首次会晤于南京静海寺，英方出示拟定的条款清单。次日，耆英将清单奏报朝廷。17日和22日，道光皇帝连续发出上谕，除“权宜应允”英方所提条款外，又指示要对以下问题进一步交涉：（一）除广州外，英商在其余开放口岸，“只许来往通商，不准久住，据为巢穴”。（二）以后华商欠英商款项，不得援《南京条约》例，由中国官府代交。（三）除开放口岸外，其余中国沿海地面，“不准夷船驶入”。（四）修复战时遭到破坏的布防设施，不是针对英国，“不必妄生疑虑”。（五）离南京较远的沿海各地不知中英“和好消息”，如仍对英军开火，由中方处理，英方“不得借为口实”，另起战端。（六）除舟山、鼓浪屿外的各处英军须全部撤出。（七）暂驻舟山、鼓浪屿的英军不得骚扰当地民众，俟各口开关，两地英军“即著退出，不准久为占据”（11）。道光皇帝要求将以上内容“添注”于《南京条约》内。
    照当时的情形来看，道光帝的要求很难照办。自8月9日在南京城下抛锚后，英军陆续云集长江江面，强迫中方迅速接受英方的勒索条件，根本不允许中方从容交涉。13日晚，英军调集军队，准备翌晨攻城，已经无力再战的中方在此紧急关头只有被迫接受英方的议和方案，并于14日将中方的允诺通知英方，以求暂时中止英军进攻。由于交涉地点远在南京，通讯不便，清廷并不完全清楚前方情况和耆英等人的处置。道光皇帝的上谕虽然在《南京条约》签订前发出，但收到这些指示时，条约已经确定。一方面，圣旨不容违抗，必须贯彻执行，另一方面，面对其势汹汹的侵略者，条约已定，岂容再改，英方绝对不会同意在业已确定的《南京条约》内再进行任何有利于中方的“添注”。耆英等人在两难抉择下，只好将道光皇帝指示各点放在善后处理。“虽已定有和约十三条，惟一切善后事宜，尚须明晰妥议，立定章程，划一办理，方可期一劳永逸，永杜衅端”（12）。这即是《南京条约》签定后清朝君臣又随即进行善后交涉的由来，也是中方在《南京条约》之外另订“章程”的宗旨和动机。
    善后章程谈判是在《南京条约》签字一结束便开始的。双方会谈人员基本上都是参加《南京条约》谈判的原班人马，中方代表有四等侍卫咸龄、代理江宁布政使江苏按察使黄恩彤、浙江宁绍台道鹿泽长、石浦同知舒恭受；英方代表有马礼逊、罗伯冉、郭士立。会谈连日举行，双方代表“反复详议”，“口讲指画，推诚开导”，据称，由于英方代表“均通汉文，并习汉语，勿须通事传语”，谈判“隔阂”较少（13）。