有学者认为，《南京条约》刚刚签订，清政府完全没有必要迫不及待地和英方进行再次交涉（14）。我以为，《南京条约》属于城下之盟的性质，在紧急而不利的战争环境中，战败方不得已接受和约以尽快结束战争，战后再就善后问题进行较从容的交涉，在国际条约史上并不罕见。问题不在于是否进行善后交涉，而在于怎样进行。如果按照道光皇帝先前指示各点进行交涉，善后谈判应该说是对中方比较有利的。但主持交涉的耆英等人的操作却不是这么回事。9月1日，清朝全权代表耆英、伊里布、牛鉴向英国全权代表璞鼎查发出正式照会，列举了中方希望交涉的12项内容。其中1至7条为贯彻前述道光皇帝的指令，着眼点是防止英军借机重燃战火，并就《南京条约》未尽事宜作出进一步明确规定，以免遗患将来。这些内容的认定不仅正确，而且必要。问题出在第8条以后，超出了清廷指令，是耆英等人擅自增加的，主要内容是：第8条，此后中英民人交涉事件，由各自国家分别处理。第9条，中国人犯逃入英国舰船应向中方引渡。第10条，除广州外的其他4个通商口岸，只对英国开放，不向别国开放。第11条，关税按照粤海关税例，由中国户部统一核准。第12条，对《南京条约》，中英两国都应加盖国玺。其中问题最为严重的是第8条，即关于英人在华的司法审判权。为了详细说明这一款，耆英等人在照会后面还附了一则解释：今后如有中英民人纠纷，“曲在内地商民，由地方官究治，曲在英人，由领事官究治，此系为杜绝衅端，永远息争结好起见，两无偏枯，亦两无窒碍”（15）。这样一来，就将中国的司法审判权分割开来，将在华英人的审判权从中国完整的司法主权中割裂出去，拱手让给英国。清朝廷从未指示谈判此项内容，它是耆英等人自行加入的，所以，耆英于9月5日，就此专门呈报清廷。在耆英奏报送达朝廷之前，清廷曾指示耆英坚持“倘该民人等别经犯法，我国自当照例办理，与该国无涉”的传统司法原则（16）。但收到耆英奏报后，清廷却没有表示任何意见。此条遂成定议，从而为列强在华享有领事裁判权开了先例。
    问题不止于此。中方照会还给英国侵略者提供了可乘之机。缔结《南京条约》之后，英方没有料到中方又会重开善后谈判，于是便抓住这一机会，将其在《南京条约》中未曾提出的第二套方案的若干要求一并提出。9月5日，璞鼎查以全权公使大臣的名义发出复照，与中方照会逐条对应，同为12条。表面看来，接受中方大部分建议，明确拒绝的只是个别条款，实则在接受中方建议的同时，又塞进了以下一些极为重要的内容。
    关于领事裁判权。对耆英等人将在华英人的司法审判权让给英国领事的建议表示“甚属妥协”。此外，又添加倘若中国人和英国人“相讼”，由中国“地方官”与英国“管事官会同查办”的字句。中外会审制是列强在华领事裁判权的又一重要内容，过去认为，这是在1858年的《天津条约》中首先提出的，由此看来，早在16年前就已经由英国对华全权代表在正式外交文件中提出。
    关于英国人在通商口岸租地、建屋、居住权。璞鼎查不仅断然否定了耆英照会中所提英商不得在除广州外的四口常年居住的建议，要求在所有通商口岸对英商“来往不必限以时季”，“寄居不必界以一所”，并且给予“自行买地、建屋、租房”的特权。
    关于英国军舰常驻中国港口权。璞鼎查在“协同”中国政府维持通商秩序的堂皇旗号下声称“必有小等数艘水师之船，随时来往各口管押”。这是外国兵船在通商口岸巡查贸易的最早提议。
    关于片面最惠国待遇。英方照会提出：如果中国准许他国在新开口岸“一体贸易，系英国毫无靳惜”。这段话说得较为隐蔽，却成为一年后列强在华享有片面最惠国待遇的法律依据。
    关于对换文的处理。璞鼎查认为，鉴于双方照会中“内有数件，甚属重要。应当另缮一单，附粘本约，以便大清大皇帝、大英君主均准施行”（17）。这实际是提出将双方换文形成正式文件，作为《南京条约》附约的建议。
    比照双方照会，差距之见。中方的交涉目的是约束英军的战争行动，防止再启战端。英方复照则大大偏离了这一谈判主题，企图趁机扩大在华条约特权。来往照会虽然都是相对应的12条，但能为双方共同接受的只有8条，双方便将有争议的条款搁置，以双方都能接受的条款为基础，形成《江南善后章程》八款。《章程》形成后，中方又“明晰照会”英方，英方“立即照复，均无异说”（18），成为双方共同认可的文件。
    通观最后形成的章程，可以看出，对璞鼎查复照中提出的各项新要求，中方基本上采取了三种处理办法：一是明确表示反对。如对英人在五口“自行扩地、建屋、租房”，耆英认为五口属“内地港口，非澳门、香港系属海岛可比，且该夷欲往之地，皆系市廛，断难任其自择，坚持未许”（19）；另如中英司法会审等也未列入《章程》。二是搁置不议。如最惠国待遇，伊里布曾有上奏：“夷酋璞鼎查曾有各国前来福建、江浙各处通商，中国但肯允准，该酋断不阻止，以求专利”（20），其中没有表明是反对还是赞成。此项内容虽未列入《章程》，但中方态度明显松动，后来最惠国待遇列入《虎门附约》，此为铺垫。三是接受或部分接受英方的要求。如英国军舰留驻中国港湾问题，在英方保证“酌留兵船不过数只，既不侵夺百姓，也不拦阻商船”的前提下，耆英同意“于善后章程内切实议定”，并向道光皇帝“代为奏明”，最后在《章程》中是将双方意见并列一款，并且同意英国兵船暂时留驻，“俟开关后，由地方官察看夷情，相机妥办”（21），为外国军舰游弋中国领水开启了大门。另外，耆英还接受了璞鼎查提出的将“章程”奏报各自君主，以取得批准，成为正式约章的建议。9月20日，耆英将《章程》奏报朝廷，道光皇帝在24日收到耆英入奏后当即批示“即有旨”，同日下旨同意所议各款（22）。