援庵又是最早研究清代档案的学者之一。1925年11月18日他为故宫博物院文献部之乐寿堂所陈列的《教王禁约》与《康熙谕西洋人》两份档案作跋，即《跋教王禁约及康熙谕西洋人》，叙述了中国文献很少记载的清初关于传教与禁教的一场纷争。天主教入中国，围绕祀先、敬孔二事，形成内部两派纷争，两派讼于罗马教廷，教廷徇反对派之议，两次派使者到中国申明禁约，康熙诏谕西洋人，以不准传教为抵制，反映了清初中西思想文化的冲突。以后又陆续发现12份有关康熙与罗马教廷使节关系的文书档案。1930年，故宫博物院将这批档案刊布于《文献丛编》第六集，其中只有四份有年月，其它年份不明，故编排次序有颠倒。1931年10月，故宫拟将这批档案影印出版，援庵为此撰《康熙与罗马使节关系文书影印叙录》，将无年份的档案一一考订清楚。此外，在清代 政治与宗教、清代人物研究等方面，援庵亦都利用了档案新材料。
    第二，和尚语录。语录原出僧人，记载大量宗教与社会政治、文化、经济等方面史料。历史研究大多注意宗教教义、僧传，并不在意和尚语录。1939年初，援庵在故宫古物陈列所发现《嘉兴藏》，“有清初语录二百余种，塔铭可采者多”（59）。因此书尚未被人利用，故称之为“三百年沉霾之宝窟”（60）。他带领助手，抄录了大量有价值的新史料，并将民国九年北京刻经处刻印的《嘉兴藏目录》与《嘉兴藏》进行核对，发现了一些目录未载的附刻教外典籍，如《北游集》等。自援庵发现木忞的《北游集》及《嘉兴藏》，才真正认识到和尚语录的史料价值。其撰《汤若望与木忞》，第一次引证语录考史，又利用《憨璞语录》、《k1m403.jpg溪语录》、《玉林语录》等撰成《语录与顺治宫廷》、《顺治皇帝出家》。尤其是《明季滇黔佛教考》一书，征引古庭、百愚斯、寒松操、云外泽、梓舟船、石奇云、浮石贤、费隐容、丈雪醉、敏树相、密行忍、云幻宸、圣可玉、恒秀林、知空蕴、梅溪度、赤松领、月幢了、长目电、善权位等和尚语录达数十种，考证西南地区佛教兴盛及僧俗活动，由此再现了明末清初移民逃禅，反抗满清统治的情况。《清初僧诤记》运用语录考证法门内部故国派与新朝派的斗争。《释氏疑年录》依据语录廓清了许多僧人的生卒年。由于新材料的发现，才能取得如此重要的成果。而且宗教不能离开政治，语录虽出僧人之手，但多牵涉清代政治、文化和地方拓殖，既为清史研究增加了新史料，又开辟了新领域。
    第三，清人手札、书稿、诗卷、遗文、字画等。这些不仅具有文物、文献和艺术价值，还具有史料价值，清代学人虽有不少人注意搜集收藏，但多注重前者，鲜有用来考史者。援庵极具慧识，在清史研究的实践中，充分认识到它们的史料价值，不仅在人物考证方面作出重要成就，而且在文献史事方面亦取得了意想不到的效果。援庵在调查《四库全书》时，留心有关编纂掌故，他从馆臣往来书信中，得到了一些真情。四库馆臣于敏中曾自承德致函京师陆锡熊，论《四库全书》编纂，前后56件，附函5件，手札有日、月，但无年份。他撰《书于文襄论四库全书手札后》，根据手札用笺，内容及所书日、月，考出年份，即乾隆三十八至四十一年（1773-1776），“诸函前后亘四年”。并纠正了《北京图书馆馆刊》1933年所刊《于文襄手札》“徒以月日为次，故事实多倒置”的错误。他从于文襄手札发现其在编修《四库》中的作用，曰：“今观诸札，所有体例之订定，部居之分别，去取之标准，立言之法则，敏中均能发纵指示，密授机宜，不图画诺而已。”又曰：“统观诸札，办书要旨：第一求速，故不能不草率；第二求无违碍，故不能不有所删改；第三求进呈本字画无讹误，故进呈本以外，讹误遂不可问。敏中亦深知其弊，故其奉办《日下旧闻考》附函有曰‘此书私办更胜于官办’；六月十一日函亦曰：‘欲将《玉海》校正，别行刊板，不由官办更妥’。然则世之震惊《四库全书》者可以不必矣。”（61）而且，援庵亦肯定了于文襄手札的史料价值，曰：“编纂《四库全书》掌故，私家记载极稀，诸函备述当时办理情形，多为官文书所不及，事关中秘，殊可宝贵。”（62）
    张之洞号广雅，在两广办广雅书院，先有号还是先有书院名？援庵据张氏手札，纠正陈石遗《张相国传》之误，曰：“陈石遗撰《张相国传》，谓督两广时创广雅书院，故又号广雅。敝藏文襄光绪二年札，刻‘广雅堂自制署笺’七字。石遗曾入文襄幕，其说乃倒果为因，史事考证之难如此。”（63）
    援庵还曾与胡适论杨守敬《水经注疏》的成书年代。他藏有杨守敬致梁鼎芬手札两封，出示胡适，并请其撰跋。胡适于1948年8月14日写成《跋杨守敬论水经注案的手札两封》，送援庵。12月7日援庵致函，曰：
    大跋在杨守敬写给梁鼎芬的信里，发见杨守敬光绪十九年还没有《水经注疏》的著作，又发见《水经注疏要删》卷首光绪五年己卯潘存的题词，是捏造的，最为有趣。
    但此两札年月，大跋系以王先谦《水经注》合校本及《复堂日记》之刻成为依据，推定其最早当在光绪十九年或在后一年。鄙见则以梁节庵、叶浩吾在鄂时代为根据，断定此札须照尊说更移后四年……札中所署四月十三日，光绪廿三年丁酉四月十三日也……光绪廿三年（一八九七）杨守敬还没有《水经注疏》的著作。（64）
    12月13日胡适复函，曰：
    先生依据梁节庵与叶浩吾两人在武昌的时代，修改我的结论，断定杨惺吾两札作于光绪廿三年丁酉（一八九七）四月，当时还没有《水经注疏》的著作……
    先生这个修正，我特别感兴趣。但今天翻查《邻苏老人年谱》，发见了一点反证，似还需再斟酌。（65）
    援庵还注意从清人的手稿中，汲取治学的经验和方法。他“搜集了很多清代学者的手稿，其中有王念孙的《广雅疏证》。从这份手稿可以看出王念孙是如何搞学问的：他著《广雅疏证》第一次用的材料往往是对的，但是后来又发现了更新的材料，他并不是把第一次的划掉，而是将后来发现的新材料写在小纸条上贴在上面，再发现再贴，而用到书上去的，就是那最新、最可靠的材料……陈先生是非常钦佩王念孙这种做法的。”（66）史学家李瑚亦曾忆及援庵如何学习清人治学，说：“他早年曾向乾嘉学者学习，方法是，除了读他们所著的书以外，还买到他们的著作手稿、读书笔记和手札等，如对王念孙《广雅疏证》、钱大昕《廿二史考异》的部分手稿，他都曾反复研究过，看他们是怎样著书，怎样修改，为什么把所引资料一换再换，等等。他认为，这样既可知道著书的艰苦，又可以学到他们治学和著书的方法。”（67）