秋耕是元代农业生产中确保作物生长不可或缺的环节之一。时人已经意识到秋熟作物收获完成后进行的土壤耕作对来年农作物的生长具有重要意义。《元史》卷九三《食货志》载：“盖秋耕之利，掩阳气于地中，蝗蝻遗种皆为日所曝死，(33)次年所种，必盛于常禾也。”这里指出了秋耕具有杀灭害虫越冬虫卵的功效。元人王恽《为蝗旱救治事状》中提到的措施之一就是“准备翻耕，出曝蝗子，参详实为急务”。(34)可见翻耕是农田防治蝗灾的重要措施。除此之外，元代官方农书《农桑辑要》还提到“秋耕之地，荒草自少，极省锄工。如牛力不及，不能尽秋耕者，除种粟地外，其余黍、豆等地，春耕亦可”。(35)可见秋耕还可以减少荒草，而且对于北方的主要粮食作物粟来说，秋耕是必不可少的。《农桑辑要》指出“秋耕欲深……秋耕青者为上”(36)这里提到秋耕中的“青”就是“掩青”农艺。采取该技术，“比至冬月，青草复生者，其美与小豆同”。小豆是豆科绿肥植物，可用于“美田之法”。(37)既然青草与小豆相同，则也是绿肥植物，被用于春耕春种之中。绿肥在《王祯农书》被称为“苗粪”和“草粪”，其中苗粪是元代“江淮迤北用为常法”，(38)草粪则“于草木茂盛时芟倒，就地内掩罨腐烂也……利以杀草，可以粪田畴，可以美土疆”。(39)地表的杂草和残留的农作物秸秆也被覆埋于地下，转化为有机肥，又可增强耕地的土壤肥力，为来年春季作物的种植和生长打下良好的基础。
    除了上述优点，用现代农学的角度来看，秋耕还可以防止耕地土壤板结，改良耕地的土壤结构，改善土壤的理化性状。既然秋耕有上述诸多优点，那么，要真正做到以农桑为本，就必须确保秋耕这一环节的实施。元人胡祇遹《论农桑水利》指出：“耕犁入地不一二寸，荒蔓野草不能除去根本，如是而望亩收及于古人，不亦艰哉？”(40)可见，秋耕若有成效，还需深耕，只有深耕才能将野草全部覆盖于地下。而且，按照当时的农艺要求，“大抵秋耕宜早……称天气未寒，将阳和之气掩在土中，其苗易荣”。(41)按照当时的农艺技术要求，“凡地除种麦外，并宜秋耕”。(42)可见秋耕的普遍性。
    然而，秋耕在有利于来年农作物生长的同时，也给秋熟作物收获后在农耕区内的放牧带来了不利，原因在于：秋熟作物收获以后，田间残留的杂草和农作物藳秆同时还可以用作牲畜青饲料，充分利用上述饲料，可以减少牲畜对干饲料(包括干草、豆等)的消耗，从而为牲畜过冬留出更多的饲料。蒙古人对牧草的重视由来以久，前引《黑鞑事略》曾载“其国禁：草生而斸地者，遗火而爇草者，诛其家”。掘地和失火均直接破坏牧草生长，动辄处以极刑，足见蒙古人对牧草的重视。但是，在耕地面积和生长期既定的情况下，杂草和农作物藳秆的两种用途是“此消彼长”的对立关系。秋耕绿肥植物翻到地下腐化为绿肥，可以增加土壤肥力，减少病虫害和杂草。此举对来年的农业生产构成了潜在利益，但却对当年的牲畜放牧带来了直接的不利。绿肥植物在天气尚未寒冷之时就被掩埋于地下，牲畜不得不靠干草或豆类等干饲料来喂养，这势必增加牲畜的饲养成本，也容易导致冬季牲畜刍料的匮乏。
    由此看来，至元十年十一月丁未，大司农司奏言“中书移文，以畿内秋禾始收，请禁农民覆耕，恐妨刍牧”(卷八《世祖纪五》)之事也就在情理之中。从中也可以看到特定时空背景下秋耕与刍牧之间不可调和的矛盾。当然，此议由于元世祖重视农业生产之故，最终“以农事有益，诏勿禁”作罢。元初，世祖尤为重视大都地区的农业生产，所以畜牧活动时常为农业生产让路，例如，至元二十八年秋七月“壬戌，弛畿内秋耕禁”(卷一六《世祖纪十三》)。但由此也可以看到，就是在元世祖重农政策下，秋耕之禁还是存在的，只不过是有所松弛而已。武宗至大三年(1310)“申命大司农总挈天下农政，修明劝课之令，除牧养之地，其余听民秋耕”。这就等于允许牧地之外的其他土地均可秋耕，秋耕之禁变得前所未有的宽松。但好景不长，在“仁宗皇庆二年(1313)，复申秋耕之令，惟大都等五路许耕其半”(以上均见卷九三《食货志一》)。此举显然是考虑到大都地区农牧并存的事实，显然是为了照顾农耕区内秋后牲畜放牧的需要。但鉴于本地的农业生产对于就地满足大都的粮食需求具有其他地区不可比拟的优越性和重要性，所以不得不允许大都路一半的耕地仍可以进行秋耕，这也算是兼顾大都地区农业和畜牧业的折衷政策。据王恽《为收刈秋青草事》载：
    照得每年和买应办秆草不下六七百万秤才方敷用。切见燕京顺天等处蝗虫水涝，若全依年例和买，切恐临时耽误。合无籍此秋间，令从长计，置秋青等草，如法积垛，向前兼带支持用度，官民似为两便，据此合行具呈。(43)
    既然“秋青等草”已被积垛起来用作牲畜饲料，自然也就无所谓“秋耕之利”。在此情形下，确保牲畜的饲料才是当务之急，至于来年禾稼的长势与收成就不能兼顾了。
    四、两都巡幸制度对大都地区农牧矛盾的协调和转移
    大都地区的农牧矛盾已如前述，如何尽量减少这种矛盾对大都地区社会经济和政治稳定的损害就成了摆在元朝统治者面前的现实问题。在此背景之下，两都巡幸制度应运而生。两都巡幸制度既可以最大限度地保证大都地区农业生产的顺利开展，又使得大都地区的牲畜在大都和上都之间实现轮牧，便利了畜牧业生产的进行，是为元代两都巡幸制度建立的经济动因。
    据元人黄文仲《大都赋》载，元朝皇帝春季漷州畋猎之后：
    遂幸上都，避暑于朔。虑畜牧之妨农，逐水草于广漠。云妫以南，既芟既获。徐拥舆卫，毋俾民虐。千官领至，群乐大作。天子之心，为民而乐。弥畿甸之千里，悉护驾之部落。维牛维羊，维马维骆。(44)
    这里明确指出元代两都巡幸的目的之一在于“虑畜牧之妨农，逐水草于广漠”，也就是把大都地区的畜牧业生产北移至草原地带，为农事活动的顺利开展提供保障。同时，马、牛、羊、骆驼等牲畜也在广漠的水草环境中得到最好的生长。可以说，两都巡幸对大都地区的经济发展和政治稳定而言是一举两得的制度。