从现存的档案资料看，回疆各城伯克主要以报案、缉捕案犯、会同勘验、会同审理案件等形式参与刑事司法活动，司法权限受到比较严格的限制与监督。
    相对伊犁与乌鲁木齐地区，回疆是清代新疆相对封闭的以维吾尔为主体的土著社会，除去基层官衙伯克衙门在驻扎大臣监督之下行使一定的司法权力之外，以阿訇为主体的宗教法庭活跃在广大的基层社会民事领域当中，发生于维吾尔民众之间的一般刑事案件与民事案件由阿訇等宗教人士以伊斯兰教法审断。宗教法庭又称协里叶提，一般附设于清真寺，相互之间“各不隶属，互不干涉”(24)，司法权力的行使相对独立。回疆宗教法庭的组成主要有“艾来目，掌教，也叫主教，汉人称为大阿訇。卡孜卡兰(qazi kalan)，宗教学权威，负责咨询工作，解答裁决触及教律的疑难问题，汉人称之为二阿訇。卡孜热依斯(quaiz rais)，宗教法官，负责处理民事、诉讼、婚姻、财产继承等事，汉人称之为三阿訇。穆夫提(mufti)，执掌教法，对宗教法典作出解释和决定的说明官，汉人称为四阿訇”(25)，以阿訇为主要组成人员的宗教法庭主要处理回疆基层民众的民事纠纷，司法实践中以伊斯兰教经典为主要的法律依据。
    关于清代回疆伊斯兰宗教法庭的确切资料并不多见，仅能做一般了解。清代新疆察合台文契约文书在很大程度上补充了汉文资料的不足，对以阿訇等宗教人士为主导的宗教法庭在清代回疆社会的普遍存在与运作皆有比较充分的说明(26)。现以“沙木沙克苏皮给阿卜拉海里排卖地契约”为例，契约的签订日期是道光十三年(1833)一月十八日，具体内容为：
    具结人沙木沙克苏皮，我把自己在热巴其合洁渠的12卡勒克祖传旱地用10块银币卖给了毛拉阿卜拉海里排。钱已如数收到，地已不归我所有。它不是瓦合甫地，不是典当地，也不是恩赐田，他人不得干预。今后，倘我或后代闹事，在协里叶提(即宗教法庭)面前一律无效……(27)
    契约最后是证明人与印章以表明契约的有效性。值得注意的是这份契约文书注明“在协里叶提(宗教法庭)面前是无效的”，说明在土地买卖活动中双方当事人依据的法律当属当地固有的民间法而非大清律例。此外，在现存大量清代回疆契约文书中，我们能发现在婚姻、继承等民事领域仍然普遍适用以伊斯兰教法为核心的回疆民间法。
    清代回疆地区的法制实践表明，清代国家制定法以公法领域的调整为重，而伊斯兰教法则主要调整与规范回疆民众私权领域的民事纷争，二者恰恰形成调整领域与内容的互补，伊斯兰教法对于清代回疆基层社会管理与社会秩序维护发挥着重要的作用。
    需要指出的是，法制实践中，伊斯兰教法与国家律法的适用因多种原因并非严格限以民、刑领域而更形复杂。就档案原件以及档案汇编等众多文献资料反映，在对新疆的法律治理中，清代各级政府重点就命盗案件行使司法管辖权，除此，一般刑案甚至民事案件也在其管辖范围之内。道光四年(1824)，刑部陕西司复核和阗办事大臣奏“孙尔男重利放债”之案时指出：“查该犯既非例应查抄之犯，则被抄资财自应照例追还，应令该大臣将该伯克及众回子所借银钱及房地契纸等物当押各项，一并追出，给该犯具领”(28)，此案即为其时军府衙门行使民事案件司法管辖权之一例。其他如道光四年阿克苏办事大臣咨刑部“回子玉素甫行窃回子固尔板马匹”(29)案、道光十一年伊犁将军咨刑部“为奴回犯爱拜都拉呈控披甲乌尔清阿索借银钱”(30)案等，皆为地方官衙对一般民刑案件所进行的司法管辖。尽管此类案例资料相形命盗重案较少，因而无法进行深入、细致的进一步的研究，但重要的是，它揭示了清代各级政府对边疆司法干预的范围与领域并非仅仅局限于命盗刑事案件。同样，清代新疆伊斯兰教法的适用也是复杂而多面的。
    (三)新疆建省后伊斯兰教法的适用
    1884年建省新疆由“藩部”变“行省”，州县制得以普遍推行，军府体制下司法权力的多元配置在一定程度上得以改变。伯克、札萨克王公以及宗教法庭之司法权力曾一度或被取消或被削弱，民政包括司法管理职能改由新设之州县衙门统一行使。刑事司法领域内的变化与进展比较突出。综合建省初期与清末新疆的众多案例，我们发现，各道司法审级虽不尽一致，但基本遵循了县-府-道-司-院这样一个程序。相较内地直省“州县一切案犯，由府审转解司，直隶州一切案犯由道审转解司”(31)，因全疆府厅州县均由四道管辖，道在司法审判中的地位显得更为重要，命盗刑案几乎无一例外均经各道复审报臬司复核。由此可见，建省后地方审级的设置、管辖与内地各省已无二致，但同时也表现出了边疆地区行政区划与司法运作的独特性。民事领域也因行政建制的变更而呈现变化。以成书于清末的《新疆乡土志稿》中的一则内容为例：
    于阗地广人多，雀角鼠牙，无时不有，而争讼草湖之案尤极繁难。缠文字据既难尽凭，穷荒界址亦多不确，办理最多轇轕，动辄缠讼，数官不能了结。志焄(按：即于阗县知县孙志焄)每遇民间争讼草湖，近则亲往履勘，远则派人确查，断结之后为之绘图具结，钤盖印信交两造各执一纸，剖判详悉，界划分明，故志焄断结草湖之案，虽历多年未有复翻者，化大为小，化小为无，于民暗受其福(32)。
    此为县府裁断回疆基层社会民事案件的记载。于阗知县孙志焄曾于光绪十七年(1891)十月至十九年七月、二十三年四月至二十五年二月两任于阗县，其裁断属县民事案件之事例虽仅为个案，但亦能反映出建省后回疆基层寻常民事纠纷向由阿訇等裁断之局面已被打破。此种变化回疆民事契约也有相关反映。光绪三十一年关于财产分配纠纷的契约中“我跟我的同伴阿吉肉孜海力排因在分配收入中意见不一致，所以上告县官”(33)之类的文字，即反映了建省后回疆基层民众对于清政府地方官衙与清代律法的一定程度的认同。
    建省后国家司法在基层社会的强化与扩张是边疆政治一体化发展的必然趋势，然而仅据以上资料并不能断定国家法律已深入基层社会，《新疆乡土志稿》“凡命盗斗殴，户婚田土钱债，奸赌杂犯等案均有回律……改设郡县后，无人议及，故阿訇回目等至今得分地方官审判之权，於政界不无妨碍，此亦政学家所当留意者”(34)之语，文献反映的哈密与吐鲁番回王在领地司法权的一仍其旧以及清末回疆契约资料所载，都表明建省后伊斯兰教法依然在基层社会实际施用而且并非仅仅限于民事及一般刑事案件，伊斯兰教法与宗教法庭并未因建省而退出司法领域，回疆基层社会法律格局并未改变。对此现象的合理解释是：(1)由于元代以来的宽松宗教政策，清代确立治权之前回疆已形成相对稳定与成熟的伊斯兰文化生态，清代军府时期所推行的民族隔离之下的因俗而治则进一步阻断了边疆与内地之间的文化交流而固化了伊斯兰教文化在该地域的封闭发展，即便建省，作为一种外在的政治建置的更张也不可能骤然改变这种文化格局及宗教文化对地域社会的影响；(2)同治年间中亚浩罕军官阿古柏入寇回疆最终占据大半新疆达十数年(1865-1877年)之久，其间严格推行并全面恢复伊斯兰教法，清廷百余年来对新疆多元法律的统合及法律的正常运行秩序被打破，法制进程出现停滞甚至倒退；(3)由于多种因素，直至清解体，新疆行省建置都未臻成熟与完善，风雨飘摇中的晚清中央王朝面对僻处西极政制更张之新疆，行政管理能力尤显不逮，突出体现在吏员不谙边情及回疆县域空间范围过大之下人员配置的不敷应用等。以上种种决定了清代建省后甚至延至民国时期新疆基层政权施政均有赖于与回疆基层社会治理体系相妥协并协作，也决定了伊斯兰教法与宗教法庭在回疆基层社会的长期存在。(35)总之，清后期因新疆政局动荡，清政府统制力削弱，对刑法方面的改革未能贯彻至终，南疆等地仍沿用伊斯兰教法处理刑事罪犯。因而伊斯兰教法与国家律法在民、刑适用领域的严格区分以及建省后国家法于回疆基层社会的扩张则显然是成了一纸具文。