晚清时期，西学东来，新学兴起，不仅对程朱理学及纲常名教形成了猛烈冲击，而且也影响了今文经学家与程朱理学的关系。康有为集今文经学与西学于一身，从程朱理学的角度看，今文经学与西学在他“托古改制”思想体系中并非仅是形式与内容的关系，二者还具有反理学的一致性。当然，他的今文经学思想不是对理学的全部否定，而是一种扬弃。
    康有为(1858-1927)的学术思想以今文经学为主体，而他的今文经学与程朱理学存在一种明显的批判继承关系。从其学术历程看，他在治今文经学之前，出入理学、古文经学，较典型地体现了晚清时期治今文经学者的特点。关于治学路径的前后变化，康有为曾有说明：“始循宋人之途辙，炯炯乎自以为得之矣。既悟孔子不如是之拘且隘也，继遵汉人之门径，纷纷乎自以为践之矣。既悟其不如是之碎且乱也，苟止于是乎？孔子其圣而不神矣……既乃去古学之伪，而求之今文学。”(44)光绪十四年(1888)，他“既不谈政事，复事经说，发古文经之伪，明今学之正”(45)，学术思想转入今学营垒。
    康有为接受今文经学、西学后，眼界大开，对此前所研习的古学、理学表现出强烈不满。他说：“大抵正学中微，多起于陋儒之争席，讲声音，穷文字，图太极，明本心，栩栩谓得圣学之传，专己守残，如大道何！”(46)而他往来于京、粤，“所经之地，所阅之民，穷困颛愚，几若牛马”，进一步激发了经世的热肠和对理学的愤懑，“慨然遂有召师之责，以为四海困穷，不能复洁己拱手而谈性命矣”(47)。
    为了宣传他的今文学说，他由指责汉、宋学无济时用，不具现实合理性，进而上升至学理层面，诋毁汉学、宋学的学术基础。他指出：
    凡后世所指目为“汉学”者，皆贾、马、许、郑之学，乃“新学”，非“汉学”也；即宋人所尊述之经，乃多伪经，非孔子之经也。
    古学皆刘歆之窜乱伪撰也，凡今所争之汉学、宋学者，又皆歆之绪余支派也。(48)
    凡二千年经说，自魏晋至唐，为刘歆之伪学；自宋至明，为向壁之虚学。(49)
    康有为否定古文经学、程朱理学，目的是为宣传今文经学说扫除障碍。这从他与朱一新的辩论可见一斑。康有为贬宋学崇今文的做法引起了朱一新的不满，朱指斥康有为“卑宋儒之论，而欲扬之使高，凿之使深……高者可心知其意，而不可笔之于书，足下以董生正宋儒，而并欲推及董生所不敢言者，仆窃以为过矣。”(50)康有为在回信中则放言：“仆言今古刘、朱之学相盛衰者，正以循环之运，穷则反本。方今正当今学宜复之时。”(51)朱一新尊程朱理学为正统，对康有为反理学的倾向感受深刻。梁启超对康有为的这次学术转向也有解释，他说：康有为“所谓义理者，又非言心言性，乃在古人创法立制之精意。于是汉学、宋学，皆所吐弃，为学界别辟一新殖民地。”(52)康有为所言“义理”已别具新意。
    康有为主观上宣称，他于光绪十四年学术思想转向今文经学。实际上，由于程朱理学乃社会主流意识形态，加上康有为长期熏染其中，理学已成为他学术资源的一部分，因此，他在转向今文经学后相当长的时间里，理学对他的影响仍旧存在。
    《长兴学记》作于光绪十七年(1891)，系康有为长兴里讲学所定的学规，与二程、朱子的观点多有抵牾，但从其话语体系、理论范畴、思维模式看，明显带有理学的烙印。光绪二十年(1894)康有为所作《桂学答问》，具有十分鲜明的今文经学特征，然而于理学亦不主废弃。其中专门指出“当读义理书”，并详列书目如下：
    宋儒专言义理，《宋元学案》荟萃之，当熟读。《明儒学案》，言心学最精微，可细读。《国朝学案小识》可备源流。《二程全书》、《朱子大全集》、《朱子语类》可精考。《正谊堂全书》可涉猎。《近思录》为朱子选择，《小学》为做人样子，可熟读。《司马书仪》、《朱子家礼》皆近世礼所从出，宜参考。千年之学，皆出于朱子，故《语类》、《大全集》宜熟读。《学案》最博，可通源流，皆宜精熟。数书宜编为日课，与经史并读者。《小学》尤为入手始基也。(53)
    康有为此后几年的讲学，可见诸门人整理的《万木草堂口说》、《南海师承记》、《万木草堂讲义》等听课笔记，其中依然不乏肯定理学之处。康有为宗今文而不全盘抹杀宋学，这在他与朱一新的辩论中也有体现：“宋儒之功，自不可没，当风波颓靡，毅然束之，至今赖焉。然当日经学破碎已极，礼乐不能复兴，则不得不求之于内，而语录之学出，势也。因是求孔子修己以敬之学，得《曲礼》、《玉藻》、《少仪》之意焉，实其美也。”(54)
    戊戌变法前后，尤其是变法失败以后，康有为的学术思想又有所变化，表现在今文经学与程朱理学的关系上，主要是注释《礼运》和《四书》。从康有为本人的表述看，他在戊戌变法以前就曾注过《礼运》、《大学》、《中庸》、《论语》等书。这些著作后曾选载于《不忍》杂志。变法失败后，康有为在颠沛流亡途中，为何要注释《四书》呢？他在《中国改制议》中对此曾做过解释：
    今为中国言变法，有必宜更新者，有必宜沿旧者，骤遥躐等，非惟颠蹶，亦不能成。
    今竞争之世，不患不讲变法，患不讲德育。故吾日写定夙昔所注之《礼运》、《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》、《春秋微言大义考》暨《人类公理》，以明大同太平之义。(55)