历史地看，注释《四书》可视为他变法前所作《新学伪经考》、《孔子改制考》的继续。“既著《伪经考》而别其真赝，又著《改制考》而发明圣作。”(56)他在完成了对《五经》的破与立之后，进而对《四书》进行阐释合乎逻辑。从思想上看，注释《四书》可视作康有为对变法失败进行深入反思后所做出的调整。维新时期，他重在借经学以言变法，故他的《孔子改制考》以《五经》为改制之书，以孔子为变法的圣王；而变法的失败则使他认识到，“不患不变法，患不讲德育”，“有必宜更新者，有必宜沿旧者”，因此，他的努力方向由政治变革转移到德育建设，由此前的激进转趋于保守，由言变法改制转为言“太平大同”之义。
    与对待古文经学的态度不同，康有为在注《四书》时，并没有把程朱理学家所尊奉的经典《四书》宣布为伪书，相反，他对《四书》表现出推崇。他称赞《大学》“内圣外王，条理毕具，言简而意赅”，“诚孔门之宝书，学者之阶准也”(57)。《中庸》“系孔子之大道，关民生之大泽”，“原于天命，发为人道；本于至诚之性，发为大教之化；穷鬼神万物之微，著三世三统之变”(58)。《孟子》“考之《中庸》而义合，本之《礼运》而道同，证之《春秋》、《公》、《穀》而说符”，“传平世大同之仁道，得孔子之本者也”(59)。康有为对《论语》的评价稍低，但也认为，《论语》“凡人道所以修身待人天下国家之义，择精语详，他传记无能比焉”，“所发大同神明之道，有极精奥者”(60)。不过，康有为对《四书》的推崇又与程朱理学家有别，他看重的不是《四书》中所蕴含的“程朱之道”，而是以《四书》为今文经，认为其中含有太平大同等“微言大义”。康有为曾非常明确地指出，孔子之道遭刘歆篡伪后，扫地殆尽；“宋儒复出求道，推求遗经，而大义微言无所得”，(61)“遂割弃孔子大统之地，僻陋偏安于一隅”(62)。也就是说，宋儒虽然声称继往圣之绝学，但是于《四书》中孔、孟“太平大同之微言”、“平等同民之公理”、“隶天独立之伟义”(63)并没有能够发明，所以他才遍注《四书》，揭示微言大义。
    康有为注《四书》采取“六经注我”的方式，糅今文、理学、西学于一体，“朱子循文衍说，无须改作者，亦复录之”(64)，并不遵守今文家法。他注《四书》，目的在于借助《四书》的权威，以缓和儒家文化与近代西学之间的冲突，为宣传太平大同、民主平等思想服务，因此，武断强通、臆说附会之处多见。这样，康有为所注《四书》不仅在内容上已超出了传统儒家的界限，而且他所言说的今文经学、程朱理学亦不符合传统学术规范，为正统儒家所不容。朱一新在世时即已注意到这一点：
    足下曩言西汉儒者乃公羊之学，宋儒者乃“四子书”之学，仆常心折是言。足下既知“四子书”与《公羊》各有大义矣，奚为必欲合之？汉、宋诸儒，大端固无不合，其节目不同者亦多。必若汉学家界书鸿沟，是狭僻迷谬之见也。然苟于诸儒所毕力讲明者，无端而羼杂焉以晦之，谅非足下任道之心所宜出也。汉学家治训诂而忘义理，常患其太浅；近儒知训诂，不足尽义理矣，而或任智以凿经，则又患其太深。夫浅者之所失，支离破碎而已，其失易见，通儒不为所惑也。若其用心甚锐，持论甚高，而兼济之以博学，势将鼓一世聪颖之士颠倒于新奇可喜之论，而惑经之风于是乎炽。(65)
    康有为对待程朱理学的态度，以此前今文经学家的学说为基础，又表现出很大不同，甚至已超出了传统学术的范围。
    清代中晚期，汉宋关系整体趋向于从对峙走向调和，但今文经学与程朱理学的关系需要具体分析。清代今文经学之所以兴起，一方面在于学者不以古文经学为满足，由东汉之学复西汉之古，从清中期今古文兼采，发展到清晚期今古文分派、对立。这一点学界已多有论述。另一方面，今文经学家对程朱理学的态度，尽管情况不一，但从其学派特征较具典型性的经世派来看，也呈现出从兼采走向分离，由认同走向背叛的倾向。
    实际上，近代学者已注意到这一倾向。朱德裳《三十年闻见录》说：
    公羊学不为功令所许，有清一代治此学者不过数家，而晚年极盛。自王湘绮治《公羊春秋》，传其业者，门弟子中推蜀人廖平季平。季平演此义为今古文学，康南海从而光大之，于是有《新学伪经考》之著。时吴县潘祖荫伯寅，以尚书而治公羊学。京师清流颇放言不讳。从此士夫有新周故宋，孔子当王之思想；不复屑为一姓伺养。其后，世界历史所称十六七世纪数大革命，暨平等自由之说乘之入中国。迄于辛亥，鱼烂而亡。(66)
    朱德裳把自由平等学说与公羊学相联系，未免夸大了公羊学的作用。但同治以后，今文经学家中为何出现戴望、王闿运、廖平、康有为等一批反对程朱理学的人，却耐人寻味。前已有述，他们或受自颜元、老庄甚至西学的影响，但为何又无一例外地将反理学思想纳入今文经学之中呢？
    不可否认，由于时代的限制，不少今文经学家以理学修身，存有调和色彩，但同时还需关注到，程朱理学还是当时的官方哲学和统治之术，官方对于理学与经学的态度并不一样。在很长一段时间里，今文经学不为功令所许，而程朱理学则一直处于官方哲学统治地位，受到保护，不准诋毁。根据清代功令，“文人著书立说，其有诋毁程、朱，显违御案者，则应亟行毁板，不可听其刊行”(67)。这样，学者选择今文经学，本身就含有以民间之学抗议官方之学、以异端对抗正统的意味，尽管其中不乏兼采宋学的人士。(68)
    而造成两者差异的另一重要因素，或许在于所言义理的不同。“天不变，道亦不变”，在程朱理学尊奉者看来，古今只此“义理”，不可变更，而刘逢禄、宋翔凤等人于程朱之道外别立新说，发挥微言大义，显然有迕理学家的“义理”。至于康有为，则更进一步。朱一新一针见血地指出：“乾嘉诸儒，以义理为大禁，今欲挽其流失，乃不求复义理之常，而徒备言义理之变。”(69)从“不求复义理之常”到“言义理之变”，显示了中国传统内部“更法”之外的又一动向--“变道”。这一点，对今文经学推崇备至的谭献早在同治初年已有意识，他认为，清代今文经学的复兴，则“于不变之中而变之机已伏”(70)。以程朱理学为参照显示，清代今文经学内部已酝酿着“变道”的因素，且愈到后来愈是明显。