张晓林的著作《天主实义与中国学统》便把利玛窦的《天主实义》作为诠释学的经典范本，并应用伽达默尔的诠释学理论对其进行探究。他认为天主教对中国传统思想的冲击，即形成了“一种新的、异于儒家道统的思想体系”，“一种完全不同于儒家道统的精神”，并认为此种精神与后来的乾嘉考据学、太平天国运动乃至戊戌变法均有内在关联。(43)与此同时，另一部以诠释学的视角探讨明清耶儒互动的著作刘耕华的《诠释的圆环》也出版问世。除了书写范围更为广泛外，刘著还具有自己特色，诚如孙景尧所言是书“最见功底也最具启迪的就是，作者选择了‘太极’、‘理’、‘性’、‘心’、‘仁/爱’、‘孝/敬’、‘天命’、‘君子’、‘圣人’等儒学范畴，‘万物一体’、‘精气为魂’、‘气化流行’等儒学命题，以及当时不同派别的三个传教士及其代表作为个案，作了条分缕析的层层论述。”(44)可见，学者们已把天主教纳入中国思想学术的流变脉络，以考察耶儒的内在互动。当然这个工作远未结束，学理上的梳理如何得到实证上的支持或许是问题解决的关键所在。
    3、中西神哲思想交流与比较研究
    此一阶段学者们多关注由利玛窦等耶稣会士所传入的天主教灵魂说及其影响。张西平的《明清间西方灵魂论的输入及其意义》认为入华耶稣会士之所以宣扬灵魂说，乃是为了投陆王心学之所好，并认为西方灵魂说的引入其意义在于“一是在本体论上引入了西方的世界二重化理论；一是在认识论上较为系统地介绍了西方的认识论思想”。(45)虽然利玛窦作了一些会通工作，但当“用中世纪哲学的理论说明世界二重性”揭示灵魂的本质属性时，“则会使儒生们感到十分困难”。由此，作者认同谢和耐所言的“中国人对于在基督教中那种存在着一种有理智的并能自由决定从事善恶行为的灵魂之基本概念是陌生的”的观点，但又强调中西哲学的差异“并不能证明中国文化不需要这种哲学，而只是说明在传播和接受西方哲学时应注意中国文化的特质，需要进行创造性转化。”
    许苏民的《灵光烛照下的中西哲学比较研究》认为《天主实义》一书中基本上持“先秦儒家的思维方式与西方哲学相同，而宋明理学则不同”的立场，并从五个方面予以具体分析。作者认为“利玛窦对宋明理学的批评确实道出了理学在理论思维上的某些缺陷和失误”，但他的某些否定性结论“实在只是他的推论，虽然合乎逻辑，却不合乎理学家本意”，此种认识上的偏差也影响了龙华民，为其武断地认为中国哲学“屈人伦于物类”埋下了伏笔。而马勒伯朗士对中西哲学差异的看法则较为公允。作者认为传教士“一切有限的物质的存在都是不完满”的观点乃是天主教与清廷冲突的根本原因所在；而中国哲学的西渐，对于西方哲学摆脱附庸地位起了积极作用。(46)
    以上两文表明，学者们力图从动态的视角探讨中西哲学交流给各自社会带来的影响，并从当时中西哲学对话的历史境况中抽离出一般的规律，以作今日之借鉴。
    4、中西伦理研究
    对利玛窦所肇端的中西伦理尤其是性伦理际遇之研究属一新开辟的学术领域，其中不乏力作，成为近十年来利玛窦研究一大亮点。陈登的博士论文《利玛窦伦理思想研究》整体考察了利玛窦伦理思想形成的西方背景，并对其神学伦理、交往伦理、家庭伦理等作了分门别类的研究。(47)
    林中泽先生则另辟蹊径，对晚明中西性伦理的研究，令人耳目一新。(48)作者认为，利玛窦等耶稣会士在华的性伦理实践，对他们的传教产生重大的制约作用。利玛窦对独身生活的颂扬，不可避免地与中国孝道观发生冲突。为减缓冲突，利玛窦采取了“是孔非孟”做法，企图以此切断生殖与孝的关系。但不管利玛窦如何挖掘中国古代圣贤间的分歧点，都无法从根本上影响或改变孝的传统内涵。与此同时，利玛窦在其它场合下并不避讳利用孟子的权威。这说明，利玛窦对儒学权威的利用是相当功利的，也是权宜的。要真正说明独身主义的合理性，利玛窦仍须回到天主教神学立场上来，因此他用西方的标准重“定孝之说”和“定父子之说”(三父说)，而儒家自有其忠孝理论。为协调两者，利玛窦虽在“忠”“孝”之中塞进了一条“信”，但又把俗世顺逆一概按中国传统的说法归之“道”的变化上，而这又与基督教的恩典说大相径庭，由此得出结论：利氏协调孝、信关系不过是实施其传教策略的手段，其功利性和倾向性决定了这种协调必然破绽百出。另外，林中泽先生还就入华耶稣会士的经济伦理对儒家的调适作了阐发，认为耶稣会神父所作出的努力，取得了一定的成效。(49)
    5、利玛窦易服及其与中国宗教比较研究
    近十年来，有关利玛窦与佛教关系的论文数量可观，但多着眼于“以天辟佛”或“以佛辨天”，未摆脱佛耶冲突论的窠臼。(50)利玛窦“易服”则为深入探讨佛耶关系提供了最佳切入点。
    赵伟《耶合释道：利玛窦对中国佛教早期传播经验的借鉴》一文基于利玛窦僧服这一史实，认为“利玛窦真心地承认穿僧服是传播基督教一条比较有效的便捷途径”，这与其在印度的生活和学习经历有关，利子易服标志着“传播天主教方式与归化中国人理论的转变”，而此种转变与“早期佛教在中国的传播策略暗合”，由此作者推测利玛窦借鉴了佛教在中国的传播经验，并总结利玛窦“传教策略的实质是求同求异，即对与天主教相似性较少的儒学求同，而对与其相似性较多的佛教求异”。(51)此文结论令人耳目一新，足为一说。
    计翔翔的《关于利玛窦衣儒服的研究》则爬梳中西史料，考证利玛窦易服时间为“1595年5月17-18日前后，地点为江西樟树”。作者认为耶稣会士易装除了需要向耶稣会上级报告外，更重要的还要获得“明朝社会各界，尤其是儒生阶层的认可，这才是真正的症结所在”。(52)可见，作者主要从明末社会内部来看待易服问题，并对易服的某些史实作了考证辨伪。
    林中泽的《从利玛窦的书信和日记看晚明的天、释关系》认为入华之初耶稣会士的排佛策略便已成熟，利氏之所以仍旧僧服，乃为了“急于与声名狼藉的葡萄牙商人保持距离，以便获得定居内陆的机会”。当然，这仅是权宜之计，“‘僧人’及‘天竺’之说，纯属借用，前者是为了表达西士的非世俗性，而不是真的把自己等同于佛教僧侣；后者则是为了表明其故里的遥远，而不是真的说他们来自印度。”而天释的相似性则使中国官吏混淆天主教的真正属性，故也要求西士僧衣。因此，西士们僧衣“具有更加被动的性质”。(53)
    “易服”乃是天主教东传历程中普遍存在的文化现象，戚印平的《远东耶稣会士关于易服问题的争议及其文化意义》便考察了日本“易服”事件，并认为它与利玛窦的易服“本质并无二致”，“从某种意义上说，它意味着欧洲文化本位主义的调正与修正。”(54)
    除了深究天释关系之外，学者们还就天主教与中国其它宗教的关系作了有益的探讨，从而拓宽了研究领域。如陈可培的《利玛窦的〈畸人十篇〉与道家思想》对《畸人十篇》某些思想与道家关联的讨论；(55)金刚博士在其学位论文中对“回儒”和“西儒”的比较研究；(56)天主教与民间信仰的关系继续受到学者的关注，(57)代国庆的博士论文《明清之际圣母玛利亚的中国形象研究》(华南师大，2010年)，认为正是在玛利亚这一神学形象上，实现了天主教对中国民间信仰的通融，并造就出本土的圣母形象以及朝拜圣地。