至于双屿的人口，平托称有3000多人，其中葡人1200名，学者也多认为是夸大之词。然而，据中国方面的记载，嘉靖二十七年（1548）四月明军克破双屿之后，“浙海瞭报，贼船外洋往来一千二百九十余艘”(38)。在双屿活动的中外私商帆船如此之多，估计其人数应不下数万。另嘉靖二十六年（1547），“林剪自彭亨诱引贼众驾船七十余艘至浙海，会许二、许四合为一踪，劫掠沿海地方”(39)。来自彭亨的“贼众”当在数千人以上，其中不少是葡萄牙人自无疑义。又据嘉靖二十七年六月朱纨奏称：“近报佛郎机夷船众及千余，两次冲泊大担外屿。”这些“佛郎机夷”，“皆自浙海双屿驱逐南下，无五澳人（指福建私商）在内”(40)，与平托所记完全一致。明人王世贞亦记：“舶客许栋、王直等，于双屿诸港拥万众，地方绅士，利其互市，阴与之通。”(41) 双屿诸港中外私商达万人以上，平托称双屿一地有3000余人，当不为过。此外，自从葡萄牙人与中国私商李光头、许栋等盘踞双屿九年期间，“营房、战舰无所不具”(42)。如果双屿诸港私商达万人，那么平托称葡萄牙居留地建有房屋1000所，应是可信。明军攻克双屿后，“将双屿贼建天妃宫十余间、寮屋二十余间、遗弃船只二十七只，俱各焚烧尽绝”(43)。此“天妃宫”，当包含天主教堂在内，仅天妃宫和天主教堂就达10多所，可见当时岛上人口之多，建筑之盛了。战后，朱纨登岛巡视，报称：“双屿港既破，臣五月十七日渡海达观入港，登山凡逾三岭，直见东洋中有宽平古路，四十余日，寸草不生，贼徒占之久，入货往来之多，不言可见。”(44) 这也证实了平托对双屿贸易之繁荣的记载。
    葡萄牙人对日贸易的开辟，使双屿成为联结东南亚、中国东南沿海、日本大三角贸易市场的中心，促进了双屿国际贸易的繁荣和葡萄牙人居留地的发展，来自亚洲各地、甚至欧洲的商品都在这里交换、中转和集散，东亚海上贸易体系终于破土而出。无疑，这个以双屿为中心的海上贸易体系是一个新兴的、生机勃勃的、近代意义上的世界贸易体系，它对传统的、没落的、古代的朝贡贸易体系而言，不啻是一个严重的威胁：它是如此接近中华帝国的心脏，而又完全不受中央集权的控制。如果任由其发展，不仅将导致明王朝丧失东亚海上贸易的主导权，而且势必导致明王朝苦心经营的整个朝贡贸易体制的解体，甚至最终导致封建主义中央集权的崩溃，这是明王朝统治者所不能容忍的。因此，双屿港的兴起自然引起明朝统治者的关注，认为必须加以打击，甚至予以摧毁，朱纨事件就是在这种背景下发生的。说到底，朱纨事件是近代的与古代的两种贸易体系之间对立和冲突的产物。
    三、朱纨出巡闽浙
    正当双屿港蓬勃发展，中国私商、倭人和葡萄牙人在闽浙沿海大肆从事走私活动，甚至“无法无天到开始大肆劫掠，杀了些百姓”(45)，东阁大学士谢迁在余姚的宅第亦“遭其一空”，明朝备倭把总指挥白濬、千户周聚、巡检杨英也被掳(46)，明朝在东南沿海的统治面临着失控的危险之际，明朝廷派遣右副都御史朱纨巡抚闽浙，以图恢复“秩序”。
    1.朱纨其人
    嘉靖二十六年（1547），浙江、福建海盗、倭患大作，明廷勅谕都察院右副都御史朱纨：“今特命尔前去巡抚浙江，兼管福建福、兴、建宁、漳、泉等处海道提督军务，在杭州省城住札”，以“调度官员，实时剿捕防御”(47)。嘉靖二十七年（1548）四月，又给朱纨旗牌，授其便宜行事之权。朱纨，字子纯，号秋崖，长洲（今江苏苏州）人。据《明史》本传载：“正德十六年进士。除景州知州，调开州。嘉靖初，迁南京刑部员外郎。历四川兵备副使，与副总兵何卿共平深沟诸寨番。五迁至广东左布政使。二十五年擢右副都御史，巡抚南赣。明年七月，倭寇起，改提督浙、闽海防军务，巡抚浙江。”可以说朱纨的军事生涯始于四川兵备副使，其职“专一整饬兵备、综理粮储、操练军马、抚治羌夷”(48)，同时，嘉靖皇帝还给予其“从宜处之”的权力；巡抚南赣，全称为“巡抚江西南安赣州、福建汀州漳州、广东南雄韶州惠州潮州各府及湖广郴州地方”，职在“提督军务、抚安军民、修理城池、禁革奸弊”，以及严督相关官员剿捕盗贼(49)。在这些职位上，朱纨积累了大量与寇盗土匪势力斗争的经验。一直到巡抚浙江之前，朱纨的政治生涯都是很顺利的。
    朱纨到闽浙之后，针对严重的海盗倭患，采取了以下措施：
    （1）行令禁革，以清弊源。朱纨严禁乡官之渡船，他认为夷贼不可怪也，可恨者林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其赀本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分，盖不止一年，亦不止一家矣”，“漳泉地方，本盗贼之渊薮，而乡官渡船又盗贼之羽翼……惟不禁乡官之渡船，则海道不可清也”(50)。故欲治海防，不可不禁乡官渡船，以清弊源。于是，朱纨采纳了“佥事项高及士民言”，“革渡船，严保甲，搜捕奸民”(51)。朱纨的这个措施严重触犯了地方乡官的利益，这是日后朱纨获罪的重要原因。
    （2）重保甲之令。朱纨认为：“倭寇、番夷、佛郎机等贼倚海为窟，出没不时，诚难底诘。然此等非藉漳泉之民，虽不禁之，亦不来也。”朱纨经过认真思量，虽明瞭可能面临的讹言诽谤和各种压力，但在“惟不严海滨之保甲，则海防不可复也”的情势下，终于嘉靖二十六年十月二十八等日，督率有司推行保甲。他认为：“惟沿海官兵保甲，严加防范，使贼船不得近港湾泊，小船不得出港接济。贼船在海久，当自困，相机追击，乃胜算耳。”严格保甲制度，很快收到了一定的成效，“旬月之间，虽月港、云霄、诏安、梅岭等处，素称难制，俱就约束”(52)。
    （3）整顿军队，加强海防军事力量。朱纨在闽、浙设置了一些军事防御设施，添置了战船，并培养了一支训练有素的部队，分驻在各海防要塞。朱纨首先令各寨澳清查、修复破损舰船。福建铜山等水寨原有舰船大部分已不存在，尚存的也不能出海。经过整顿之后，铜山水寨能出海的船有10只，玄钟澳5只，浯屿寨15只，南日山4只，小桯7只，烽火门13只，各寨在修的还有25只。其次，收买查禁的违式双桅大船，充作军舰。再次，朱纨在辖区内募乡兵，募民船，也从广东购买乌尾船等大船，以壮军威。
    （4）挟“便宜行事”之权，“重典施于治乱堪定”。朱纨认为：对“夷狄”，“不可以中国之治治之，入贡则怀之以恩，入寇则震之以威，谓之化外”(53)。朱纨严厉打击佛郎机、倭寇、中国海盗等海上势力，执法甚严，以剿灭斩杀为主，以安抚为辅，他主张：“重典施于治乱堪定，然后抚绥。”(54) 然而，重典必然滥杀，后来“擅杀”之罪成为导致朱纨受劾入狱的另一个重要原因。
    在整顿海防的基础上，朱纨展开大规模的军事行动，矛头直指双屿港，打击包括中国私商和葡萄牙人在内的“倭寇”，以恢复明王朝在东南海域的统治秩序。