2.双屿港的毁灭
    嘉靖二十六年（1547），朱纨派遣副使柯乔、都指挥黎秀等分驻漳、泉、福宁诸地，阻遏双屿港湾的私商船只。翌年初，又命柯乔从福建“选取福清惯战兵夫一千余名，船三十只”，“又行浙江温、处兵备副使曹汴选取松阳等县惯战乡兵一千兵”，俱委福建都司都指挥卢镗统领，约在浙江海门屯扎(55)。三月，卢镗督发福清兵船开洋，前往双屿贼巢，相机剿捕。四月，卢镗率明朝水师向双屿“开洋追剿”中，发现“大贼船一只”，遂派船追击。“追至九山大洋，与贼对敌”，“攻杀番贼落水不计数，斩首级二颗，生擒日本倭夷稽天、新四郎二名，贼犯林烂四等五十三名”(56)。史称“九山洋之战”。
    初战告捷之后，卢镗统各路兵直捣双屿，葡萄牙人和中日私商则坚壁不出。至嘉靖二十七年（1548）四月，“风雨昏黑，次日寅时，双屿贼船突驾出港”。明军一面占领双屿，一面分兵追击，据朱纨《甓余杂集》卷二《捷报擒斩元凶荡平巢穴以靖海道事》记载，“打破大贼船二只，沉水贼徒死者不计其数”，“生擒哈眉须国黑番一名，法里须；满咖喇国黑番一名，沙哩马喇；咖呋哩国极黑番一名，嘛哩丁牛；喇哒许六；贼封直库一名，陈四；千户一名，杨文辉；香公一名，李陆；押纲一名，苏鹏；贼伙四名，邵四一、周文老、张三、张满”。据郑若曾等人记，此役“俘斩溺死者数百人，贼酋许六、姚大总与大窝主顾良玉、祝良贵、刘奇十四等皆就擒。镗入港，毁贼所建天妃宫及营房、战舰，贼巢自此荡平”(57)。鉴于双屿是孤悬于大洋中的海岛，四面大洋，势甚孤危，难以立营戍守，而且明军主力“福兵俱不愿留”，于是朱纨下令以木石筑塞通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，从此葡萄牙人和中外私商惨淡经营多年的国际贸易大港遂成废墟。这就是闻名中外的“双屿之战”。
    葡人克路士的记载对双屿之战则一笔带过：“这些恶行（指葡萄牙人海盗行径）不断增加，受害者呼声强烈，不仅传到了省的大老爷，也传到了皇帝。他马上下旨福建准备一支大舰队，把海盗从沿海，特别从宁波沿海驱逐走。”(58) 但是平托却记：“他（指朱纨）立即派了一位如同我们中海军上将的海道，率领一支由三百艘中国大帆船及八十艘双桅帆船，六十万大军，在十七天内做好备战工作。一天清晨，这一舰队向葡萄牙人的村落发动了攻击……所有东西被付之一炬，夷为了平地。基督徒死亡达一万两千人，其中八百名葡萄牙人。这些人分别在三十五艘大船和四十二艘中国帆船上被活活烧死。据说，仅在白银、胡椒、檀香、荳蔻花、核桃及其他货物上就失了一百五十万金。”(59) 其实，平托并未经历双屿之战，他的游记中关于明军数量和死亡人数显系道听途说的耸人传闻。
    明军攻占双屿，葡萄牙人和中外私商失去巢穴，“余党遁往福建之浯屿”(60)。其实，逃往福建的葡萄牙人仅是其中一部分，大部分仍留滞浙江沿海，“分泊南麂、礁门、青山、下八诸岛”(61)，或出没福建北部海域，继续与明军周旋。朱纨指挥明军乘双屿战胜之威扫荡残敌，经过大小数十战，至嘉靖二十七年十二月，才将葡萄牙人和中私商海盗船赶出浙江海域。至此，正如朱纨《甓余杂集》卷四《五报海洋捷音事》所言：“台温海岛巢穴俱已荡平，凡可栖隐去处遍哨，无警收兵。”
    3.浯屿、走马溪之战
    双屿战后，浙江的葡萄牙人失去巢穴，“又因风暴不能返回满剌加，于是来到福建沿海，与当地的葡萄牙人和中外私商汇合，占据浯屿为新巢。明军在朱纨指挥下乘胜追击，于是中葡双方在福建沿海发生了一连串的冲突。
    浯屿，有新旧之别。新浯屿在厦门岛，旧浯屿，又称外浯屿，则在厦门岛南大海中，水道四通八达，为月港、同安之出海门户，形势最为要害。明初江夏侯周德兴在此置水寨戌兵防倭。据明人郑若曾《郑开阳杂著》卷一《福建兵防论》记载，大约在成化年间（1465－1487），浯屿水寨“迁入厦门地方，旧浯屿弃而不守，遂使番舶南来据为巢穴”。明人洪受《浯屿水寨移设料罗议》也说：“料罗、浯屿，均为贼之巢穴。”(62) 1546年，葡萄牙人罗浦·侯门（Lopo Homen）所绘制的古航海图，显示过去数年葡萄牙人在中国沿海的贸易据点，图中标示着“料罗，交易在此进行”(63)。每年三、四月东南风汛时，葡萄牙商船自海外趋闽，抛泊于旧浯屿，然后前往月港发货，或引诱“漳泉之贾人往贸易焉”(64)。双屿之战以后，浙江葡人大批转移到浯屿建立居留地，并建有港口和防御设施。“夷屿背倚东北，面向西南，北口用大木栅港，巨缆牵绊，南口乱礁戟列，止通西面一港”(65)。所以《筹海图编》卷四《福建事宜》记胡宗宪说：“外浯屿乃五澳地方，番人之巢窟。”关于浯屿葡人居留地之建立，平托是这么说：被驱逐出双屿后，“葡萄牙人欲重新在一个名叫漳州的港口建立一村落，做买卖。那个地方亦在中国，位于双屿下方一百里格处。当地的商人因为可以得到许多好处，他们用重金贿赂买通了当地官员，让他们对此采取默许的态度。在大约两年半的时间内，我们在此和当地人平安无事地做着买卖”。因浯屿被葡萄牙人据为巢穴，故又称为“夷屿”。
    嘉靖二十七年九月，朱纨催令福建备倭都指挥使卢镗率明军主力回师福建，“与柯乔合势”(66)。当时葡萄牙人仍占据“大担屿夷船（屿）二处”，朱纨亲到福建督战，准备对浯屿发起总攻。“但以海为家之徒众怒群猜，讹言日甚”，“比因沿海妄传军门已革，上下观望，倡为夷船志在贸易货物，因缺粮食遂欲行劫之说”，“卢镗惑于浮言，已回都司掌印”。福建地方的大多数官员也不赞成对葡萄牙人采取大规模军事行动，试图阻止中葡大战。一些士大夫劝朱纨“须为善后之计，不然复命之后，难免身后之罪。臣（朱纨）问其计，不过曰开市舶耳”(67)，即主张让葡人通商合法化来消弥紧张局势。朱纨承认：“忧在福建布按二司中合干该道与臣共忧者，惟巡视海道副使柯乔而已。其余因循成性，各分彼此，凡有施行，相率观望，至有见移文而聚讼者。”(68) 但是，即使是柯乔也以“夷船之攻其难有三”来规劝朱纨，可见朱纨在福建没有得到广泛的支持。但朱纨仍不为所动，力排众议，一意孤行，督令卢镗到漳州与柯乔会合，攻击浯屿。
    十月“二十六日，卢镗亲督兵船出洋，分布曾家湾、深澳等处”，断绝浯屿与外界联系，截击接济之船，并派兵船到浯屿外挑战，葡人坚壁不出。“十一月初七日夜，卢镗募兵砍去贼巢栅索，并获番旗一名，贼人知觉，几被追获。初八日早，兵船前向攻捕，夷船不动如故，适遇无风，顺潮退回。初九日早，大夹板船齐鸣锣鼓发喊，放大铳三十余个，中波鸟铳不计，又山觜上放大铳一个，石砲如碗。二十日夜，卢镗督李希贤等兵船驾入夷屿，前船举火，又因风息，夷哨各来截敌”，明军阵亡4人，负伤3人。明军的这几次进攻属于窥伺性质，但也证明浯屿地势险要，防守严密，正面攻击难以奏效，明军遂加强对浯屿的封锁，以困葡人。克路士也说：“第二年，即1549年，（明朝）舰队的军官更严密防守海岸，封锁了中国的港湾和通道，以致葡人既得不到货物又得不到粮食。但不管警戒防卫多严，因沿岸岛屿很多（它们成排沿中国伸延），舰队不可能严密把守到没有货物运送给葡人。”(69)