嘉靖二十八年（1549），恃险困守了3个月的葡萄牙人及其同伙不得不放弃浯屿，于正月“二十五等日分舟宗陆续开洋，兵船随踪跟随”。此时正是东北季风时节，葡人原可乘风汛之便返回满剌加，但其中一部分人却因商欠未得偿还，不愿离开闽海，“有夷王船并尖艚等船复回，投镇海鸿江澳湾泊，差人登岸，插挂纸帖，开称各货未完，不得开洋，如客商不来完帐，欲去浯屿，如催客帐完备，即开洋等语”。“所谓完帐者，即倭夷稽天哄骗赀本之说也。”(70)
    当葡萄牙人撤离浯屿之后，卢镗即亲往铜山（即东山）部署，柯乔也率部往诏安会捕，当不愿离去的葡萄牙人船驾至走马溪附近的灵宫澳下湾抛泊，却中了明军的埋伏。十月二十一日，双方发生战斗，葡人几乎全军覆没。曾参加此战的俞大猷回忆道：“往岁诏安走马溪夹板数只，同日而亡，猷所亲见。”(71) 这就是闻名中外的“走马溪之役”。关于走马溪战役，中葡双方均有记载，其中以朱纨给朝廷的奏报和克路士的报道最详，朱纨《甓余杂集》卷四《六报闽海捷音事》云：“本月二十日，兵船发走马溪，次日，贼夷各持鸟铳上山，被梅岭伏兵乱石打伤，跑走下船。卢镗亲自挝鼓督阵，将夷王船两只，哨船一只，叭喇唬船四只围住。贼夷对敌不过，除铳镖矢石落水及连船飘沉不计外，生擒佛郎机国王三名……共一十六名。黑番鬼……共四十六名。……李光头的名李贵……共一百二十名。番贼妇哈的哩等二十九口颗，斩获番贼首级三十三颗，通计擒斩二百三十九口颗……前项贼夷，去者远遁，而留者无遗，死者落水，而生者就缚，全闽海防，千里肃清。”此外，陈寿祺《重纂福建通志》卷二六七《明外记》曰：“（嘉靖）二十八年春三月，佛郎机犯诏安县，副使柯乔、都司卢镗率兵击之，获李光头等，余遁去。”注云：“乔、镗迎击佛郎机于走马溪，擒光头等九十六人，械送军门，都御史朱纨俱以便宜诛之。”瞿汝栻亦记：朱纨“复偕卢镗、柯乔出洋中，迹贼至诏安之灵官澳”，“擒夷王三人、贼首一百十二人，及黑白诸番鬼，凡五澳宿贼骁黠者并歼焉”(72)。
    克路士《十六世纪中国南部行纪》记载：葡萄牙人“把没有处理的货物留在两艘中国船上，这是中国人早从中国开出来的，在葡人庇护下作海外贸易。他们留下三十名葡人看守船只和货物，让他们保卫这两条船，并设法在中国某个港口售卖留下来交换中国货的商品，吩咐完毕他们就启航赴印度。中国舰队的官兵发现了仅留下的两艘船，别的都开走了，就向它们发起进攻。因为受到当地某些商人的唆使，他们向官兵透露了这两艘船上有大量的货物，而防守的葡人却很少。因此他们设下埋伏，在岸上布置一些中国人，携带武器好像要进袭船只跟葡人打仗（因为船靠近陆地），以激怒葡人，让他们出船交锋；这样两艘船就没有防卫，暴露给舰队，那舰队可就近攻击它们，藏在突人海中的一个岬石背后。留下来看守船只的人被惹怒，他们本应怀疑有埋伏，却没有留意，其中一些人冲出去跟岸上的中国人交战。舰队的士兵守在埋伏中，见对方中计，以迅雷不及掩耳之势直袭两艘船，杀了些在上面发现的葡人，杀伤另一些躲存的葡人，占领了这些船”。据说，明军指挥官卢镗向上报告被俘的葡人中有4名是马六甲王，并下令杀掉在那里被俘的所有中国人，共杀了90多名。
    曾亲历此战的平托亦有记述，其游记英译本说：我们在漳州进行旅行，“沿着整个海岸有大量军队在活动，原因是有许多抢劫者，抢劫是倭寇所为。因此在混乱中无法从事任何商业，因为商人不敢离开他家出海。由于上述的原因，我们被迫转往走马溪（Chabaquea）港。抛锚时我们发现那里有12只船，他们进攻我们，我们5只船中有3只被夺走，有400名基督徒被打死，其中82人是葡萄牙人。至于其他两只船，有1只是我所搭乘的，仿佛是由于奇迹而脱逃了”。但关于葡方的损失，中译本则有不同：“我们那十三艘泊在港内的大船竟被他们烧得一艘不剩，五百葡萄牙人只有三十人只身逃命。”(73)
    以上记载在具体细节上颇有出入，但对于战役的主要经过则大致吻合，可以互相印证，窥知战役之大略。关于葡方及与其联手的中国海盗的损失，朱纨言为239人，指的是被俘和被斩首的人数，其他溺水失踪者未计；平托则为400余人，可能包括了在战斗中溺死和失踪者。另据《弇州史料》载：朱纨“最后悉平佛郎机黑白番舶，虏其酋并余众四百余”(74)，与平托的记载相合。因此葡萄牙人与中国海盗的损失当以400多人较为可信，其中大约有30名葡萄牙人当了俘虏(75)。
    四、朱纨之死
    双屿、浯屿和走马溪之战后虽然给予葡萄牙人与中外私商以沉重打击，但也因此切断了闽浙势家大族的通番之利和以走海为生的沿海居民的生计，从而导致社会各阶层的不满，民怨沸腾，在闽浙社会上引起了极大的震荡。在浙江，据朱纨的报告：双屿之战后，“亦未闻浙中官兵肯赞一词，效寸忠，徒鼓浮言，造巧谤，恐吓当事之人”，还有“城中有力之家素得通番之利，一闻剿寇之捷，如失所恃，众口沸腾，危言相恐”，甚至有“定海把总指挥马奎倡言军人劳苦，欲罢双屿工役”。在福建，据卢镗、柯乔会呈：“本年二月二十一日以来，贼夷既擒，远近聚观者日不知几万人，又有不知名奸人假捏指挥等官、李希贤等连名，伪呈一纸，由漳浦县铺递送本道，扇动人心，沿海汹汹，各携族属沙中聚语，不知几千家。漳州府知府卢璧验出贼肘暗地解脱，夜坐公堂达旦不寐，职等严加防范，未敢懈弛。”(76) 据载：走马溪之战后，“漳人大恐，有尽室浮海者，日走往聚观诸俘，偶语藉藉，踰时乃定。捷闻，则与连者无所释憾，反疏言其擅杀作威”(77)。可见，朱纨虽然取得军事上的胜利，但并未解决问题，反而使得局势更加紧张，以致随时可能发生大规模骚乱。在此情形下，朱纨“随蒙军门差千户刘铉等赍令旗令牌前来，案仰会同守巡各官，将见获贼首李光头等并有交通内应贼犯督率卫府等官审认明白，遵照军令，即于军前斩首”，“其夷王以下既称仪容俊伟，果非凡类，未审朝廷作何处置，连亲属安置别室，优其食用，慰其忧疑，候旨施行”(78)。
    然而，朱纨的斩杀俘虏、草菅人命的行为引起朝野舆论的一片哗然，“百姓们都谴责他们滥杀和酷刑，因为在中国如无皇帝批准而杀人，是一件不寻常的事”(79)。朝中众多官僚，尤其是闽浙籍官员也极为不满。早在双屿之战结束后的嘉靖二十七年六月，巡按御史，闽人周亮与给事中叶镗，两人借口朱纨系浙江巡抚，兼辖福建海防，“每事遥制诸司，往来奔命，大为民扰”，奏改巡抚为巡视，以杀其权(80)，使之“凡军马钱粮、刑名贤否”，“皆不得与闻”(81)。走马溪战后，他们更纷纷上奏章对朱纨不分青红皂白滥杀俘虏进行谴责。
    据《甓余杂集》卷六《兵部一本为六报闽海捷音事》记载，兵部侍郎詹荣等在奏本中责问道：“夷船初在旧浯屿地方，及逐出复回灵宫澳下湾，曾否登岸及在海打劫杀人？所开纸帖、货帐是否居民勾引接买启衅？该地方官员曾否为其追理？及查往年夷船突至沿海劫掠，及止作买卖未曾劫掠者，各应得何罪？该省相沿旧规作何处分，应否即行擒杀？再照前项夷贼虽称敌获，被伤兵夫，有无隐匿失事重情？斩获贼犯首级是否真正？生擒夷王党类作何审处？交通内应贼犯是否情真，有无枉误？”巡按福建御史陈九德上奏说：被杀“九十六人者未必尽皆夷寇也，同中国姓名者，非沿海居民乎？又恐未必尽皆谋叛者也。如有通番等项，岂无应分首从者乎？……百十人犯一时刈如草菅，既经题题请而不行少候，是曰擅杀；既干人众而不行复审，是曰滥杀”，要求朝廷“速行查勘明实，具奏施行”。兵部等衙门尚书翁万建等奉旨“兵部会同三法司看议”后，对朱纨所杀之人提出质疑：“所斩贼首李光头等并交通内应贼犯九十六名是否俱在夷船拒敌？曾否驾使双桅大船流劫边海，勾引外夷等项，应否斩首示众？处斩之时果否在于军前？如已擒获日久，因何不行奏请。”对于众人的指责，朱纨上章辩解：“臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔。漳州反狱入海，宁波教夷作乱，俱有明鉴。兵机所系，间不容发，先人夺人，事当早计，一面差官赍捧钦给旗牌驰赴军前行事，一面具本于本年三月十八日题请。”(82) 朱纨的辩解显系强词夺理，不得要领。朝廷面对众多官员的参劾，下旨差兵科给事中杜汝桢与会同巡按御史陈宗夔从实查勘具奏，而“朱纨不待奏请，辄便行杀，革了职听勘；卢镗、柯乔等差去官提了宪问”(83)。