对于进化的事实，章太炎没有简单否定(《俱分进化论》中说：“进化之实不可非”(18))，这里反对的，是立“进化”为教，用这种强制性的规定作为社会行为规范和价值标准，“奉空洞抽象之名……而将一己的武断意志强加于千万人类”(这里的“空洞抽象之名”显然可用公理、进化、惟物、自然等任意填充)。这是社会专制的认识论起源。借用以赛亚·伯林讨论赫尔岑时的措辞，“太多人渴求文字魔力”(即“符咒”)与“将人类牺牲于文字”正是现代名教生发、作用的一体两面，于是，“社会真实单元所在的个人经常被作为牺牲而献祭于某个概括观念、某个集合名词、某块旗帜”。(19)此处“献祭”，正可指向“殉名”、为名教所吞噬。
    庄周所谓“齐物者，非有正处、正味、正色之定程，而使万物各从所好”。其度越公理之说，诚非巧历所能计矣。若夫庄生之言曰：“无物不然，无物不可。”与海格尔所谓“事事皆合理，物物皆善关”者，词义相同。然一以为人心不同，难为齐概；而一以为终局目的，借此为经历之途。则根柢又绝远矣。
    黑格尔哲学体系中对立面相反相成的矛盾论，在太炎看来与“齐物”之说极为接近。从逻辑而言，万物唯识的齐物观与黑格尔现实是理念的外化的说法没有本质不同。但是，黑格尔是将绝对真理的实现作为整个历史运动的最终目的，宇宙万物的演变，都只是绝对真理在实现自身过程中的一个尚存缺陷、有待克服的阶段。章太炎则明确指出，这种历史目的论是不可靠的，终极目标也并不存在，事物都有自身存在的自然之理，而不是过渡阶段。其次，在有自己特殊理解与发挥、未必完全符合唯识论原义的齐物论，与始终立足于逻各斯同一性的黑格尔之间，章太炎选择前者放弃了后者，而这一裂隙中的择取，恰见出太炎思想中耐人寻味的一面，“与其说章氏看重的是与黑格尔逻各斯同一性逻辑同构的唯识论式的视千差万别的万物存在在本体阿赖耶识意义上的同一、‘齐’，毋宁说他看重的是万物差异性存在的本身的意义。章氏实际更偏倾于事物的差异一面，即庄子所说的‘吹万不同’的天籁境界”(20)。万物的差异性存在本就是其自然而然的状态，而自由与平等，即是对这一差异性存在的正视、平视，将这一差异有意编排为有等级性的秩序排列，或将单一的规范与尺度，即所谓“定程”，来强加给差异性的世界，这就是为“名相”所蔽。其实，所谓的“公理”、“进化”、“惟物”、“自然”，都是以黑格尔为代表的“唯理论师”们编派给事物的种种“定程”，当它们被立“名”为教(比如上文提及的“进化教”)、产生“神圣不可干”的权威后，必然凿伤世界本有的性质。所以章太炎终究要与黑格尔分道扬镳，声明“根柢又绝远矣”。
    完成了对“公理”的解构，接下来对其余三者的批判就水到渠成。首先，正如上面提到的，黑格尔的历史目的论为人类社会规定了一个明确的发展程序，这是一个一元的、绝对的思想体系，章太炎对这一单线直进的“进化论”持否定态度，“一切物质，本自不增不减，有进于此，亦必有退于彼，何进化之足言”，这就是“俱分进化”，对于将人类社会历史界定为按照某种规则演化的做法，太炎谥之为“成型”，其起点正是“以无体之名为实”。其次，“惟物者，自物而外，不得有他。应用科学者，非即科学自体；而科学之研究物质者，亦非真惟物论”，在章太炎看来，科学“妄托其名于惟物”，为什么呢？“言科学者，不能舍因果律。因果非物，乃原型观念之一端。”也就是说，科学是以因果律来观照事物的，而包括因果律在内的自然规律其实是人对自然现象作出的归纳，这种归纳不可避免会带有主观局限，因此，“亦非真惟物论”，不能以“科学”的名义对自然界进行凝固化、绝对化的概括。最后，自然规则同然，“所谓自然规则者，非彼自然，由五识感触而觉其然，由意识取像而命为然。是始终不离知识，即不得言本在物中也”。自然规则，归根结底离不开人的知识，它不是客观事物所固有的，只存在于人的主观意识中，“不得言本在物中”。
    章太炎解构的“四惑”，实际上互相关联、彼此支持。再以“进化”为例：“今夫进化者，亦自然规则也”，而自然规则决非“本在物中”，而由“五识感触而觉其然”，所以“主持进化者”不能以此为“公理”，“责人以不求进化”。否则，落后国家不但要败于强权的武力下，更要败于“不服从自然规则”的“公理”下，此亦正是现代名教“以理杀人”的显现。“四惑”是现代中国人思想世界中四个被抹煞了编派的痕迹而以为是不言而喻的成见、预设。所以，章太炎对此四者的批驳，几乎都针锋相对围绕着一个共同的基点展开：揭示其主观建构的性质与过程(即将立“名”为教其中“立”的具体过程揭示出来)，“非有自性，非宇宙间独存之物，待人之原型观念应于事物而成”，这是观念对于事物的一种规划甚至取代。由此我们逼近了《四惑论》批判的核心--“以论理代实在”：
    如布鲁东氏之说，则曰：“天下一事一物之微，皆将有而非现有，转变化成，体无固定。而百昌之在恒沙世界，节族自然，盘旋起舞，合于度曲，实最上极致之力使然。有此极致，故百昌皆乡此极致，进步无已，是虽必然，而亦自由。是故一切强权，无不合理。凡所以调和竞争者，实惟强权之力。”此以互相牵掣为自由，其说已暗昧难知矣。原其立论，实本于海格尔氏，以力代神，以论理代实在，采色有殊，而质地无改。既使万物皆归于力，故持论至极，必将尊奖强权。名为使人自由，其实一切不得自由。后此变其说者，不欲尊奖强权矣。然不以强者抑制弱者，而张大社会以抑制个人，仍使百姓千名，互相牵掣，亦由海格尔氏之学说使然。名为使人自由，其实亦一切不得自由也。
    章太炎的责难，首先在于它将世界的本源归结为“论理”。当“论理”侵吞了“实在”，名教往往就相应而至。太炎所谓的“真如”，只表示客观、永恒的实在，而黑格尔的“绝对精神”则是完全脱离客观物质的精神实体，它是整个世界的立法者与创造者。而且，章太炎并不承认宇宙万物的运动服从某种固定的法则，而黑格尔的“绝对精神”的运动则丝毫不会偏离他所勾画的运动的辩证法。