贸易口岸地位的另一佐证是码头市镇建设，以及政府贸易管理机构等等的设立。元明时代刘家港的码头分布于刘河两岸，尤以北岸为著，所谓“屯兵、海运、聚市，俱盛于刘河之北岸”。以天妃宫为中心，沿河岸延伸，自娄江人海口一直延伸到太仓城郊的南码头。据明张采编纂《太仓州志》及陈伸著《太仓事迹》称，刘家港“番商贾客云集，粮艘商舶，高墙大桅，集如林木；琳宫梵宇，朱门大宅，不可胜计、四方谓之第一码头”。明人张寅所编嘉靖《太仓新志》说“凡海船之市贸往来者必经刘家河……过昆山，抵郡城（苏州）之娄门”。政府机构之设置，元代时刘河镇设有分管漕运、贸易的行泉府司及四所万户府，还设有市舶提举司，专管海船征榷贸易之事。明代时，洪武七年设置有刘家港巡检司，并在港口附近建有烽堠六座。正统年间。又在刘河设有军寨，分苏州卫一员领官兵五百余名镇守于此。此后，嘉靖二十二年（1543）明政府再设百户一人。领官兵一百名驻扎于此。嘉靖、万历年间，明政府还先后改设参将、游击驻扎，所领水陆官兵一千余人。由此亦可见其地位之重要。
    三是刘家港的口岸地位在清前期尚有重新繁盛。从现存资料看，刘家港元代处于全盛时期，明代时随明初海运之沉寂而少有建树。但在清前期康熙乾隆年间，其作为江南口岸的地位一度重新繁盛。康熙二十四年清政府设立江南海关，大关设于上海县城大东门外，刘家港虽已现淤浅之势，但仍为江南海关二十四分口之一。是时，江苏巡抚亲履海口，明文规定“通商行使闽省商船，名曰鸟船，熟于浙台洋面，不入北洋，来江俱收上海口子；江省商船名曰沙船，熟于奉东汗面，不入南洋，来江俱收刘河口子。各设榷关收税，守门员弁，易于稽查，永为定例”【22】。此后，刘河镇专收来往北洋沙船的口岸地位，大致保持了近一个世纪之久。其原因在于“鸟船其船尖底。黄浦深港可泊”，“沙船其底平稍浅……其所载皆东省贵重之物”【23】，尚可停泊刘家港。由此亦可见清政府对刘河镇地位的旨定及支持。在当时的贸易海船：贸易商号以及贸易商品中，尤以豆船、豆号商人以及豆麦杂粮居多。据范金民的考察，乾隆七年，在《太仓州取缔海埠以安海商碑》中具名的豆船字号有90家之多，其中山东省字号31家，江南省字号59家【24】。由此，清前期的刘河镇也聚集起以江苏、徽州、山东商人为主体的各式商人和商业行号。“登帮则永兴、合兴，胶帮则吉顺、正义、义成，徽帮则德盛、诚和，海宁则有金长和，关东叶隆昌、黄颐庆，上海则唐永裕、赵泰源”等共数十家【25】。此外还有以本地商人为主体的豆行、饼行、花行、竹行、棕麻行、保税行等各类需领帖开张的牙行【26】。刘河镇的规模也在刘河南北两岸有所扩大。“海关税署南岸设立内外哨船，河置木栅，贯以大棕绳，用铁链联锁使南北相连。关分内外，每潮水平时，放炮开关，放船出入。”【27】海关内河北岸为“南货船码头，凡苏郡运来货物于此上岸”。豆行、花行、饼行等招接内商的牙行亦集于此。而“自海关至外口十有余里，商船相接，有四缆停泊者，直至门外四五里”【28】。天妃宫及海关的东北之十字街为镇之中市，绸缎布号、当铺钱庄，一切卖买悉备；西街则集饼豆、油盐、花米，“为乡人之聚处”。天妃宫及海关南岸为登胶两帮商人运银于苏州的标船码头，建造航海船只和用具的船厂、绳索厂以及为其供应原料的竹木行、棕麻行等等，与刘河南岸新镇相接【29】。
    最后，刘家港的口岸地位变迁同样与长江口以及刘河的水文地理变化有着密切的关联。元代刘家港之兴起，一个基本的原因就是南宋后期起，刘河作为太湖主要出水河道，来水量大增。明归有光《三吴水利录·水利论后》称，元初娄江“不浚自深，潮汐两汛，可容万斛之舟”。元至元年间，朱清、张暄等又奉命疏导娄江。是时娄江近长江之处河宽约二里许，水深五六米。既是太湖最宅要泄水道，又是沟通太湖、长江和东海的主要通道，河深江阔，可避风浪。刘家港在江流、潮汐和风浪的冲刷下，渐成江南地区河阔港深之重要口岸。明初治理太湖水系，户部尚书夏元吉导吴淞江水入刘河，明代江南治水亦多行“掣淞入刘”之策，刘家港仍能保持江南良港之地位。清前期，长江口拦门沙日涌，刘河亦日显淤塞之势，但在持续的疏浚下，乾隆中叶前刘家港尚能维持江南口岸之一的地位【30】。乾隆末、嘉庆初，刘河淤塞以及刘河口拦门沙隆起更为严重【31】。乾隆末年，刘河镇每年收泊的沙船已“仅存青口对渡船仍收刘口”，其余上千号往来于奉、东洋面的沙船几乎全部越口收泊上海。而到嘉庆初，青口豆船“见各省货船越收上海，亦思改辙”，以至嘉庆五年十月至十二月，由赣榆县青口出发，原应“运往刘河发卖”的275艘青口豆船，仅有陆恒发等5艘船“遵例收进对渡刘河口发卖”，其余270艘“均各另收（上海）大关”【32】。嘉庆后期，面对青口豆船和豆商的强烈要求，苏淞太兵备道不得不公开晓谕，来往商船“或收刘河，或收上海，均听商民自便”【33】。再加上嘉庆十八年（1813），地方上居然将刘河人海口闸门“关闭封锁，不许船只（随意）进出”，同时在闸口设立“过偁牙行”，以抽取牙税【34】。至此，“南北商人皆席卷而去……刘河之所有者惟一天明月，两岸苇风，萧瑟之韵与蹄饥号寒之声如相赠答”【35】，俨然一幅中落而至的凄凉画卷。与此同时，在清初尚与刘家港平分秋色的上海，此时终于取得江南地区一枝独秀的口岸地位。