把教学和科研结合起来，使之相互推进，并不困难。彭明教授指出：自己所写论著的题目，大多是从教学实践中来的。比如说，研究五四运动史，既是出于认识到这一时期在中国历史进程中的重要性：它是中国近代史上的一个大转变时期，是中国由旧民主主义革命走向新民主主义革命的转折点，不把这一时期的政治、经济、文化思想各方面的情况研究透彻，以后新民主主义革命过程中的许多问题便说不清楚；也是因为过去教学工作中的空白：中国近代史课程讲完辛亥革命就不讲了，中国革命史课程又主要讲中国共产党建立以后的历史，五四运动作为背景三言两语便交代过去，而这一段历史在历次教学中又往往是学生提问题较多的一段。因此，抓住这一空白点进行的研究，不仅充实、更新了教学内容，也弥补了过去的许多研究空白，解答了许多疑难问题，同时还对开设一些新课如中国近现代政治思想史以及指导研究生等也起了很好的作用。出于相类的原因，先生通过研究发现，中国也有一个空想社会主义流行和破产的过程。他把这一研究心得应用于讲述五四时期马克思主义在中国的传播，收到了很好的教学效果。1988年他主持的国家教委博士点基金项目《从空想到科学——中国社会主义思想发展的历史考察》，便是在这一研究的基础上形成的。他在教学过程中编写的《中国新民主主义革命时期通史》、《中华民国史》，则有利于加深人们对中国近现代社会政治、经济、文化思想的正反两方面状况的了解，某种程度上弥补了这方面的空白。在校内外讲授中国现代政治思想史的时候，先生也是边教边学，边讲边研究。每讲一遍，都有一些新的内容。这门课程的讲义，也因此数易其稿。与此同时，从《中国现代政治思想史十讲》（河南人民出版社，1986）到《近代中国的思想历程（1840—1949）》（与程歗主编，中国人民大学出版社，1999），也反映了这一研究领域的最新进展与成果。
    正是在坐“冷板凳”的过程中，彭明教授总结出这样一条规律：教学推动研究，研究充实教学，两者互相影响，互相促进，如此循环往复，教学内容不断更新，研究水平也不断提高。把二者割裂开来的观点，是片面的。（《科学研究是知识更新的重要途径》，《学者谈艺录》，中国人民大学出版社，1992）
    探索是科学研究的重要内容先生既强调科学研究的主动性和自觉性，也非常重视科研的探索性。在接受《长江日报》记者采访时，先生明确指出：探讨的是“已知”的问题，还是“未知”的问题，是一个判别理论研究价值的重要标准与分界线。科学研究的理论成果，揭示的应该是人类认识中的那些“未知项”。但这条界线往往容易被人忽视或混淆。有些科学理论工作者，自己对某些理论还没有搞清楚，就匆忙地写东西、作结论，认为只要能在报纸、杂志上发文章，就是理论成果，这不是做学问的态度。诚然，我们职称评定标准的不科学之处助长了这种风气的蔓延，但理论研究者的根本任务乃在于探索，如果一个科学理论工作者不具备探索所需要的勇气和献身精神，那他就丧失了基本的职责。
    由此涉及如何看待学术、理论研究中的“热门”、“显学”问题。先生认为，当一门学科处于“冷门”、“险学”时，献身此门学科的人是需要勇气的。为了使这门学科能够站稳脚，他就要进行扎扎实实的研究，功夫就要下得深，探索精神亦需很强；而大家一拥而上去搞一门“热”学科，容易“滥”，其探索性也会减弱，也容易使该门学科失去生命力。这在我们科学理论研究中是需要加以克服的。（张振华：《探索：理论研究的重要职能——人大教授彭明先生一席谈》，《板凳集》）这些言论，在今天看来尤其具有积极意义。
    进行科学研究工作的原则与方法中国史学历来提倡“信史”，讲究写实；秉笔直书是中国史家的优良传统。彭明教授坚持历史研究必须是史实和史论的统一，必须先求“实”，后求“是”；即必须掌握大量的史料，弄清史实，然后才能寻出规律和真理来。他认为，从史料和观点统一的角度去进行历史研究工作，这与马克思主义实事求是、理论与实际相结合原则是一致的，我们不应当把史料和观点割裂开来。就研究的过程看，分析研究材料从而形成了观点；就研究的成果看，观点统帅着材料。在由材料到观点的过程中，马克思主义的一般原理起着指导作用。针对近年来一些同志所提出的“以论带史”的观点，先生指出，“以论带史”可以有两种理解和做法。那种认为无须对历史材料进行艰苦的甄别、选择，只依靠若干现成的概念和结论，“带”上几条合乎口径的史料，就可以进行科学研究、即算完成了科学任务的观点，是完全错误的，它必将把“以论带史”变成为“以论代史”，导致历史科学的衰亡。由此，先生进一步指出，史学研究总是要先接触到大量的史料、事实，然后才能引出结论来，其他部门的科学研究同样如此：从事物的实际情况，总结出科学的观点，这种科学的观点，反过来又指导着对新事物的探索；而对新事物研究的结论，又不断地丰富和发展着原来的观点。如此一步一步，逐渐接近真理。当然，我们认识、研究、评价历史事件与历史人物等，还不能够做到完全符合历史实际。对此，先生始终强调科学理论研究必须有绝对尊重客观事实的态度，并自始至终遵从这样的史学研究规则：论从史出、寓论于史。（《谈观点和史料的统一——实事求是和史学研究》，载《党政干部学刊》2000年第5期）
    作为一门科学，历史研究需要不断的探索和开拓创新。先生明确指出，在进行探索、开拓创新的过程中，必然会引起学术上新、旧观点的撞击。解决撞击的方法，只有百家争鸣一途。他引用毛泽东“笔墨官司，有比无好”（《毛泽东书信选集》604页，人民出版社，1983）来说明解决学术问题的行之有效的办法：还引用毛泽东关于“百家争鸣”的一封信（同上书，510页）来说明毛泽东是如何将学术问题与政治问题分开、主张学术思想可以自由谈论的。在此基础上提出我们在一些国际国内学术活动中应坚持“百花齐放，百家争鸣”，正确对待持不同观点的学者。（《实事求是，开拓创新》，载《史学月刊》2001年第1期；《我和〈历史研究〉》，《板凳集》）
    开展科学研究，还有一个具体方法的问题。彭明教授认为，第一步是选题，这是开展科学研究的中心环节。选题时必须考虑两个方面，即其必要性与可能性。定题之前，必须先进行一些调查研究工作，看前人在这个问题上已经研究到了什么程度，还有哪些地方需要继续研究；同时还要考虑到现有材料与理论的准备情况。选定题目之后，就要开始第二步工作——大力收集资料。“巧妇难为无米之炊”，没有资料就谈不上研究。先生指出，从我们现有的资料源来看，报刊、档案、文献资料是比较容易得到的，口述资料即当事人的一些回忆，也就是活资料，是比较难得的。由于许多历史的见证者或已作古，或者臻至高龄，抢救活资料的工作是很紧迫的。另外，先生强调搜集资料时还要重视实地考察，进行实地考察得来的资料较之文字记载更有说服力。他再三嘱咐，收集来的资料一定要积累起来。在收集资料的过程中要勤于做笔记，且养成习惯，还要有科学的方法，譬如卡片积累方法。随着近年来科学技术的飞速发展，尤其是电脑的普及和互联网的推广应用，先生开始重视运用新技术为科研工作带来便捷与高效，同时反复强调：该做的工作还是要做，不能借用新技术而偷懒。
    如何把收集到的资料从感性认识上升到理性认识？先生借用毛泽东同志的话来概括，即去粗存精、去伪存真、由此及彼、由表及里。他指出，去粗存精，就是说选用材料要有取舍，不可能也没有必要把全部素材都堆积到一本书中去；去伪存真，是要求重视史实的核对工作，对说明问题的史料要辨别真伪，这一关绝不可少；由此及彼，是针对材料之间的联系进行具体分析，通过比较研究来判断事实的真相；由表及里，是从纷繁复杂的历史现象中抓住最本质的东西，这样才能做到正确分析其特点、阐明其规律，得出历史经验和教训。而在整个研究过程中，马克思主义的一般原理起着原则上的指导作用。