为什么台湾不实行与内地其他省份相同的省政府制而实行与日据时期总督制相类似的行政长官公署制？主要是陈仪及“台湾调查委员会”认为，当时大陆各省实行的行政体制弊病甚多，而日据时期的台湾总督府行政效率颇高，据此，“经详细研究，才向中央建议了现在的办法，使之新旧衔接、互相配合，依次接收各项原有机构，以减少阻碍和困难。”（注：陈鸣钟、陈兴唐主编：《台湾光复和光复后五年省情》（上），南京出版社，1989年12月第1版。第225页。）客观地讲，台湾若立即实行与内地一样的行省制度，接收过程中，势必会引起一些混乱，而行政长官公署制则较好地避免了这一点。但问题在于，行政长官公署制的实行，严重地刺激了台湾民众的心理。他们普遍认为并迫切要求，复归祖国则标志着殖民地生活结束，政府应当将日帝在台湾的残余影响尽快扫除肃清。但是行政长官公署制是日据时期总督制的翻版，广大台胞在感情上极难接受，并对此有过几次强烈的反对。国民政府监察院闽台区监察使杨亮功和监察委员何汉文，在“关于台湾‘二·二八’事件调查报告及善后办法建议案”中坦言：“台人对长官公署呼之为新总督府。与国内各省不同，此形式上使台胞不愉快者也。按其实际，长官公署之权力、法令亦几百日人之台湾总督府相若，此又事实上使台人不愉快者也。”（注：中国第二历史档案馆编：《台湾“二·二八”事件档案史料》（上），档案出版社，1991年12月第1版。第277页。）光复初期台湾著名记者唐贤龙，在论及台胞反感行政长官公署制时说：“自公布台湾省行政长官公署这种特殊的制度以后，很多敏感的台湾同胞，都认为这是一种变相的台湾总督制……是一种与其他各省同胞有殊的不平等的待遇。 ”（注：邓孔昭编：《“二·二八”事件资料集》， 稻乡出版社，1991年2月第1版，第18页。）
    关于用人政策。据统计，光复初期，台湾民众受教育程度高于内地。600万台胞中，受过小学教育的有300万人，中等教育的有30万人，大学及专门教育的有5万人，“不能说无人才可用”。 （注：中国第二历史档案馆编：《台湾“二·二八”事件档案史料》（上），档案出版社，1991年12月第1版。第12页。）在“台湾省调查委员会”时期， 即有人提出台湾不合理不公平的人事制度即台人与日人不平等，不能各尽其才的缺点，应该纠正。但是光复之后在实际操作过程中，行政长官公署不但将许多受过良好教育有工作能力的台湾人排斥于中高级职务之外，而且在同样职务中又实行同工不同酬的不平等待遇。这一点引起台湾民众反感，他们大有受歧视之感。查国民党政府监察院“台湾省现任公务人员籍贯与官职比较”。
    不难发现，在特任及特任待遇级官员中，台籍人士没有染指机会；在简任及简任待遇级官员中，台籍人士所占极少；即便是荐任及荐任待遇级官员中，台籍人士也只占很小比例。台籍公职人员的绝大部分都是一些委任和雇用级的低级职员。《台湾真相》云：“在各机关中，不独首长皆为国内同胞（绝少机关是台湾人），且秘书科长股长一律皆为国内同胞。台湾人民自然不免有嫉妒的心理（或许台湾人民不肯承认，但这是事实）”。（注：中国第二历史档案馆编：《台湾“二·二八”事件档案史料》（上），档案出版社，1991年12月第1版。第139页。）
    不但如此，“最为台湾同胞所憎恨的是在同一机关中担任同级工作，待遇相差过巨。例如邮电局国内同胞在原薪外每月有六千元台币的津贴，台湾同胞则一文津贴没有。一面花天酒地，一面衣食不济，因而台湾同胞极仇视这些国内同胞”。（注：中国第二历史档案馆编：《台湾“二·二八”事件档案史料》（上），档案出版社，1991年12月第1版。 第139-140页。）光复初期曾在台湾铁路局任职的台籍人士简文发先生曾回忆：“光复时，铁路局员工中外省人和本省人的待遇是不一样的，当时我是侯硐站站长，我的月薪是450元，外省人是650元，这有谁会服气？”（注：台北《口述史学》，1993年第4期，第44页。）