崇祯初年，颜俊彦以广州府推官代摄香山县事，实际等于开厅于香山县。根据他的记载，有关澳门的管理，设有抽盘科，置有参府及市舶官（注：颜俊彦：《盟水斋存牍》（一刻），《公移》，卷1， 《澳夷接济议》。）。
    4.居澳葡萄牙人的社区自治机构议事会
    葡萄牙人入居澳门之初，在澳门进行贸易的最富有的葡萄牙商人们自发组织管理内部事务（注：吉列-努涅斯：《澳门》（CesarGuillen-Nunez,Macau），页9。）。佩雷拉（Diogo Pereira ）是协商推举出的第一任地方长官（Capitao de Terra）。这招致了葡萄牙宫廷不满，1563年葡萄牙印度总督废止了地方长官一职位（注：梅斯基特拉：《澳门史》（Goncalo Mesquitela,Historia Macau），卷1，册2， 页52。）。因此无论中国明朝还是葡萄牙宫廷，都没有承认澳门葡人入居初期管理内部事务的自发组织。 葡萄牙学者叶士朋（AntonioManuel Hespanha）认为，在葡萄牙海外扩张时期， 海上帝国的统治方式有7种， 其中的“商站”是葡萄牙到澳门的最初阶段采用的管理模式（注：叶士朋：《澳门法制史概论》（Antonio Manuel Hespanha）， 页15。）。也就是说，由葡萄牙王室派出的日本航线船队长官在停留期间负责管辖澳门葡萄牙人事务。
    两广总督陈瑞准许葡萄牙人居留中国领土的先决条件是葡萄牙人必须服从中国官府的管辖。当时，作为居澳葡人代表的检查官佩乃拉与意大利籍耶稣会士罗明坚，表示了完全服从、恭顺的态度。在两广总督陈瑞的召见以后，居澳葡人得到了中国广东地方政府最高官员的居留许可，于是加紧筹备建立自治组织。他们急于建立自治组织的另一原因是，正在这一年，西班牙合并葡萄牙，澳门葡萄牙人不得不效忠于西班牙国王，又唯恐西班牙国王过多干涉澳门这一居留地，就建立自治组织，管理居留地的内部事务。
    1582年5月31日， 佩乃拉和罗明坚回到澳门（注：科林：《菲律宾群岛耶稣会的传教业绩》（F. Colin, LaborEvangelica de losObreros de la Compania de Jesus en las lslas Filipinas）， 卷1，页291。），6月，居澳葡人便召集秘密会议，决定建立当地自治管理机构（注：博克塞：《热带地区的葡萄牙社会：果阿、澳门、巴伊亚和卢旺达的市议会1500-1800》（C,R.Boxer, PortugueseSocietyinthe Tropics:the Municipal CouncilsofGoa, Macao, Bahia, andLuanda 1500-1800），页44。）。万历十一年（1583年）， 在澳门主教卡内罗（Melchior Carneiro）的主持下， 选举产生的澳门议事会（Senado da Camara）正式成立。
    议事会是澳门葡萄牙人侨民社区自治的最高权力机构，负责管理澳门葡萄牙人内部事务。如遇特殊重大事件，则召集市民大会解决。所有居住在澳门的葡萄牙人都有选举权。经选举产生的议事会包括3 名市议员（Vereador），2 名预审法官（JuizOrdinario ）和1 名理事官（Procurador）。凡重大事务，由主教、地方长官和王室大法官出席并主持议事会会议（ 注： 伦斯泰德： 《葡萄牙在华居留地历史概述》 （Anders Ljungstedt, AnHistoricalSketchofthePortugueseSettlements in China），页38。）。议事会每3年举行1次选举，在议事会选举时，由理事选择出6名得票最多的人，让他们依法宣誓后， 分为3组，每组2名。每组将各自提出的未来3 年的议事会人选名单交给王室大法官，由王室大法官从中选择，组成未来3年的候选人名单，抄出3份，由印度总督确认（注：《澳门档案》（Arquivos de Macau），卷1，页15～18，转引自博克塞《热带地区的葡萄牙社会》，页44。）。议员必须年满40岁才能担任，并轮流担任主席，处理日常事务；预审法官必须年满30岁才能担任，负有监察议员、审理一般案件之责；理事官具体执行议事会的决定，掌管市政，兼任司库，更为重要的是，他要直接向中国官府负责。西方学者记载，于议事会成立次年（1584年），明朝承认负责与中方打交道的居澳葡人头目（procurador）为中国第二级官员，称作“夷目”（注：马里亚诺：《中国理事官1583-1894年》 （ Jose Gabriel Mariano,A Procurador do Negocios Sinicos,1583-1894），载《法学》，1991年，页18～22。）。因此，明清官府所指“夷目”，后通称为“唩嚟哆”，全称“督理濠镜澳事务西洋理事官”，即指此官（注：理事官，葡文名Procurador，从其职责范围可以得知，即是通称的“夷目”，也即明清档案中多有所见的“唩嚟哆”。以往大多学者将“ Ouvidor”或“Vereador”认为是“唩嚟哆”，如费成康：《澳门四百年》，页38，黄启臣：《澳门历史》，页207， 均误。）。
    1586年4月10日，葡萄牙印度总督根据菲力浦二世的命令， 正式确认澳门为“中国圣名之城”（Cidade do Nome de Deus na China）， 赋予了澳门与葡萄牙埃武拉（Evora）、印度科钦（Cochin ）同等的权力和荣誉。此后，澳门要求国王赋予与葡萄牙波尔图（porto ）同样的特权。但在1595年3月3日和1596年4月18日以及1709年的敕令中， 国王仍只承认澳门具有与埃武拉市同等的自由、荣誉和显赫地位（注：施白蒂著、小雨译：《澳门编年史》，页23。）。
    在葡萄牙人社区， 除议事会以外， 推举产生的地方长官（葡名Capitao da Terra，实际主要掌管治安，故中国人习惯称之为兵头）、澳门教区主教和王室大法官，是澳门掌管行政、宗教、司法的重要官员，而里斯本派出的日本航线船队长官，原在停留澳门期间负有管理防务之责，在议事会成立后，仍为澳门的首脑。为了摆脱日本航线船队长官的管辖，澳门议事会进行了不懈的努力。直至1623年葡印总督以国王的名义，派出澳门的第一任总督到任（注：施白蒂《澳门编年史》记载，在1622年7月30日，葡印总督已下令组成执政委员会， 澳门不再受日本航线船队长管辖。1623年5月6日任命王室贵族唐·马士加路也为澳门第一任总督，他于7月17日到任，见页35～36。）。
    1616年（万历四十四年）8月31日， 西班牙国王任命的澳门总督卡拉斯古（Francisco Lopes Carrasco）就职（注：弗兰萨：《澳门及其居民》（Bento da Franca,Macau e os seus Habitantas），页21。）。但日本航线船队长官不承认他，而且澳门葡人也不愿听他指挥，形同虚命。1621年起，澳门议事会与买了中日贸易特权的日本航线船队长官卡瓦略（Lopo Sarmento de Carvalho）的矛盾激化， 强烈要求撤消日本航线船队长官对澳门的管辖。于是，天启三年（1623年），果阿的葡印总督任命马士加路也（Dom Francisco Mascaranhas）为澳门总督， 这使澳门议事会大失所望。虽然当时马士加路也名义上是总督，但实际上只掌管军事防务。马士加路也于6月17日到任，从此开始， 议事会与总督进行了不断地斗争。
    有西方学者言：“澳门最初是由一个主要是商人组成的委员会管理，当果阿派遣的官员到来时，这个称为议事会的组织已经建立，澳门市民无意让步，他们想方设法保护其独立，而此后的几个世纪，城市长老与果阿派驻负责管理的官员之间的冲突经常不断”（注：考特斯：《澳门记事》（Austin Coates A Macao Narrative），页25。）， 说明了澳门葡萄牙人社区内自治机构与果阿的葡印总督的矛盾自一开始就存在，反映出居澳葡萄牙人维护自治，反对来自果阿的干预的自治要求。由于果阿派遣的总督实际上是王室的代表，因而自治组织与他的斗争，也可以说是居澳葡人自治机构对来自葡萄牙的干预自治进行的斗争。
    终明一代，澳门葡人自治社区的权力机构是议事会，而总督并不拥有最高权力（注：博克塞：《16-17世纪澳门历史研究》（C. R Boxer,Estudos para a Historia de Macau Seculos XⅥ a X Ⅶ，1Tomo,Lisboa,1991），页218～224。）。但1640年葡萄牙脱离西班牙独立后，随葡萄牙中央集权的加强，有将澳门视为殖民地而加强干预的倾向，澳门总督逐渐成为不只掌握军事的实际执政者。清代《澳门纪略》中记载：“夷目有兵头，遣自小西洋，率三岁一代。辖蕃兵一百五十名，分戍诸炮台及三巴门。蕃人犯法，兵头集夷目于议事亭，或请法王至，会鞫定谳，籍其家财而散其眷属，上其狱于小西洋，其人属狱，候报而行法。其刑或戮或焚，或缚至炮口而烬之。夷目不职者，兵头亦得劾治”（注：《澳门纪略》，下卷，《澳蕃篇》。）。