贸易上
    明代守澳官、市舶司、香山县以及海道官员等均参与澳门的贸易关税管理。
    按照正德时所定则例，明朝起初对来华贸易的外国商船实行抽分制，船上货物，“十分抽二”。史载：“蕃商和赍货物至者，守澳官验实申海道，闻于抚按衙门，始放入澳。候委官封籍，抽其十之二，乃听贸易焉”（注：庞尚鹏：《百可亭摘稿》，卷1， 《陈末议以保海隅万世治安疏》。）。隆庆五年（1571年），外商报货欺骗不实，难以查验；而明中叶以后以货币代替实物税的条件已经成熟，于是明朝改变上述关税征收办法，开始实行饷税制。具体说，是采用“丈抽之例”，“按船之大小以为税额，西洋船定为九等，后因夷人屡请，量减抽三分。东洋船定为四等”（注：梁廷枬：《粤海关志》，卷22，《贡舶》二。）。对于饷税的征收，葡人有如下记载：“商船进口征收舶税，按照船舶大小交纳”（注：博克塞：《复兴时期的澳门》（C.R.Box, Macauna Epoca daRestauracao），页34。）。明朝“设有抽盘科，每船出入，必丈抽盘验”，而设立的市舶官，“所司止衡量物价贵贱多少，报税足饷而已”（注：颜俊彦：《盟水斋存牍》（一刻），《公移》，卷1，《澳夷接济议》。 ）。
    明末广州府推官、代摄香山县事的颜俊彦曾上《澳夷接济议》，对有关饷税治理提出具体建议：“请自今日始，凡船艇出入香山者，香山令必亲诣船所，应抽应盘，实实查核，除夹带违禁货物解赔问罪外，其应纳税报饷者，照常礼数填注印册缴报，海道并移市舶司照簿查收，若县官仍如往年坐收常例，竟不抽盘，即以枉法赃论”；又“凡船艇出入非奉两院海道信牌，不许私自往来海上，有借粜籴谷米，关运木石名色，私自向参府给票，恣行罔顾者，本人之罪不必论，请以其罪并罪参府，两台疏参提问，应惧而知返”；关于市舶司，“今除应纳税报饷者，许其执物穷价，秤量多寡，以完市司本等职业，此外船艇出入，在外则当以香山县官为政，在省应请之海道，委南、番两县官壹员，眼同盘验，记数填簿，缴报本道，并置循环簿，每季终转报两院照验”。对此，经省部院及海道指示，勒石实施（注：颜俊彦：《盟水斋存牍》（一刻），《公移》，卷1，《澳夷接济议》。）。
    《明熹宗实录》记载，澳门葡人“岁输二万金”（注：《明熹宗实录》，卷11，天启元年六月丙子按语。），这只是香山澳每年向广东官府缴纳关税的一个大致的数字。香山澳税隶市舶司，“虽有定额，原无定征，皆取诸丈抽，彝船与夫彝商、唐商之互市者”，“初定二万六千，后征不足，议去四千”（注：（乾隆）《广州府志》，卷53，李侍问：《罢采珠池盐铁澳税疏》。）。万历二十七年（1599年），明神宗派往广东搜刮税收的太监李凤，一度将广东税额增至每年20万两白银，于是，“又派之濠镜澳货二万两”（注：郭尚宾：《郭给谏疏稿》卷1，《防澳防黎疏》。）。崇祯十四年（1641年）李侍问疏中言“见在岁额二万二千。察所抽者，皆于到澳番舶贸易之彝商，并唐商之下澳者”（注：（乾隆）《广州府志》，卷53，李侍问：《罢采珠池盐铁澳税疏》。）。而澳税有时达不到此数，如万历三十九年（1611年），由于没有船只前往日本，只交纳9000多两（注：王以宁：《东粤疏草》，卷5， 《条陈海防疏》。）。
    明朝广东官府对停泊与居留在澳门的外国商船进行登记，发给许可证“部票”。持有“部票”的外国商船才能进出澳门港。对于不按规定停泊、偷税漏税的外国商船的不法行为，万历二十四年（1596年），海道副使规定“凡番船到澳，具赴省城（广州）公卖输饷，如有奸徒潜运到澳与夷，执送提调司究治”（注：（康熙）《香山县志》，卷10，《外志·澳彝》。）。后来，万历四十二年（1614年）两广总督批准公布于澳门的《海道禁约》，5款中又有2款明文规定：
    --凡番船到澳，许即进港，听候丈抽，如有抛泊大调环、马骝洲等处外洋，即系奸刁，定将本船人货焚戮。
    --凡夷趁贸货物，俱赴省城公卖输饷，如有奸徒潜运与夷，执送提调司报道。将所获之货尽行给赏首报者，船器没官，敢有违禁接买，一并究治（注：《澳门纪略》，上卷，《官守篇》。）。
    是知广东官府不仅重申了以往的规定，而且强调了从严惩处。
    澳门作为贸易港口，居澳葡人主要从事贸易活动。葡人自治组织机构议事会负责管理葡萄牙人的贸易，理事官兼任司库，也称库官，掌管葡萄牙商船进口税的征收，大致征收占货物总数的5%的商业税， 随后将征得的货物出售。税收的1／5属于国王，其余作为市政经费（注：伦斯泰德：《葡萄牙在华居留地历史概述》（ AndersLjungstedt,An Historical Sketch of the Portuguese Settlements in China ），页49。）。议事会每年召开会议听取财政收支情况报告，安排财政支出，并由议事会与长老决定对各类进口货物征收关税的税率。
    终明之世，明朝一直在不断强化对澳门的治理，而居澳葡人自治机构议事会作为香山县统属机构，居澳葡人在自治基础上服从明朝地方官府的管辖，其与明朝地方政府虽有冲突，但基本上是服从、配合与合作的。而明朝地方官员在领土管理、行政司法和贸易税收方面，对澳门实行有效治理，一旦居澳葡人有超出广东地方政府规定的自治管理治安范围和有侵犯中国主权的举动，就要受到明朝地方官员的指责和制裁。
    明代澳门治理形态的中西制度渊源
    明代澳门治理形态的形成，并非偶然，有着深远的中西历史渊源。在以往的研究中，有学者早已指出：“明政府仿照唐宋两代管理广州外国侨民的‘番坊’制度，可能还参照元代以来在少数民族中实行的‘以土官治土民’的土司制度，将葡萄牙人的首领视同‘番长’、土司，于1584年任命他为中国第二级的官员，称之为‘夷目’”（注：费成康：《澳门四百年》，页35。），提出了不应从单一的‘番坊’制来寻求渊源的思路。而在方法论上，我们也不应满足于用一个因素去解释，而应将多种因素综合起来考察。
    对明代澳门治理形态的渊源，不仅要从来自中国方面也要从西方的葡萄牙方面探索。