6.明朝随时调取听用。如崇祯三年（1630年），为了对付后金，明朝礼部左侍郎徐光启上疏，请派中书姜云龙同葡萄牙传教士陆若汉，领勘合前往广东“香山澳置办火器，及取差炮西洋人，赴京应用”（注：《崇祯长编》，卷33，崇祯三年四月乙亥。）。
    7.遇有对外交往事项，澳门葡人需请示报告，由明朝地方官员全权处置。如崇祯十年（1637年）英船到达澳门，携带有英国国王给澳门总督的信函，要求贸易。明朝地方官员上船调查了解英国人的意图，并报告广州的高级官员。最终是明朝广东地方官员允许贸易，由澳门总督与广东官方联系后给以答复（注：《彼得·蒙地游记》（The Travels of Peter Mundy）（克劳斯1967年重版），第3部，页171、174、250。）。
    8.崇祯初年，有主管刑名的府佐官开厅署理于香山县，处理行政司法事务，原因即在于香山县“密迩澳地”。对澳门这一特别的侨民社区，明朝予以特别关注和特殊治理，当时内地百姓如“往买木石，籴运米谷，必向县告照以往”（注：颜俊彦：《盟水斋存牍》（一刻），《署香山谳狱》，卷1，《漏税木户陆炳日》。）。
    司法上
    《大明律》明文规定：“凡化外人犯罪者，并依律拟断”。对此，《大明律例》有如下注解：“化外人，即外夷来降之人及收捕夷人散居各地方者皆是，言此等人原虽非我族类，归附即是王民，如犯轻重罪，各译问明白，并依常律拟断，示王者无外也”（注：（万历）《大明律例集解附例》（台湾学生书局本），册1，页344。）。凡居澳葡人内部发生的较轻民事和刑事案件，由预审法官审理；较重的案件，由果阿葡印总督派到澳门的王室大法官审理，王室大法官的任期通常是3 年（注：苏萨：《帝国的生存》（George BryanSouza, TheSurvivalofEmpire:Portuguese Trade and Society inChinaandtheSouthChina Sea 1630-1754），页23。）。 重大案件要向果阿葡印总督请示执行或送交审判。但凡重大案件，都要向明朝广东地方官府报告，由广东地方官员审理判决。而葡王菲力浦一世曾在1587年2月16 日从马德里发布命令，其中第30段指示澳门葡人大法官“不要干涉此地中国官员对中国人和在澳门居住的中国人的管辖权”（注：伦斯泰德：《葡萄牙在华居留地历史概述》（ AndersLjungstedt,AnHistoricalSketchof the Portuguese Settlements in China），页64。）。在澳门主管民事诉讼的地方官员，即香山县知县。遇有重大民事案件发生，要上报广州府，并逐级上报。
    万历三十六年（1608年），香山知县蔡善继上任后“未几，澳弁以法绳夷目，夷叫嚣，将为变。善继单车驰澳，数言解散，缚悖夷至县堂下笞之。故事，夷人无受笞者，善继素以廉介，为夷人所慑，临事控制有法，夷遂俯首帖耳受笞而去”（注：（康熙）《香山县志》，卷5， 《蔡善继传》。）。这是明朝香山知县对澳门进行司法管理的典型事例，可见明代广东地方官府拥有对澳门的最终司法处分权。
    军事上
    1.明代设置守澳官，由下级武官担任，具有军事管辖权。在葡萄牙人入居之初，守澳官王绰在任期间，为了加强管理，曾于澳门葡萄牙人居留地设军营一所，“朝夕讲武以控制之，自是番人受约束”（注：（乾隆）《香山县志》，卷6，《王绰传》。）。守澳官之上， 有海道副使负责海防。
    2.设立关闸。万历元年（1573年），广东官府采取设立关城的办法，在澳门咽喉之地莲花茎设立关闸一座，“设官守之”（注：明末残档《防夷防瑶残稿》：“其地三面皆水，惟北有一路可通往来。设有官闸，禁其阑入，以严夷夏之防。关之上有香山寨参将坐镇弹压，澳之外皆香山寨把哨官兵环绕防守”。见《明清史料》，乙编，第8本，页800。）。关闸城楼上刻有“关闸门”3个大字。关闸门定期开启， 起初每月开启2次，后改为每5天开启1次。开关时， 许葡萄牙人进入关闸与内地贸易，购买粮食及日常生活必需品。平时官兵把守关闸，不许葡萄牙人擅自越关进入内地，也不许中国居民自内地随便出入。同年设广州府海防同知于雍陌，以便就近弹压。万历四十四年（1616年）南京教案发生后，为了进一步加强对澳门的军事管制，两广总督周嘉谟、广东巡抚田生金决定为“防患未然，随宜禁戢”，于是恢复一度因广东税监李凤而“辞回省城”的海防同知，令其仍旧驻扎雍陌。同时，严守“塘基环一线之关”，每月只许开放2次；限制外商进入内地的人数； 选择武艺高强者担任提调司官，严密防守，杜绝澳内外的勾结（注：田生金：《按粤疏稿》，卷3，《条陈海防疏》， 转引自汤开建《田生金按粤疏稿中的澳门史料》，载《暨南学报》第19卷4期。）。
    3.层层防守。万历十九年（1591年），两广总督刘继文上议：“至澳夷内集，恐虞不测。合于澳门外建抽盘厂于香山大埔、雍陌地方，汛至，以同知驻扎新安，通判驻扎雍陌。汛毕方回”（注：《明神宗实录》，卷242，万历十九年十一月壬午。）。朝廷批准如议而行。 四十一年（1613年），两广总督张鸣冈因澳门的“蓄倭”问题，派遣海道俞安性、香山县令但启元巡视澳门，并让葡萄牙人“夷目”“立状为之永禁”（注：方孔炤：《全边略记》，卷9， 《海略》。）。次年，根据张鸣冈的建议，“因设参将于中路雍陌营”（注：《澳门纪略》，上卷，《官守篇》。），调兵千人戍守，加强距澳门1 日之程的雍陌营地的防守。四十四年（1616年）以后，海道官员每年巡历澳门1 次（注：田生金：《按粤疏稿》，卷3，《条陈海防疏。》）。
    天启元年（1621年），广东官府将原设于雍陌的参将府移至位于距莲花茎数里的前山，建立前山寨。史载：“改设参将于前山寨，陆兵七百名，把总二员，哨官四员；水兵一千二百余名，把总三员，哨官四员，船舶大小五十号，分戍石龟潭、秋风角、茅湾口、挂椗角、横洲、深井、九洲洋、老万山、狐狸洲、金星门，防制渐密，终明之世无他虞”（注：《澳门纪略》，上卷，《官守篇》。）。
    终明之世，广东官府无论从兵员数量、军官品级、营地规模，还是在军事防御重地的选址上，都力图加强对澳门的军事管辖，形成了完备的水陆防御体系。这套水陆防御体系不仅对澳门进行了有效地军事管理，而且在明末多次挫败了荷兰殖民者武装入侵澳门的企图，保证了澳门领土主权的完整。
    议事会只负责葡萄牙人社区的治安，拥有一支维护治安的保安队，由澳门居民组成，需要时也雇佣奴隶。每年还拥有一个24人组成的治安监察官组织，每月由2 人值班（注：伦斯泰德：《葡萄牙在华居留地历史概述》（AndersLjungstedt, AnHistoricalSketchof thePortuguese Settlements in China），页42。）。1623年， 澳门总督马士加路也到澳上任时，从果阿带来100 名葡萄牙士兵作为警卫部队，从此澳门葡人社区有了一支治安防务力量。