十七世纪中叶开始，西方殖民主义者闯进了中国的边疆，他们在台湾、黑龙江流域、贝加尔湖南岸、额尔齐斯河流域一带骚扰、蚕食中国领土，具有明显的侵略性质。郑成功收复台湾、喀尔喀蒙古部反击沙俄对贝加尔湖南岸的侵扰、清军驱逐沙俄殖民者的雅克萨战争、准噶尔部抵御沙俄蚕食西北领土的斗争、清军翻越喜马拉雅山对廓尔喀侵入西藏的反击战等等都显示了中国是一个拥有明显的疆域的主权国家。
    康熙二十八年（1689年），订立中俄《尼布楚条约》，雍正五年（1727年）订立《阿巴哈依图界约》、《色愣额界约》、《恰克图条约》，划定了中俄东段、中段边界。乾隆朝在击退廓尔喀后，“所有唐古忒（西藏）西南与外蕃布噜克巴（不丹）、哲孟雄（锡金）、作木朗、洛敏汤、廓尔喀各边界，均已画然清楚。”（20）对于外国的入侵，清朝政府的态度是很明确的，坚决反击。乾隆说：“夫开边黩武，联所不为，而祖宗所有疆宇，不敢少亏尺寸”。（21）对于与邻国分疆划界，清政府也确定了原则，即“天朝尺土俱为版籍，疆址森然。即岛屿、沙洲，亦必画界为疆，各有专属，”（22）“既不无理强取他国之寸土，亦决不无故轻让我寸土于人。”（23）十八世纪与邻国的一系列边界条约，表明中国政府已经意识到必须和外国确定具有国际法约束力的边界。
    美国边疆史研究者认为，美国在对其西部领土扩张中也存在着侵略和反侵略的矛盾和冲突。但是与中国不同的是，美国是侵入者，对墨西哥领土进行了大肆的鲸吞。
    墨西哥是一个与美国毗邻的主权国家，新墨西哥、加利福尼亚等领地，曾是墨西哥管辖之下的领土，美国势力进入这些地区，分裂和蚕食这个国家，具有明显的侵略性质。1836年，美国在得克萨斯策动了名为独立、实为分裂的运动，1845年公然将其兼并。在墨属加利福尼亚定居的美国人在美国政府的神秘策动下，于1846年宣布成立“加利福尼亚共和国”，很快“加利福尼亚共和国”就成为美国的一州。至1848年，美国已割去墨西哥领土的一半。
    中国边疆的第二种矛盾和冲突：统一和某种程度上的自主性，在十八世纪表现得尤为明显。
    中国边疆地区的一个显著特点，即自古以来，就是少数民族的聚居地区。从最早的东夷、北狄、西戎、南蛮到秦汉的匈奴、浑庾、丁灵、鬲昆、新犁、东胡、乌桓、鲜卑、夫余、高句丽、挹娄、西域乌孙、西南众多的氐羌、西南夷、南方百越和丰濮，魏晋南北朝的匈奴、羯、鲜卑、柔然、高车、夫余、高句丽、勿吉、氐羌、吐谷浑、蛮僚、俚、乌蛮、白蛮等。再则隋唐以后的铁勒、突厥、回纥、薛延陀、黠戛斯、契丹、奚、靺鞨、室韦、高丽、渤海、吐蕃、吐谷浑、党项羌、俚、徭、溪洞蛮、乌蛮、白蛮、濮、金齿、银齿等，再到明清形成稳定的蒙古、满、藏、回、维等五十多个民族，大多数一直活跃在广阔的边疆地区。在历史上，一些少数民族曾在边疆建立了王朝，王国或汗国，如柔然汗国、突厥汗国、回鹘汗国、吐蕃、南诏等。明末清初，也出现了同样性质的汗国和王国，如后金、喀尔喀七和硕、准噶尔汗国、和硕特汗廷、叶尔羌汗国等，这些王国或汗国，通常并不自外于中华，但是又有自己独特的政权体系，自己的军事力量和对外交往的途径，其语言、文字、宗教信仰、风俗习惯、经济生活、社会生活以及社会组织和中原不尽相同。在与中原王朝的关系上，表现出较强的自主性。
    清朝入主中原时，有的王朝或汗国消失，而有的却长期与清廷并存。当时，满族贵族的统治遭到中原汉族人民的强烈反抗，却得到了边疆少数民族的拥护和支持，内外蒙古王公、卫拉特蒙古各部首领和西藏藏巴汗及各大教派教主都上表文表示拥戴新朝，承认清朝对中国的统治。但是他们要求清朝政府只实行羁縻政策，保持朝贡关系。
    随着清朝对全国统一步伐的加快，清政府决心直接管辖和治理边疆地区，而边疆民族王朝又不愿轻易放弃其一定程度上的自主地位和权力，解决矛盾的方式是多种多样的，和平的、武力的或者两者相结合。1691年清朝巧妙地以多伦会盟形式完成了对漠北蒙古的统一。对于西藏，总的策略是“恩威相济”，从清初借助和硕特汗廷统治西藏到十八世纪后期《藏内善后章程》订立，确定中央对西藏的全面管辖，虽然也曾几次出兵入藏，但步骤十分稳妥，可以说，在实行清代边疆政策中是最有特色的一个地区。准噶尔是清廷最感棘手的问题，自噶尔丹开始，准噶尔汗国与清廷对抗达七十年之久，双方大小战役和冲突无数，十八世纪中叶，清朝最后实行的征服手段是十分残酷的，背离了平准的初衷，滥施淫威，冤杀无辜，杀人之多，超出了一般战争的范围。
    一旦统一局面形成，清朝政府对边疆民族地区的管理，采用了比较灵活的政策。一方面清朝政府感到，在中国外部，正在形成一个威胁清朝统治的力量，西方殖民者已在中国边疆出现，缺少法制的边疆，时刻有被入侵者分割的危险。清廷派兵驻扎边疆，设卡放哨，同时加强对边疆地区的立法和司法管理，十八世纪颁布的《蒙古律例》、《回疆则例》、《新疆条例》、《西藏通制》、《西藏善后章程》、《钦定西藏章程》以及《理藩院则例》、《大清会典则例》等等完备的法律条例确定了中央政府对边疆地区的主权和行之有效的管辖。另一方面，清朝在各个少数民族聚居地区，实行不同的民族统治政策。总的原则是“因俗而治”，在蒙古地区，不改变其原有的游牧经济生产方式，维持旧的基层社会结构和王公制度，实行“盟旗制度”；在新疆，对待回部，依照治理蒙古民族的原则，实行“伯克制度”；在西藏，根据西藏社会的特殊性，确定了“政教合一”制度。