5月17日，西乡以“高砂丸”（原英国商船DELTA号）为旗舰，率兵开往台湾。日军最先抵达台湾社寮的，是福岛九成搭乘的“有功丸”，5月6日，该舰从厦门转道台湾。此前的5月3日，福岛在厦门会见知府李钟霖，递交了西乡致闽浙总督李鹤年的照会，内称“本中将谨遵钦旨，即率亲兵，将由水路直进番地，至若船通贵境，固无他意，应毋阻拒。恐闾巷之说或有触动贵国诧异，特兹备文报明。为此照会贵大臣，希即察照，转饬各地方官，咸使知之可也”（注：《岩仓公实记》下卷，第148页。）。与此同时，福岛还递交了一份附件， 言称“兹我政府独怪土番幸人之灾，肆行劫杀，若置之不问，安所底止。是以遣使往攻其心，庶使感发天良，知有人道而已……但所虑者，有各国及外国商民在台湾所开口岸运货出入者，或见我国此间行事，伊等便思从中窃与土番互通交易，资助敌人军需，则我国不得不备兵捕之。务望贵大臣遍行晓谕台湾府县、沿道口岸各地所在中外商民，勿得毫犯。又所恳者，倘有生番偶被我兵追赶，逃入台湾府县境内潜匿者，烦该地方随即捕交我兵屯营是望。”（注：《岩仓公实记》下卷，第149页。）
    西乡的照会与福岛的附件，可谓首开近代中日关系史的恶例。明是非法侵入中国领土，却称“固无他意”；明是企图报复，却称“使有人道”。尤为甚者，竟传谕中国地方官员，有被迫逃难者，也要“捕交”日本兵营等等，目中全无中国主权。
    5月22日，西乡率舰抵达社寮港，随即开始进攻牡丹社人， 包括牡丹社头人父子在内的20余人被杀死，但番人仍不屈从。6月1日，谷干城率日军5个小队，从风港进攻；2日，日军又兵分三路，攻击牡丹社，以致“生番皆弃家逃奔山谷”（注：《岩仓公实记》下卷，第154页。 ）。西乡遂遣谷干城、桦山资纪回东京报告，又派将赤松则良、福岛九成前往北京，辅佐公使柳原前光对华交涉，而其本人则率部进行所谓“拓殖事业”（注：《岩仓公实记》下卷，第154页。），以期久留。
    清政府从英国驻华公使的信函中获悉日本将要出兵台湾。同年5 月14日（旧历三月二十九日），总署恭亲王等在奏折中言称：“窃查本年三月初五日，臣衙门接据英国使臣威妥玛函称，现准驻日本国之英国使臣电报，知日本运兵赴台湾沿海迤东地方，有事生番，并询及生番居住之地，是否隶入中国版图，东洋兴师，曾向中国商议准行与否，宜如何斟酌之处，迅为见复，以便用电线移复等语。当经臣衙门函复该使，答以上年日本使臣住京时，从未议及有派兵赴台湾生番地方之举。究系因何兴师，未据来文知照”。进而又称：“此时，该国动兵与否，尚未明言，固未便操之过急，而事必期于有备，患当杜于方萌。应如何按约据理相机辩阻，及如何先事筹备……拟请钦派闻望素著、熟悉洋情之大员，带领轮船，前往台湾生番一带，察看情况，妥筹办理”（注：《同治朝筹办夷务始末》卷九三，第26—28页。）。
    这一奏折说明清政府对日军入侵台湾所知甚少、甚迟，而且并无奋起对抗之意。尔后的事实进一步证明，中日之间有关日军入侵台湾问题的交涉，正是在日军依恃武力，而清政府却想“按约据理”的情况下进行的。
    5月8日，李鹤年收到福岛转递的西乡照会，11日致函西乡，内称“本部堂查台湾全地久隶我国版图，虽其土著有生熟番之别，然同为食毛践土，已二百余年，犹之粤楚云贵边界瑶、僮、苗、黎之属，皆古所谓我中国荒服羁靡之地也。查万国公法云，凡疆内植物动物居民，无论生斯土者，自外来者，按理皆当归地方律法管辖。又载发得耳云……各国自主其事，自任其责。据此各条，则台湾为中国疆土，生番定归中国隶属，当以中国律法管辖，不得任听别国越俎代谋……贵国政府并未与总理衙门商允作何办理，径行命将统兵前往，既与万国公法违背，亦与同治十年所换和约内第一第三两条不和”。李鹤年明确指出：“琉球岛，即我属国中山国疆土，该国世守外藩，甚为恭顺，本部堂一视同仁，已严檄该地方官，责成生番头人，赶紧勒限交出首凶议抵。总之，台湾在中国，应由中国自办，毋庸贵国代谋……应请贵中将撤兵回国，以符条约而固邦交可也”（注：《日本外交文书》第7卷，第56号文书。）。
    李鹤年的上述复函，充分体现了清政府“按约据理”的方针，同时也表明了清政府对于琉球漂民被害事件，并非不作处理。但是，西乡接到这一复函（5月23日）之后，不仅没有撤兵之意， 反而加紧了剿杀台湾土著的行径。5月28日，日本公使柳原前光到达上海。 江苏布政司应宝时和上海道台沈秉成，于31日会见柳原时，也一并指出“客年在北京虽就台湾之事略开论绪，但未明言举兵之事。今者，不发照会而入台湾，乃是违背万国公法，侵犯他国主权，非缔约国之所为也”。柳原却称：“客年既已告诸总理衙门，今年又照会福建总督，如此慎重，何背好谊。今也，贵国迫我退兵，是欲妨碍义举也”（注：《岩仓公实记》下卷，第175—176页。）。
    是时，清政府任命福州船政大臣沈葆桢为钦差全权台湾事务办理大臣，福建布政使潘蔚为帮办，并知照日本外务省。6月6日，潘蔚专程抵达上海会晤柳原前光。柳原言称：西乡只管军事，没有交涉之权。解决西乡所奉敕谕中的三项任务及其善后措施的一切交涉完全由他负责（注：《对华回忆录》，第53页。）。翌日，柳原在给潘蔚的信中又称：“方今东西海舶傍舞，该地蓄此蛮种……若不即事下手惩办，后患何极。此我朝之所以断然实施也。从前英美两国亦有此举，非创见也”。继而又称：“兹闻5月18日，即贵国四月三日， 我兵已与生番交战……本大臣以为，我国士兵既已到达番地开始战争，且因西乡接受君命，纵有如何事情，也不能退却一步。”柳原还具体谈了所谓西乡要办的三项任务，即：“逮捕前年杀害我民者，诛之”；“以对抗我军者为敌，杀之”；“番俗反复难制，必须严设取缔之道，确定使之永誓不再劫杀难民之策”（注：《日本外交文书》第7卷，第70号文书。）。
    在这种情况下，潘蔚转回福州与沈葆桢商议后前往台湾。7月1日（五月十八日）致函柳原，称“本帮办以为，此次贵国用兵前来，既是专为牡丹社生番，杀害琉球国难民一事，现在该社已经痛办，似可泄忿。若穷兵不已，无论牡丹余番畏兵潜匿，不能剿尽，亦万无此种办法。前经贵大臣所订第三条，立保护、不准再有剿杀等事……当经本帮办派员，将各番社头人带到……本帮办谕以利害……各番社头目，真心向化，均各出具切结，共有十五社。惟牡丹、中社、里乃三社，因贵国用兵，不敢出来。”（注：《日本外交文书》第7卷，第87号文书。为便于阅读，对其所载文字略有调整。）
    从潘蔚的上述信件照会可知，清政府任命的办理大臣，在日方用兵剿杀台湾土著的情况下，根据日本公使提出的三项事宜，业已作了相应处理。按照国际惯例、公法，日方当就此了结，罢兵归国。然而，当时率兵侵台的西乡，在潘蔚的诘问之下，不仅拿不出“番社并非中国版图”的证据，反而勒索“贴补”，拒不撤兵（注：《日本外交文书》第7卷，第87号文书。）。而7月10日柳原在答复潘蔚的信中， 则认为潘蔚的上述处理不合程序，言称“交涉两国和好事宜”，当由本大臣从善处理。潘蔚应该“会同沈大臣将该三件事宜，商定应作如何办理尔后，与沈联名照会交付本大臣，以便转请本朝”，“今送此种书翰，完全与前言相反，故而本大臣遽难准信”（注：《日本外交文书》第7卷，第93号文书。），并且节外生枝，声称潘蔚“不足为信”、“不足与谈”（注：《对华回忆录》，第53页。），执意进京交涉。