10月16日总署答复大久保的“第三次照会”，并由文祥致书大久保：“贵大臣果真欲求两便办法，彼此自可详细熟商，或由贵大臣函定一日，本衙门大臣等，尚可赴贵馆面谈，如果定议，则从前往返辩论之词，彼此挚回，免存痕迹，亦无不可。不然，亦望即行告知，并不勉强”。当日，大久保复函：“贵衙门如果另有两便办法，本大臣岂不乐闻？即择17、18两日内，于一点钟祗候惠临聆教”（注：《明治文化全集》第11卷外交篇，第117页。）。于是，双方于18日又进行第五次交涉。 据载，当时双方都想首先听取对方的“两便办法”，临近会晤结束时，大久保提出赔偿问题，而总署大臣认为不经查办，难以详答可否。
    10月20日，双方在总理衙门举行第六次交涉。据日方记载，席间，总署大臣出示4条方案：（一）贵国从前兵到台湾番境， 既系认为台番为无主野蛮，并非明知是中国地方而加兵。不知是中国地方而加兵，与明知是中国地方而加兵不同。此一节可不算日本之不是。（二）今既说明地属中国，将来贵国退兵之后，中国断然不再提起从前加兵之事。贵国亦不可谓此系情让中国之事。（三）此事由台番伤害漂民而起，贵国退兵之后，中国仍为查办。（四）贵国从前被害之人，将来查明，中国大皇帝恩典酌量抚恤（注：《明治文化全集》第11卷外交篇，第129页。）。这固然是为了解决台事纠纷，但对日态度过分迁就，以致次日大久保派遣郑永宁到总理衙门，开口便索要300 万洋元（注：《明治文化全集》第11卷外交篇，第129—130页。中文资料记载200万。）。
    23日，双方举行第七次交涉。总署大臣答应设法“抚恤”，但不同意支付兵费赔偿。大久保言称，“如此实出意外”，并称有关“办法之议，当只限于今日。我为番地处分贯彻始终，将益加扩充当初之目的，特此预先禀告”（注：《使清办理始末》，《明治文化全集》第11卷外交篇，第13页。）。至此，双方交涉几近决裂，而大久保的态度，反而愈加强硬。究其原因，显与英国威妥玛公使有关。
    10月24日，大久保前往英国公使馆，名为告别实为向威妥玛讲述对华交涉情况。大久保对威妥玛称：日本对华“请求”（即要求赔偿）之宗旨，“在于此举我国也耗费莫大费用，而且惩戒番人、修建道路、构筑营地等事颇多，中国领有，即皆为彼之利益……彼等在18日会晤时，虽不说此种请求为不是，但云非经查办，不能应之。而随后之交涉，则首先希望撤兵，又以关系中国脸面为由，可称皇帝恩典，实出本大臣意外，且关系我国内人心，故而（本大臣）云：专重和好，敝人以一已之独断而任其责，若能给予可资证明彼等所望之书面文字，并非不予撤兵，但终究未能结局，终使昨日之商议，成为以前对话之结束。拒绝赠给作为证明将来之紧要文字，则敝人复命无道……”（注：《使清办理始末》，《明治文化全集》第11卷外交篇，第135页。）显然， 这是暗示英国公使给予帮助，以求转圜交涉僵局。
    后来，东亚同文会在《对华回忆录》中记称：“中国方面狼狈万分，向英国公使威妥玛哭诉，请求仲裁，并授予解决方案，要其与日本进行幕后交涉”（注：《对华回忆录》，第63页。）。此种说法并无根据。因为日方资料并未留下威妥玛言及总署大臣“哭诉”的记载，而中文资料则是“英国使臣威妥玛，尤于此事始终关说，意欲居间。臣等亦曾将与日本往来文信通行抄录，照会各国使臣，与之委迤虚与，在若即若离之间。既使各使臣欲为调停，亦系彼国所求，而非出自中国之意。十六、十七等日（即10月25、26日），日本两使臣已悻悻然作登车之计。威妥玛来衙门，初示关切，续为恫喝之词，并谓日本所欲二百万两，数并不多，非此不能了局。臣等一以镇静处之，直至威妥玛辞去时，坚欲问中国允给之数，臣等权衡利害轻重，揣其情势迫切，若不稍予转机，不独日本挺而走险，事在意中，在我武备未有把握，随在堪虞，且令威妥玛无颜而去，转足坚彼之援，益我之敌。遂告以中国既允抚恤，只能实办抚恤，即使加优，数不能逾十万两。该国于此事轻举妄动，现时无以回国，自亦实在苦情。中国不乘人之急，再允将该国在番社所有修道建房等件，留为中国之用，给银四十万两，总共不得逾五十万两之数，愿否听之。威妥玛旋至该使臣寓所，议论许久，复称抚恤等费数目，日本使臣业经应允。嗣经议立结案办法三条。另立付银凭单一纸。该使臣欲付银后退兵，臣等则谓必须退兵后付银。往返相持，又经威妥玛居间，始得议就凭单，言明先付抚恤银十万两，其余修道建房等件四十万两，定于十一月十二日，即日本国12月20日，日本兵全数退回，中国银两全数付给，并声明该国之兵如不全退，中国银两亦不全给，奏明后彼此划押，各执一纸，于本月二十一日（10月30日）定议”（注：《同治朝筹办夷务始末》卷九八，第11—16页。）。
    上述恭亲王等人10月31日的奏折所述，与日方保存的10月25日威妥玛与大久保的谈话记录完全吻合。据载，威妥玛言称：“本日前往总理衙门，长谈之后，衙门诸大臣嘱我一事可向阁下陈述，但并非衙门大臣来我处托请。根据昨日阁下所说，向中国政府要求数额为300万元， 其名义可据中国之要求，答应让诸彼意，且不妨稍许减少数额，但希望（中国）于证书之上记载一定银额。而中国政府予以拒绝。故而，逼问何故不出答应日本政府希望之证书？衙门大臣答曰：贵公使何以只助日本之论，而不助我？……渐经熟谈之后，中国政府允给难民10万两，此外40万两，作为日本诸项杂费，证书亦允给予，但10万两立即偿与，40万两退兵后偿与。嘱我将此事向阁下陈述，如此这般，尊意如何？”（注：《使清办理始末》，《明治文化全集》第11卷外交篇，第139页。）
    由此可见，威妥玛对这场中日交涉的结果，的确起了重要作用。但从上述记载可知，威妥玛的居间调停并非总署所请，而是大久保借助威妥玛的势力压迫中国（注：大久保在日记中写道：“此次奉命，实为不易之重大事件，谈判不能终结而至斯归朝，则使命未了自不待论，而最为可忧者，是为国内人心……如收束无术，终将立至不得不开启战端之期。胜败之上，固然无所畏惧。但是在名义上，由我宣战之名义，并不充分……且终将蒙受外国诽谤，受到意外妨害，以至不免最终招致损我独立权之祸”（见《大久保利通文书》6，第146—147页）。这说明此时大久保利通的内心也十分复杂，惟是总署大臣未能查觉，也未加认真分析而已。）。然而，恭亲王等却只知威妥玛“从中说合”，而不知其幕后与大久保相互串通。
    10月26日，大久保通过威妥玛转给总署的议决方案，便是10月25日晚8时，再次前往英国使馆，与威妥玛共同议定的。其中， 含有所谓“日本国此次所办义举，中国不指以为不是”。据日方记载，这句话首先是由威妥玛拟定的。当时，威妥玛将之写成英文，经过日方太田资政的译读，大久保表示认可。随后，双方又共同确定了议决方案的大略，并将之译成中文（注：《明治文化全集》第11卷外交篇，第140—141页。关于大久保与威妥玛的相互串通，《对华回忆录》第64—65页也有记述。）。
    10月27日，总署致书大久保，内称“台湾一节，系本月十六、十七、十八等日，英国威大臣与贵大臣先后商议，各层代为述明，本王大臣等自无不能办理之处。为此，今将三面议明各条底稿照录，函送备查，并希贵大臣示复……”，所谓“三面议明”（即总署、日本全权代表和英国公使）的各条内容是：（一）日本国此次所办，原为保民义举起见，中国不指以为不是。（二）前次所有遇害难民之家，中国定给抚恤银两，日本所有在该处修道建房等件，中国愿留自用，先行议定筹补银两，别有议办之据。（三）所有此事两国一切往来公文，彼此撤回注销，永为罢论。至于该处生番，中国自宜设法妥为约束，以期永保航客不能再受凶害。
    这三条底稿，也即1874年10月31日，经由总署大臣与大久保、柳原前光签字画押的台事专条的原始文本。而所谓的“保民义举”和“中国不指以为不是”的始作俑者，则是英国公使威妥玛。
    除了上述三条专约之外，中日双方还签字画押了“会议凭证”。其内容是：“台番一事，现在业经英国威大臣同两国议明，并本日互立办法文据。日本国从前被害难民之家，中国先准给抚恤银十万两。又日本退兵，在台湾所有修道建房等件，中国愿留自用，准给费银四十万两，亦经议定，准于日本国明治七年十二月二十日，日本国全行退兵；中国同治十三年十一月十二日，中国全数付给，不得愆期。日本国兵未经全数退尽之时，中国银两亦不全数付给。立此为据，彼此各执一纸存照”（注：《明治文化全集》第11卷外交篇，第146页。）。
    1874年11月7日，大久保抵达上海，从上海税关先行攫取10 万银两。尔后，前往台湾琅峤港，向西乡通报交涉结果。11月27日，大久保回到东京，受到日本政府的隆重迎接。天皇敕语称：“其功可谓大矣”（注：《岩仓公实记》下卷，第210页。）。
    日本政府从借故出兵入侵台湾，至大久保来华交涉，借助强援压迫清政府立约，说到底，乃是强权与军事并用，效尤西方列强，为尔后占有琉球制造借口，并强行蹂躏中国主权。