但是，与天主教相比，基督教有着自身的优势。作为欧洲宗教改革运动的产物，基督教具有鲜明的近代性，按照韦伯的说法，新教伦理与资本主义存在着明显的因果关系，就是说新教伦理有助于资本主义的发生和发展。当上海从一个中世纪县城向近代化的国际性大都市快速迈进的时候，基督教本身所具有的近代性就获得了一个理想的展现空间。于是，从1860年代开始，基督教在上海的传教事业出现了持续发展的态势。此前就已开始在上海传教的圣公会、长老会、浸会和监理会在此后的岁月里大获成功，成为晚清上海基督教中的四大主流教派，并涌现出一大批著名的传教士，如圣公会的施约瑟、小文惠廉和郭斐蔚，长老会的范约翰、姜别利、费启鸿、南浸会的晏玛太、万应远、乐灵生，北浸会的金楷理，监理会的林乐知、潘慎文等。受主流教派海外传教成功的鼓舞和推动，一些原先没有成立差会的较小的宗派也纷纷成立差会，向上海派遣传教士，上海遂成为中国汇聚基督教教派最多的城市。这些教派包括：戴德生创立的中国内地会，基督会（又称使徒会），宣道会，同善会，公谊会，信义会，基督教复临安息日会，救世军，女公会，尚贤堂，海员传教会，协和礼拜堂等。这些教派的影响当然无法与主流教派相比，但它们的汇聚上海，无疑从一个侧面反映了基督教在上海传教活动的盛况。而这种盛况的出现，正好与晚清上海社会变迁同步。一份当年的海关报告这样写道：“由于上海是中国最主要的商业中心，所以它也就成为这一帝国的传教中心。大多数教会都在这里建立其总部，并在这里指挥其在中国各地的工作。那些在上海没有专职工作人员或机构的教会，通常也委派代表或代理人在此办理它们的传教业务和监督供应品的发送工作。（注：徐雪筠等译编：《上海近代社会经济发展概况》，第111 页。）”这种说法并不夸张，因为另外一个事实也印证了这种说法。在新教传入中国后的第一个世纪中，曾分别于1877年、1890年和1907年召开过3次在华传教士大会，都是回顾以往研讨未来的决策性会议， 其重要性是不言而喻的。这3次继往开来的大会都选择在上海举行， 并不是巧合，它至少表明来华的多数传教差会和传教士已经把上海看作是对华传教事业的基地。
    配合教务的推进，来沪的各新教差会传教士还在上海设立了一些基督教文字宣教机构，编辑、出版和散发宗教性或与宗教关系密切的书籍，充实中国信徒的宗教知识和宗教生活。这些文字宣教机构主要有圣教书会（Chinese Tract Society ）、 大英圣书公会（TheBritishandBible Society in China ）、 美国圣经会（TheChinaAgencyofAmericanBibleSociety ）和广学会（The Society for theDiffusion of General and Christian Knowledge amang the Chinese）等。由这些机构编辑、出版和发行的“非宗教性和宗教性的印刷品”极为可观，圣教书会1900年“新出的书，重印和加印发行的共计377710本，其中从仓库中分发的有332780本。这些书刊包括月刊两种：《小孩月报》和《图画新报》。它发行的书籍只谈宗教问题，例外的不多”（注：徐雪筠等译编：《上海近代社会经济发展概况》，第116页。）。 大英圣书公会从1892年至1901年的十年间， 共发行了圣经54795 本、 圣经书210841本和单行本5086679本，总数共达5352315本。美国圣经会在同一时间内发行了圣经51135本，圣约书209286本和福音书4100950本，总计为4361371本。至于广学会，在1900年也共计发行了48950本新书，其中包括31000份《万国公报》和《中国传教士评论》。 这些书籍相当一部分是发往内地，上海已成为各类宗教书籍的出版发行中心。
    基督教在上海传教事业的持续发展，美国的基督教差会和传教士的努力功不可没。早在1810年，美国各新教教会就联合成立了一个“美国海外宣道理事会”，致力于海外的传教布道。南北战争结束后，美国国内稳定，经济快速增长，向海外扩展的兴趣和力量日益加强。在这种背景下，美国新教教会的海外传教布道的热情空前高涨，其在中国、尤其是在上海的传教力量开始超越英国及其他欧洲国家。据《基督教在华传教百年史》统计，到1905年为止差遣传教士来华的正式差会组织，英国15个，欧洲大陆国家8个，美国29个。其中1860年后成立的，英国8个，欧洲大陆国家5个，美国20个，比欧洲国家的总和还多。上海的崛起， 使它成为各新教差会海外传教布道的首选之地，其中美国传教士在上海的人数最多，活动最频繁，影响最大。到1901年，上海的主要新教差会共有9个，美国就占了7个，英国只有2个；这9个差会中除美国圣公会和女公会外，共向上海派遣了33位传教士和68位女教士，其中美籍传教士和女教士就分别占了25位和59位，英国则只占8位和9位。美国各新教差会在上海的势力和影响并不仅仅体现在传教士和女教士人数上的绝对优势，在基督教会创办的医疗和教育事业中，美国传教士的成绩同样突出：晚清上海基督教会在上海创办最有名的医院有仁济医院、同仁医院、西门妇孺医院和广仁医院，除仁济外，其余3 家医院均由美国差会创办；基督教会在上海创办的主要学校有圣约翰大学、中西书院、沪江大学等，几乎全部由美国差会创办。
    作为外来的宗教势力，传教士在上海的活动是非常复杂的。条约制度赋予他们在中国传教的权利，享有其他外国人所享有的一切特权，因此他们是条约制度的自觉维护者，这一点与其他外国人并无不同。郑观应在《易言·论传教》一文中说：“外国传教之士，实中国召衅之由也。洋人之到中华，不远数万里，统计十余国，不外通商、传教两端。通商则渐夺中国之权利，并侵中国之地；传教则侦探华人之情事，欲服华人之心。阳托修和，阴存觊觎，互相联络，恃其富强，致华人谋生之计日穷，而教民交涉之案迭起，其中煽害，倍甚通商。（注：郑观应：《易言·论传教》，见夏东元编：《郑观应集》上册，第121页。 ）”郑氏不失为当时的开明者，他的话说出了传教士在华活动的这一面。但传教士毕竟又是一群传播上帝福音的布道者，在传教布道的过程中做过不少好事，譬如他们“在晚清西学东渐中，担当了相当重要的角色，大部分时间里是主角”（注：熊月之著：《西学东渐与晚清社会》，上海人民出版社1994年版，第22页。），他们中的不少人赞同并支持过中国的改良与进步，举办过许多慈善事业，有些女教士还不遗余力地倡导不缠足运动，等等，这些当然不应该一笔抹煞，一概骂倒。