开埠后上海的快速崛起，传教士的努力，使上海天主教会在晚清时期获得了前所未有的发展。许多天主教修会（包括女修会）和外方传教会都向上海派遣了传教士，并在上海建立了各自的传教机构；前往内地各省传教的外国传教士“很少不取道上海的。来自法国的传教士，则往往在上海盘桓数天”，然后从上海走向内地，在穷乡僻壤之间竖起一个一个十字架。还有一些内地修会和传教会在上海设立帐房，从事房地产等经营活动，并把经营所得源源不断地汇送内地，给内地的传教事业以经济上的支持。上海已不仅仅是江南传教区的中心，而且是天主教在中国传教事业的中心。
    2.基督教传教士
    与天主教相比，基督教对上海人而言，是一种陌生的东西。虽然鸦片战争前夕已有几个传教士如郭实腊、麦都思等人曾访问过上海，但他们在上海只是短暂停留，他们的记录中很少提及传教之事，偶尔提及，也仅一笔带过。基督教与上海发生关系，那是鸦片战争以后的事。
    最早向上海派遣传教士的是伦敦会。上海开埠之初，伦敦会传教士麦都思和雒魏林就开始小心翼翼地在这个新辟的通商口岸进行传教活动，并建立了伦敦会上海传教站。他们刚到上海时不免有些心虚，1845年2月道光帝批准耆英关于驰禁天主教的奏本后， 他们的胆子也就大起来了，不仅在上海县城内外传教，而且经常去附近的城镇公开布道了。教务的平稳推进，使他们感到已有的传教力量严重不足，他们再三呼吁：“我们热切地希望能有更多的传教士派到这个国家。长久以来我们一直祈祷这个国家的开放，现在它已经开放得比我们期待的更多了。但是年复一年，我们的传教力量却不见增加。（注：转引自叶斌前揭文，第10页。）”于是，美魏茶、慕维廉、伟烈亚力、艾约瑟、杨格非和韦廉臣等陆续抵站。这些人后来都成了著名的来华传教士，各自在传教、行医、翻译和学术研究等不同的领域占据一席之地。
    紧接着伦敦会，英国安立甘会（在上海又称规矩会）于1844年开始在上海传教。该会传教士卖克开拉抵沪后便在马路开设布道所，1847年又在教堂街建立了一座专供英国人礼拜的教堂--圣三一堂。1866年重建后，因系红砖建筑，一般市民称之为红礼拜堂，是远东最高级的英国教堂，1875年被破格升为安立甘会北华教区主教座堂，由当时华中教区主教禄赐悦里来沪主持。除传教外，该会传教士还曾于1850年左右在老靶子路开设一所英华寄宿学校。
    继英国伦敦会和安立甘会之后，美国的一些差会如圣公会、长老会、公理会、浸礼宗、监理会等也先后向上海派遣传教士。1844年10月美国圣公会差会传教士文惠廉被祝圣为中国布道区主教，并于年底携妻子及三对传教士夫妇和三名单身女教士来沪传教。最初他们一直在城内借屋布道，1850年一个美国商人向他们捐赠了一幢民宅，圣公会在上海才有了自己的活动场所。第一个到上海传教的长老会传教士里娄理华，他于1847年为印刷圣经事奉调来沪。显然上海的外侨居留地令他感到鼓舞，初抵上海，他就评论道：“凡有外国人聚居的地方最终会成为同中国本土很不一样的租界。而且每一件事情都表明，若要对改变中的中国能有一个影响它的总部，这里正是理想之地。（注：阮仁泽、高振农主编，《上海宗教史》，上海人民出版社1992年版，第803-804页。）”但他还未及施展抱负，便在回宁波处理公务途中死于海盗之手。此后，长老会又先后派怀德、克陛存、娄理华的弟弟娄理仁、梅理士和甘撒母耳、范约翰等传教士到上海传教。公理会最早来沪的是裨治文，他于1847年奉派到上海，但他没有为公理会设立教堂，他在上海的传教活动偏重于翻译圣经。浸礼宗最有名的传教士是1847年抵沪的晏玛太，他在沪传教40余年，开创了老北门浸会堂。监理会早期来沪的传教士主要有戴乐、耿惠廉、秦右、蓝柏、唐雅各及林乐知等。
    基督教传教士在上海的早期传教事业，除了青浦教案之后的数年内传教活动一度十分困难外，基本上是在平稳中推进，并未遇到真正的反对者，上海人对漂洋过海而来的基督教传教士是友好的。但对上海人来说，基督教毕竟是一种异教，接受乃至信奉需要一个相当漫长的过程。在上海的传教经历使传教士和传统机构很快就意识到，向上海人宣传上帝的福音单凭教义和教理是永远不够的。因此，他们非常注意传教的手段和方法，试图以传教之外的现世生活的具体利益来达到传教的目的，以设医院、开学校、办文化事业等中间媒介来吸引更多的人信奉基督教。为此，当时的基督教传教士付出过艰辛的努力，创办了不少有一定影响的文教、医疗事业，如伦敦会的墨海书馆和仁济医院、长老会的美华书馆、监理会的华美书馆，以及根据不同的物质条件兴办各种形式的学校教育，包括一些女子学校。这些努力取得了比较明显的效果，从1843年到1860年短短17年间，单伦敦会上海传教站施洗的人就有数百名，其中包括王韬和沈毓桂等有名望的文化人。但除了伦敦会上海传教站，其他差会在上海的传教业绩要逊色多了。从总体上说，这一时期的上海基督教会，无论是传教力量还是传教业绩与社会影响，都无法与同时期的天主教会相提并论。