2 回祖国就任陆军军医学堂副监督
    时隔七年，伍连德可谓衣锦荣归。1903年10月8日晚上11点，轮船抵达槟城。亲朋好友老同学都雇了小船来接，备极隆显。登岸后即驱车拜见父母，行磕头献茶之礼，父母喜极而泣，庆幸平安。两周应酬，还专程去祖坟祭扫，以彰炎黄子孙不忘祖荫功德之道。至于亲友探询有无婚配娶洋女子归来等等，伍连德当然答为“没有”。
    其实此次取道新加坡在林文庆医师家逗留，颇有艳遇。林氏系1881年英国爱丁堡大学毕业，又曾在剑桥大学研究一年的第一位从外国习医归来的华籍新加坡人。其妻为福建省前任省长黄乃裳之女。妻妹黄淑琼当时正居其家。相见之下，两相情悦于衷，伍氏深深赞赏黄小姐的美貌贤慧，便订下了婚约。但黄小姐不日将回福州老家省亲，婚事只能暂搁。亲友们以为伍连德真的没有谈婚论嫁，便有许多人来为有钱女子做媒，伍连德只得一概以将到吉隆坡做一年研究为借口而婉辞。
    吉隆坡医学研究院谓由马来亚最高专员和殖民地总督史惠汉爵士创办，但经费不多，人员包括伍连德在内亦仅5人。因疟疾死人甚多，如何防止是主要研究题目。又有脚气病，当时尚不知为维生素B[,1]缺乏所致，死亡率不低。不过，一年的研究并不能有所突破。伍氏在此结交了一批朋友，还组织了一个文学会以促进英语研究及东西方文化交流，特别是吸收女会员和倡议男子剪辫二事，倒是产生了重大反响，以致殖民当局将之目为反英的危险分子一类。[10]
    1904年末结束吉隆坡的工作，在友人建议、撮合下回槟城买下一家英国女医生的诊所。一切齐备，就自己开业。地近海滨的珠烈街，诊务繁忙。但他仍然热心社会活动，反赌、反鸦片、主张男子剪辫、提倡女子教育、鼓励少年男女运动体魄、创立文学会等等，正是一个热血青年。
    业务发达也赚进了钱，加以黄淑琼小姐已由福州来到新加坡，伍连德于是在1905年7月赴新加坡完婚。婚姻美满，夫人的文雅气质，又出自中国本土名门闺秀，槟城仕女无不艳羡。夫妻相敬如宾，1906年4月年得一子名长庚，视同宝贝。正是次一年的年初，伍连德同时收到两封信。一来自伦敦，邀其出席禁烟会议；一来自北京袁世凯，聘他出任天津陆军军医学堂副监督。权衡之下，他决定先去英国开会。诊所事务暂交柯新吉医生管理。他在禁烟大会上报告了海峡殖民地贩毒情形，强调英政府不应再从鸦片贸易谋利，受到与会人士热烈鼓掌支持。3个月后回到槟城。
    妻子娇弱的身体不耐天气炎热，她又极望回祖国与亲友重聚，这因素多少促成了伍连德回国任职的决定。他自己则把归返祖国视作新生命的开始。病人的热切挽留、亲友的一齐劝阻，都已经不能动摇他了。他把姓名按威妥玛式通用拼音改为Wu Lien-Teh。大约在7月间，他先去了一次天津，但因食杏不慎而患急性菌痢，只好折返南方休治。①考虑到将在陆军医学堂供职，遂又决定先赴德、英考察，他于是赴英伦皇家军医处和柏林总参谋部见习陆军医学共6个月。[11]回马来后便携同妻儿乘上一艘德国邮轮经香港，于1908年5月初到达上海。②在外滩公共花园，他看到门口指示牌上：“……四、狗不得进入园内；五、中国人不得进入园内”等字样，感到十分气愤，偏要进去走一走。结果倒未受到拦阻，也许是身着洋装、脑后无辫之故。他认为此牌多半出自英国殖民者在非洲、印度作威作福惯了的一辈之手，是无知识的表现。1911年辛亥革命后此牌被移去。在上海他结识了复旦大学最早校长之一的李登辉博士（1872-1947） [12]、后来做过国务总理的颜惠庆博士及其兄弟颜福床医生等，结为友好。并将妻儿暂时安顿于亲戚家中，只身乘轮赴津。
    到天津后先拜会了北洋医学堂总临（林联辉？），并在会绍清先生处学习了北京话，又结识了第一位留洋归来的女医生金韵梅等。他在陆军医学堂看到教师多半来自日本，且明显怀着自利的目的，用日语教学，只培训看护、裹伤本领，不培养高深医学人员，不注重实习和预防卫生，意图在将来必要时，仍可控制军队医疗，使中国不得不仰仗日本[13]。扩张政策的狼子野心已露端倪。袁世凯或于此有所察觉，要聘伍连德莅任。
    孰料风云突变，伍连德刚要去京晋见，忽然传来光绪帝与慈禧太后在不到24小时内相继殡天的消息。袁世凯去职，借口足疾回安阳养病。当政的都是袁氏政敌，伍连德心怀惴惴，耽心此行职位不保，须另寻主顾。9月到达北京，幸得海军部的同乡、在英故交程壁光、谭学衡（夔？）等力荐，并走遏也曾受学于伦敦的陆军部上校丁士源，得以引见于陆军部大臣铁良。恭敬如仪，诚惶诚恐，实际上是一般问话，诸如“年齿几何”之类，亦此令粗通京话的伍连德语塞，奇怪何以问牙齿个数。经丁上校低声提醒，才知是问年龄，免了尴尬。铁良已了解过情况，当面委任他为天津陆军军医学堂帮办（即副监督、副校长）。这也是袁氏原拟的任命。在等待委任状颁发期间，伍氏得空拜谒了内务部大臣肃亲王，其子并由伍氏介绍去新加坡林文庆处学英文；司法大臣、广东同乡会会长戴鸿慈，以及唐绍仪、梁文廷、伍廷芳等，并认识了刚从美国读书归来的宋庆龄小姐。