3 扑灭东北鼠疫备尝艰辛
    正式委任状送达，除宣明官职外，他的薪俸每月300两银子，合龙洋450元，这使伍连德喜出望外，立即修书请夫人乘最好的轮船来京会合。春风得意，走马上任，踌躇满志，希望用自己的知识和能力对学堂有一番改造。但孤掌难鸣，从1908年到1910年12月，两年多时间业绩平平，他后来是耐着性子过日子，等待新的机会[14]。恰是这年秋冬之际，西伯利亚流行鼠疫，很快延及东北一带。外交部交涉委员旋绍基电召伍连德赴京商谈，特别是日俄势力正觊觎东北，扬言中国无人可领导防疫。局势发展下去，很难说彼等不会借保护侨民之名派兵入境要挟，致使主权沦丧[15]。施氏乃美国康奈尔大学硕士学位获得者，精通中英文。1905年作为使节团成员到过槟城，与伍氏相识。他深知伍氏虽然年轻刚过30岁，防疫方面亦乏实际经验，甚至中国话说得还不如英语流利。但血气方刚，爱国爱民之心强烈，有过极好的流行病学、细菌学、医学训练，又兼通法、德等国语言，对于防疫和协调外国侨民事务，正是不可多得的人选。伍氏受命于危难之际，两日后，即12月21日，便束装就道。带了一名助手，是军医学堂的高材生林家瑞，尚未毕业，但中英文均好，口译或代拟文稿，恰可补伍氏之不足。随身别无它物，只有一架英制显微镜及一些细菌研究必需的实验器具。到达哈尔滨那天，正是圣诞节前夜。伍氏的身份，最初只是瘟疫调查员[16]。
    圣诞节一早，两人先去拜访余道台--前任道台则正是施绍基。余道台举人出身，不懂外文，对疫情了解也甚浮泛简略。伍连德告别之后，即与林家瑞决定到傅家甸（今哈尔滨市道外区）疫地查访。该地已有熙良总督派驻的姚、孙二位医生在总商会门口迎接。二人毕业于北洋医学堂，一为广东人，一为福建人，与伍、林颇能合作。据姚医生报告，过去一月病患不多，每日一二起；后渐增多，当日已有十余人死亡。全市仅他们两位医生、5名护士，人手十分不足，病人只能由警察帮助送至“疫房”（一间公共浴室拨充）。居民常有把尸体抛于马路边之事，赖政府购棺木埋葬。他们一起去见陈县长和警察长，对疫情亦所知不多，不过都表示了协作态度。
    12月27日这一天有一位嫁给中国人的日本客店女老板突然死去。死前有咳嗽吐血的症状。姚医生曾提到疫者病多先起于肺部，情况相似。伍连德立即带着助手和检验器具前往。客店黑暗拥挤，家境不富，所穿和服也是最廉贱一种。他们从死者心腔抽了两管血，又从肺、脾等组织取样。尸体缝好仍置于政府棺木中埋葬。一切只能悄悄进行，暂时不想让人知道，因为这不仅在傅家甸为第一例尸检，而且在东北疫检也恐是第一例。总商会借出一间空房作实验室，在显微镜下发现了大量疫菌。于是迅即将此结果报告给北京当局和当地官吏，并邀余道台、陈县长、警察长等同来观看，以示不诬。通过这一例检验，伍连德强烈认为：目前的流行是肺炎疫（肺鼠疫），主要通过人与人之间传染，与一般的通过鼠蚤传染的淋巴腺鼠疫情况不同。可是当时的医生和防疫当局，对此还闻所未闻。一般皆以为鼠疫完全是因老鼠传染。
    伍连德根据这一重要发现以及疫情传播蔓延的方式、路线，随即提出了9条建议，其中特别强调了疫者的隔离和对火车交通的管制。他认为，疫之初起是与满洲里一带草原捕土拨鼠人有关。山东人最多，常年有万把人蛰伏候捕，每捕得二三十条，即到客栈剥皮、染色、冒充黑貂出售，而客栈一个炕上挤睡二十余人，一有得病即可传染他人。9月间已发现不少人咳嗽、吐血、发热，不久即死亡，死者全身皮肤青紫。10月有病例出现于满洲里，于是引起居民恐慌，开始乘火车向东南之哈尔滨等地逃避，沿线530公里，各站都有人下车，疫情迅速扩大蔓延，并且沿铁路已南下向关内发展。东北铁路分属俄国、日本，伍连德因此要求北京向俄日提出交涉，促其合作。
    姚、孙医生租下一座房子作消毒站，储起许多硫磺、石灰。姚医生对消毒颇有研究，硫磺在罐子中燃烧产生浓烟，可以杀死空气中的细菌，石灰水喷洒墙壁地面。这也是中国人传统的消毒驱虫之法。另一间空房则作为实验室，伍连德在此放置显微镜和各种医学用具。这时，伍连德发现已有一位日本医生在作检测，不过他只是抓老鼠作化验，是南满铁路局派来调查瘟疫者，当伍氏告诉他目前的流行与鼠类关系不大时，他不太相信。
    元旦前夕，伍连德拜访了俄国铁路局总督贺威将军，要求拨借几节货车车皮充作病人家属隔离之用，贺氏很合作。在座还有该局医药处主任、波兰人埃新斯基，哈尔滨俄国防疫局局长柯契洛夫、铁路医院高级医官波古契等。埃新斯基对检验所见很感兴趣，要求借片子一看。伍氏又拜会了各国在哈领事。日俄两国的总领事只关心政治，不关心疫病；英法领事态度冷淡，纵使他们听说伍氏曾在英法就学；只有美国领事洛奇·格林，一位哈佛大学毕业生，热忱而友善，十分鼓励并相信有组织地进行防疫，必能成功。他表示愿意随时提供帮助。对于年青而初负不可预知的危难责任的伍连德来说，这种精神支持是十分重要的。
    可是，大多数外国医生对伍连德这位中国医生的看法不屑一顾，甚至是不信任的。一位应召前来防疫的法国医生、原北洋医学堂教授梅思耐，43岁，有过防治腺鼠疫的经验，初到哈尔滨即向总督熙良提出要求委为防疫主任，总管防疫事务。在与伍连德讨论疫情时，根本反对伍氏之人与人传染为主要途经的看法，固守他过去在印度等地防治鼠疫的经验。他认为伍连德少不更事，太年轻，没经验。伍氏微笑一下，顿时使他暴跳如雷，认为是在讥笑他，责骂起来。伍连德愤而退出，回旅馆起草电稿向北京请辞。24小时后复电到达，免去梅氏职位，伍连德照旧工作，并经各医官推举，任总医官，负起了全责。官员们也表示衷心合作，全力支持他领导防疫。