会议共开了23次，伍氏主持20次，出于礼貌请细菌学权威北里柴三郎主持3次。大家推诚相见，各以观察及实验所得，从病理学、细菌学、流行病学等不同角度，详尽地讨论分析了全部疫情经过及病因、病理、临床特征等有关问题，研究了土拨鼠、空气、气候、房舍、火车、水源等各种因素关系，也讨论了预防注射、各种防疫措施的效果。
    意见要求完全一致是不可能的。但基本共识也已得出。此病1905年前后为散发，与土拨鼠有关。1910年10月12日在满洲里出现第1例肺鼠疫，2个月内死亡392人。铁路是传播的主要途径，并与民俗所致人群迁移有关。肺鼠疫的特点是发病突然、咳嗽、高热、咯血、皮肤青紫并迅速死亡，疫菌主要侵犯肺部及血液，与腹股沟淋巴腺鼠疫主要因鼠蚤咬噬然后腺淋巴发炎至全身发病有不同病程，危险性更大、更剧烈。传染途径主要是咳嗽，即使无痰咳出，也有大量细菌散播于空气之中。一般呼吸时则无菌呼出。痰血、涎沫中有大量细菌，尸体埋葬达6月之久亦仍有疫菌存活，且可因穴居之老鼠、土拨鼠等咬啮而造成再次传播。人群集居、迁移、不卫生的居处条件等为疫情爆发的因素，但宽敞高大的屋子内，若有病人咳嗽，同样可致传染。本次流行从10月20日满洲里发现死亡病例开始统计，至1911年4月开会时止，包括东三省、北京、武汉、山东等地，总计死亡51462人，加上未经登记的病亡者，总数不下6万人[20]。隔离的方法十分重要，病院或空车皮征用均可。管制交通，切断传播途径可免疫区扩大。个人预防以戴口罩为第一，北里并提出最好也戴一副眼镜。火葬尸体，包括已埋入坟墓者，焚毁衣物，消毒各种房舍用具和空气，包括用硫磺、石灰、石炭酸、爆竹等，对于消除疫源是有效方法。至于疫菌和抗毒血清等效果尚不稳定，不少人反而死去，伍连德提出是否因注射损及“元气”有关[21]。也有注射效果良好者，可见需要改进。
    会议至4月28日闭幕，荷兰代表致辞感谢东道主盛情招待并祝贺会议成功。伍连德和施委员作闭幕演讲和谢辞。次日代表同往北京，外交部复以盛情招待，并举行了一次东西合璧的舞会。整个会议进行有条不紊，十分成功。中国悠久灿烂的文化给代表们影响极深，而此次会议又大大提高了中国在科学界的地位。
    5 为消灭各地疫病而继续奋斗
    在北京，伍连德被任命为陆军少校，并得晋见摄政王载沣（当时宣统帝仅7岁，尚未亲政），并接受蓝翎徽衔赐进士出身的奖励。俄政府颁赠二等勋章，法政府亦予嘉奖[22]。随之，因东三省总督及施绍基之推荐，他被委任为外务部医官，开始了外务部20余年的供职生涯。施氏带同晋谒了内务部大臣肃亲王，肃亲王表示奖掖之意和对他卫生防疫计划的支持。陆军部仍保留了他副监督的职位。伍连德在北京东堂子相同买下一座住宅，雇了车夫、佣仆，把妻儿接到北京居住。但他自己又带了余医生等北上，于1912年在哈尔滨建立起隶属于外交部的“东三省防疫事务总管理处”，东三省总督赵尔巽拨款18万元充作开办费，海关关税中每年列支12万元为日常经费。这是中国政府的第一个防疫事务部门，宗旨是研究防疫问题，制定防疫方针、措施、法律，并建立模范医院、疾疫图书馆、疾疫博物馆、总化验部等。总院在哈尔滨，另设分院于满洲里、牛庄、齐齐哈尔、拉哈苏苏，平时应诊，疫时防疫。除鼠疫外，防治霍乱、天花、狂犬病、猩红热、伤寒等传染病，并制造疫苗、抗血清，化验食品、饮料、药物等，为地方政府助理卫生事宜。
    伍连德还进一步深入调查本次疫病的疫源，土拨鼠的感受性，细菌的散播方式，与气候关系等。在满洲里及西伯利亚各地乡村调查，未能找到患病或死去的土拨鼠；后终于在克洛尼查到一只死亡土拨鼠，脾脏切片中查见病变。在这些调查基础上，他写了“土拨鼠与瘟疫之关系的考查”一文，1913年8月在伦敦国际医学大会宣读[23]。他又在沈阳作土拨鼠实验，发现有半数因呼吸而传染，在四五日内死去。而且共它兽类或人亦可受土拨鼠呼吸传染，经一潜伏期后发病。土拨鼠在吃了有疫菌的腐尸或食物后，同样会发病。1911年辛亥首义后，他受新成立的民国政府派遣，到海牙出席了第一届国际鸦片会议，1913年又出席第2届。此期间还专程回剑桥大学向座师胡德汉教授及毕格教授请教病理问题，带去了有关组织切片。经一月切磋，于1913年出席伦敦医药会议，发表了“关于肺鼠疫的病理”专题论文，受到与会者好评。1913牧1937年间，他还代表中国到布法罗、新加坡、东京、檀香山、巴黎、万隆等地出席了一系列有关学校卫生、热带医学、外科、狂犬病、乡村卫生等的国际会议[24]，赢得同行们高度尊敬。1924-1925年，他受洛克菲勒基金会资助，在美国约翰霍普金斯大学研究，并获公共卫生学硕士学位。
    国内疫病因战争频仍、军阀割据，仍时有发生。每有疫情，伍连德博士都身先士卒，亲临第一线。1917年山西大疫，延及内蒙、河北、安徽、山东、南京等地，伍氏在极端困难条件下奔走灭疫，终于在1918年5月里将之扑灭。1919年北洋政府在北京设立了中央防疫处，任命伍连德为处长[25]。是年哈尔滨流行霍乱，伍氏救治2000余人，发明高浓度盐水静脉滴注治疗法，效果良好，控制了疫情。[26]1920年10月间，自海拉尔开始又见鼠疫流行，传至达莱诺尔（扎诺尔）等地，伍氏当即前往巡视，查出与旱獭有关。此次流行亦颇迅速，波及东三省及山东等地各大城市，死亡总人数1.15万余人。哈尔滨此时已有30万人口，仅3125人死亡。上次流行时人口7万却死了7千余人，可知从人口比例上看，此次疫病控制是快速而有效的，一系列措施证明切实有效。[27]从一例25岁青年突然死亡的尸检中，发现气管部有疫菌，但死者还未来得及表现出咳嗽等症状，大家认为此例说明本次流行疫菌毒力比上次更大。伍连德与日本富士浪教授共撰《1921年满洲疫症之病理研究》一书，做了详细研究。1922-1923年，他又做了许多土拨鼠呼吸传染的研究，甚至冬眠之中也见到传染而死者。查找鼠蚤，表明鼠蚤确可咬人传疫。此后，他又发表或出版了“关于土拨鼠与花金鼠之肺鼠疫之系统病理研究”、“野生啮齿动物的患疫情形”、《肺鼠疫论文集》、《防疫手册》、《满洲防疫事务所报告书》、《华北疫势之研究》等论文和著作（28），在防疫问题上，对国际间和国内，作出了重大贡献。他始终孜孜不倦地为防疫卫生事业而奋斗。