不幸的是梅思耐医生却遭到了疫疾的报复。伍连德曾经去访问过俄国防疫医院，主管医生哈夫金规定进医院穿白大衣、戴白帽，却不戴口罩。这使伍连德十分为难，但不好违拗，还怕受讥笑，好象只有他怕被传染似的。病房里8个病人，其中2名俄国人，都有发高烧、脉博快及轻度咳嗽症状。哈夫金听诊时毫无避忌，低着头与病人呼吸相近。伍连德则只好把头高高昂起，以免呼吸对流。在病房十几分钟，连大气也不敢透。哈夫金很以为好笑。不过，哈夫金是注射过他叔父发明的防疫针的。但根本问题是他们不相信呼吸传染的可能。倒霉的梅思耐也被同样接待进病房，也诊察了病人。3日之后他开始发烧头痛，又一日咳嗽兼作，再三日皮肤青紫，神智昏迷，死于非命。实际上，该院此前也有过几位职员传染而死，可见哈夫金的预防针效力是可疑的。梅思耐之死促使哈夫金也戴起了口罩，俄国当局并大量制造口罩发放给防疫人员，还将一座三层旅馆封闭，将染疫者衣物统统取走焚毁，采用伍氏方法以硫磺熏烟和石炭酸消毒。
    不过疫情仍未能遏止。一天死50人，死百人，最高一天达到183人。旧历年临近，更促使人群南迁，纷纷要想逃离疫区回南方过年。疫情迅速伸延到京津、山东、汉口等铁路沿线。伍连德召集身边七八位医生商谈，提出分区隔离、查验，杜绝因人群流动而使疫情蔓延之法。并请从长春调来步兵1160名严格管制交通，征募特别警察600名在医生指导下防疫。四个区每区配备医药大员1人，助理2人，学生4人，卫生侍役58人，警察26名，担架16付，马车12辆。原先的鼠疫医院予以焚毁，另建一座医院以收容病人。地方官们转变了冷漠和宿命态度，积极予以配合。俄国当局也采取了类似措施，并派著名教授柴波罗耐从彼得堡来观察指导，提出了注意市民卫生、隔离及改进穷苦人家状况，为工人与失业者建立食堂和避难所等措施，还设立起前哨站检查进入市区之人，消毒房屋、衣服等。他们还借出120辆车供隔离无症状的接触者之用。伍连德博士的防疫方针被全面接受，整个战役实际上是在他的指导下展开了。
    由于死亡人数剧增。加上零下几十度天寒地冻，尸体无法埋入地下。棺木也来不及提供。伍连德见到长达一里的尸体堆积，深感此为重要疫源，必须立即处置。他提出就地集体火葬的建议，却与传统的崇祖尊尸习俗不合。于是决定奏请皇上特颁逾旨。奏章恳切陈辞，力陈利害。同时动员全城官商仕绅联名向吉林总督陈情。到第三天，外务部发电称皇上准伍氏之奏，可立即火葬。
    1911年1月29日③，在伍氏与医务人员指导下，雇用200名工人将尸体分成22堆，每堆100具，于次日即正月初一，浇上火油集体火葬。文武大员均被请来出席典礼仪式，防疫局并发出传单，号召全城燃放爆竹，驱邪接运，为死者送行。烈焰腾空，硝烟弥漫，一日之内将疫源扫荡殆尽。骨灰集中埋入新掘坑中。伍氏认为爆竹焰硝无异于为全城空气作一次消毒。随后俄国当局也依照实施，甚至将陈腐之尸也从坟墓掘出焚毁了1001具，总计为1416具[17]。其它各地，纷纷仿行。
    这一措施十分得力。自此之后，死亡率明显下降，至3月1日已完全停止。其它地区至4月亦皆停息[18]。举世震惊的满洲里鼠疫大流行，至此告一段落。而伍连德居功厥伟，是大家所公认的。
    4 在沈阳主持万国鼠疫大会
    对于这样一场类似于欧洲中世纪的黑死病（Black Death）大流行，奇迹般地被扑灭，总死亡人数约为6万，较之欧洲黑死病死亡百万有余，显然是值得进一步研究、总结的。中国政府当局居然很快发起召开一个万国鼠疫大会（International Plague Conference） [19]，也是令人惊异的。3月初，伍连德接到施绍基电报，称中央政府有此决定，要他作为大会主席到奉天（沈阳）主持。参加国代表来自中、俄、日、德、英、美、法、意、荷兰、奥地利、墨西哥、印度等12个国家。发起此次大会，看来与作为外务部参议施绍基关系最大，他本人将以最高委员身份出席。这是中国医学史上第一次大型国际学术会议，并且贡献良多。
    伍连德遂与同僚商议，将职务移交给北洋医学堂教务长、北京人庄医生代理，搭乘快车由俄人的中东路转日人的南满路，12小时后到达奉天。总督代表、英文秘书等官员已在车站迎接。会议在外城东南隅之小河园举行，外宾将住在附近的中央大厅，已按一等旅馆水平装修一新。一切费用由政府供给，会期预计18天。
    次日伍连德拜会了总督熙良和财政厅长韩某。熙良告诉他力主伍氏主持防疫事务之情状，韩厅长则曾慷慨拨付过500万元以供防疫开支，伍氏深表感谢。外国代表陆续到达。名流有俄国柴波罗耐教授、日本北里教授等。其中日本因自1905年战胜俄国以来把南满视作己之领土，尤显趾高气扬，不可一世。此次来人数量特多，图以先声夺人。施绍基于3月22日达到，共同议决会议事项。施氏仅年长伍氏2岁，辛亥以后出任第一届内阁交通部长，后又任驻英、美大使，实为青年才俊。
    4月3日上午10时正式开幕。熙良、施绍基等身穿朝服出席，并宣读圣旨，发表祝辞。文辞均颇能与国际接轨，重点指出会议宗旨是如何防治鼠疫，造福于全人类。尤其施委员的报告，尖锐提出了与此次鼠疫扑灭过程有关的12个问题，要求大会予以讨论。其中包括本次疫病的起源、传播途径和传染方式、与风土病关系、肺鼠疫细菌毒力与腺鼠疫毒力比较、肺鼠疫是否传人不传鼠、在何种条件下会致成不同疫情、能否空气传染或必经接触传染、疫菌离开人体能生存多久、如何防止重新爆发、是否必须打防疫针、房子有无必要焚毁或消毒已足、种痘和注射血清是否可靠、大豆及毛皮之出口应如何控制等等。非具高级专业水平不足以言此，估计是与伍氏周密商量过的。施氏在演讲中肯定并表彰了伍氏的防疫功绩，与会代表一致表示赞同。伍氏则作为大会主席致辞，恳请大家贡献意见，保证益心善纳。柴波罗耐代表各国代表也致了辞。