蔡氏本人对其改革大学教育，进而铲除“科举时代遗留下来的劣根性”颇为自得。〔45〕倘若此说只是针对满脑子做升官发财迷梦的坏学生，评价不会有分歧；一旦涉及政、学不分的旧传统，可就没有那么简单了。看看章太炎在“求是与致用”之间的抉择、胡适之在“政治与学术”之间的徘徊，起码不会觉得这话题很轻松。〔46〕所谓“为学问而学问”，在20世纪的中国，虽屡被作为旗帜挥舞，却不是一个普遍受欢迎的口号。除了学理上的缺陷，更重要的是，如此抉择，与知识者凭个人良知干预时政的愿望背道而驰。
    谈论此类话题，必须充分尊重个人志趣，方不至于陷入非此即彼、入主出奴的境地。另外一点同样不能忽视：不同学科的专家，与现实政治的关系亲疏有别，很难一概而论。比如，语言学家赵元任、佛教史家汤用彤，与经济学家马寅初、政治学家张君劢，其议政、干政的愿望与能力，本就有很大的差异。不管是否以“通儒”自许，大学者一般都不会将视野封闭在讲台或书斋，也不可能没有独立的政治见解，差别仅在于发为文章抑或压在纸背。
    在一个急剧转型的时代，两种截然相反的力量，很可能各有其合理性。在走向专业化的过程中，学科的建设固然值得夸耀，对于学科边界的超越，同样值得欣赏。与“一事不知，儒者之耻”的传统迥异，现代学术讲求分工合作，分途发展。现代学者之专治一科，与清代儒生之专治一经，其含义大不相同，前者所代表的，不只是研究领域的拓广，更是知识类型的变化。借助于大学、中学课程的设置，“新学知识”之必须分门别类，这一观念得到了迅速推广。晚清以降的读书人，即使从未踏出国门，其知识结构也与前人大不相同，最主要的，便体现在此知识谱系的建构。
    中西学的并立、文史哲的分家，已经让世纪初的中国人眼花缭乱；这还不算刚刚输入但前途无量的经济学、政治学、社会学、心理学等“新学科”。面对如此纷纭的局面，有两种趋势值得关注：一是新学科的建立与拓展，如胡适、鲁迅在北大的讲课，以及《中国哲学史大纲》、《中国小说史略》的开山劈路；一是凭借丰富的学识与敏锐的直觉，挑剔并敲打那似乎牢不可破的学科边界，比如，章太炎便对以“哲学”涵盖先秦诸子不太以为然〔47〕。对比章太炎、胡适之关于中国学术思想史的描述，不难明白学科的界定，其实与治学方法互相勾连。
    谈论治学方法，胡适无疑是最佳例证，因其各种著述，据说均可作方法论文章读。晚年口述自传，适之先生称“‘方法’实在主宰了我四十多年来所有的著述”〔48〕。简便而又万能的“科学方法”的提倡，从一开始便受到不少专家的质疑；即便如此，“大胆的假设，小心的求证”这十字真言，依然成了流传最广、影响极深的“方法论”。胡氏口诀之广泛流传，表征着近百年中国持久不衰的“方法热”。这一点，远比口诀本身的利弊得失更值得关注。熊十力对此曾有过相当精辟的论述：
    在五四运动前后，适之先生提倡科学方法，此甚要紧。又陵先生虽首译名学，而其文字未能普遍。适之锐意宣扬，而后青年皆知注重逻辑，视清末民初，文章之习，显然大变。但提倡之效，似仅及于考核之业，而在哲学方面，其真知慎思明辨者，曾得几何？思想界转日趋浮浅碎乱，无可导入正知正见之途，无可导入正知正见之途，无可语于穷大极深之业。
    在熊氏看来，哲学乃智慧之学、精神之学，力图解决的是人生之根本问题，故需要拓展心胸，穷究真理。至于考核之业，“只是哲学家之余事”。现代中国的教育体制，使得“学者各习一部门知识”，缺乏通识性与悟性，且“无大道可为依归”。于是，一切典籍，皆被“当作考古资料而玩弄之”〔49〕。熊氏的抗议，直接针对的，正是将“哲学”等同于“哲学史”的适之先生。
    批评时贤之于文字训诂中求哲理，表面上接近康有为当初的反叛；可添上一句哲学不是天文学，一转而为对于现代学科建设的反省。在章氏看来，不同学科应有不同的路径与方法，比如，“经学以比类知原求进步”，“哲学以直观自得求进步”，“文学以发情止义求进步”〔50〕。将一切学问的评价标准，归结为“拿证据来”，此等融合“科学精神”与“清儒家法”的迷思，颇有以实证史学一统天下的野心。章、熊所争，似乎是胡氏方法的适应范围，实则涉及对文化传统的尊重，对研究对象的体贴，以及区分内面与外面（主观与客观）两种不同的言说。从外面描述，与从内面体会，路径不同，得出的结论也必然迥异。本来，二者各有其不可替代的价值，可由于“科学”在本世纪中国学界的崇高地位，无法实证的“主观之学”明显受到了压抑。〔51〕
    随着现代学科的建立，原有的“师门”与“家法”，作用不太明显。倒是学科之间的隔阂，以及由此而萌发的“傲慢与偏见”，构成了学术发展的巨大障碍。围绕学者胡适以及《中国哲学史大纲》的一系列论争，凸显了中与西、内与外、史与哲、文与理等不同学术路数的分歧，撇开其中无法完全避免的个人意气之争，不难窥见现代中国学术发展的各种可能性。
    对于现代中国学术而言，大学制度的建立至关重要。废除科举，只是切断了读书致仕之路；推广新学，方才是转变学术范式的关键。有感于“科举一日不停，士人皆有侥幸得第之心……学堂决无大兴之望”，清廷只好于1905年“谕立停科举以广学校”〔52〕。此前公布的《奏定学堂章程》（1903），使得新教育在制度上真正确立；此后的《大学令》和《专门学校令》（1912），规定“私人或法人亦得以设立大学”或“专门学校”〔53〕，又使得高等教育有可能以较快的速度发展。从京师大学堂到北京大学，官办的高等教育固然迅速成熟；大量私立或教会大学的出现，也使得中国的高等教育完全走出了“国子监”。